Mga produkto

Prokaryotic RNA sequencing

Ang prokaryotic RNA sequencing naggamit sa sunod nga henerasyon nga sequencing (NGS) aron ipadayag ang presensya ug gidaghanon sa RNA sa usa ka gihatag nga higayon, pinaagi sa pag-analisar sa nagbag-o nga cellular transcriptome.Ang prokaryotic RNA sequencing sa among kompanya, espesipikong gitumong sa mga prokaryote nga adunay mga reference genome, nga naghatag kanimo sa transcriptome profiling, pag-analisa sa istruktura sa gene, ug uban pa.

Plataporma: Illumina NovaSeq Platform

Kontaka Kami

Mga Detalye sa Serbisyo

Plataporma: Illumina NovaSeq plataporma, PE150

Type sa library: 350bp insert cDNA library (depende sa peak distribution)

Istratehiya sa pagsunud-sunod: Gipares-Kataposan 150 bp

Girekomenda nga kantidad sa datos: 2 Gb hilaw nga datos/sampol

Bioinformatics

(1) Sequencing data quality control: Nucleotide distribution, Base quality distribution, rRNA ratio assessment;

(2) Sequence alignment analysis: Alignment result statistics, Saturation of sequencing, Coverage sa sequencing;

(3) Reference genome annotation (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Pagtuki sa ekspresyon: Pag-apod-apod sa ekspresyon (Uban sa duha o labaw pa nga mga sampol), Pagtuki sa ekspresyon tali sa mga sampol (Pagtuki sa Venn, Pagtuki sa Correlation, pagtuki sa PCA);

(5) Differential expression analysis (Uban sa duha o labaw pa nga mga sample);

(6) Gene set analysis: Venn analysis, Cluster analysis, Function annotation analysis (COG, GO, KEGG), Function enrichment analysis (GO, KEGG), Function enrichment chordal graph, Ipath analysis;

(7) sRNA analysis: sRNA prediction, sRNA annotation (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), sRNA secondary structure prediction, sRNA target gene prediction;

(8) Pag-analisar sa istruktura sa transcript: Pag-analisa sa Operon, Pagsugod ug pagtapos sa mga site sa transkripsyon, annotation ug pagtuki sa UTR, Pagtagna sa pagkasunod-sunod sa Promoter, pagtuki sa SNP/InDel (Annotation sa SNP/InDel, pag-apod-apod sa rehiyon sa SNP/InDel, mga istatistika sa SNP).