-
Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)
Naghatag ang ChIP-Seq og genome-wide profiling sa mga target sa DNA alang sa pagbag-o sa histone, mga hinungdan sa transkripsyon, ug uban pang mga protina nga may kalabotan sa DNA.Gihiusa niini ang pagkapili sa chromatin immuno-precipitation (ChIP) aron mabawi ang piho nga mga protina-DNA complex, nga adunay gahum sa sunod nga henerasyon nga pagkasunud (NGS) alang sa taas nga throughput nga pagkasunud sa nabawi nga DNA.Dugang pa, tungod kay ang mga complex sa protina-DNA nakuha gikan sa buhi nga mga selula, ang mga lugar nga nagbugkos mahimong itandi sa lainlaing mga tipo sa selula ug mga tisyu, o sa ilawom sa lainlaing mga kondisyon.Ang mga aplikasyon gikan sa regulasyon sa transkripsyon hangtod sa mga agianan sa pag-uswag hangtod sa mga mekanismo sa sakit ug sa unahan.
Plataporma: Illumina NovaSeq Platform
-
Metagenomic Sequencing -NGS
Ang metagenome nagtumong sa usa ka koleksyon sa kinatibuk-ang genetic nga materyal sa usa ka nagkasagol nga komunidad sa mga organismo, sama sa environmental metagenome, human metagenome, ug uban pa. Naglangkob kini og mga genome sa duha nga maugmad ug dili maugmad nga mga mikroorganismo.Ang metagenomic sequencing kay usa ka molecular tool nga gigamit sa pag-analisa sa mga mixed genomic nga materyales nga gikuha gikan sa environmental samples, nga naghatag ug detalyadong impormasyon sa diversity ug kadagaya sa species, population structure, phylogenetic relationship, functional genes ug correlation network uban sa environmental factors.
Plataporma:Plataporma sa Illumina NovaSeq
-
Metagenomic Sequencing-Nanopore
Ang metagenomics usa ka molekular nga himan nga gigamit sa pag-analisar sa nagkasagol nga genomic nga mga materyales nga gikuha gikan sa mga sample sa kalikopan, nga naghatag og detalyado nga impormasyon sa pagkalain-lain ug kadagaya sa mga espisye, istruktura sa populasyon, phylogenetic nga relasyon, functional genes ug correlation network uban sa environmental nga mga hinungdan, ug uban pa. Nanopore sequencing platforms bag-o lang gipaila sa metagenomic nga mga pagtuon.Ang talagsaon nga pasundayag niini sa gitas-on sa pagbasa sa kadaghanan nagpauswag sa pag-analisar sa metagenomic sa suba, labi na ang metagenome assembly.Ang pagpahimulos sa read-length, Nanopore-based metagenomic nga pagtuon makahimo sa pagkab-ot sa mas padayon nga asembliya itandi sa shot-gun metagenomics.Gimantala nga ang Nanopore-based metagenomics malampuson nga nakamugna og kompleto ug sirado nga mga genome sa bakterya gikan sa microbiomes (Moss, EL, et. al,Kinaiyahan Biotech, 2020)
Plataporma:Nanopore PromethION P48
-
Tibuok genome bisulfite sequencing
Ang DNA methylation sa ikalima nga posisyon sa cytosine (5-mC) adunay sukaranan nga impluwensya sa ekspresyon sa gene ug kalihokan sa cellular.Ang dili normal nga mga pattern sa methylation nalambigit sa daghang mga kondisyon ug sakit, sama sa kanser.Ang WGBS nahimong standard nga bulawan alang sa pagtuon sa genome-wide methylation sa usa ka base nga resolusyon.
Plataporma: Illumina NovaSeq Platform
-
Pagsusi alang sa Transposase-Accessible Chromatin nga adunay High Throughput Sequencing (ATAC-seq)
Ang ATAC-seq usa ka high-throughput sequencing nga pamaagi alang sa pagtuki sa genome-wide chromatin accessibility, nga importante alang sa global epigenetic control sa gene expression.Ang mga sequencing adapters gisal-ot sa bukas nga mga rehiyon sa chromatin pinaagi sa hyperactive Tn5 transposase.Pagkahuman sa PCR amplification, usa ka sequencing library ang gitukod.Ang tanan nga bukas nga mga rehiyon sa chromatin mahimong makuha ubos sa usa ka piho nga kondisyon sa panahon, dili lamang limitado sa mga lugar nga nagbugkos sa usa ka transcription factor, o usa ka piho nga rehiyon nga gibag-o sa histone.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Ang subunit sa 16S ug 18S rRNA nga adunay duha nga labi nga gikonserba ug hyper-variable nga mga rehiyon usa ka hingpit nga molekular nga fingerprint alang sa pag-ila sa prokaryotic ug eukaryotic nga mga organismo.Gipahimuslan ang pagkasunodsunod, kini nga mga amplicon mahimong ma-target base sa gitipigan nga mga bahin ug ang hyper-variable nga mga rehiyon mahimong hingpit nga gihulagway alang sa microbial identification nga nakatampo sa mga pagtuon nga naglangkob sa microbial diversity analysis, taxonomy, phylogeny, ug uban pa. Single-molecule real-time (SMRT) ) ang pagkasunodsunod sa PacBio nga plataporma makapahimo sa pagkuha sa tukma kaayo nga taas nga mga pagbasa, nga makatabon sa tibuok nga gitas-on nga mga amplicon (gibana-bana nga 1.5 Kb).Ang pagpalapad nga pagtan-aw sa genetic field nakapauswag pag-ayo sa resolusyon sa anotasyon sa mga espisye sa komunidad sa bakterya o fungi.
Plataporma:PacBio Sequel II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Ang 16S/18S/ITS amplicon sequencing nagtumong sa pagpadayag sa phylogeny, taxonomy, ug species nga kadagaya sa microbial community pinaagi sa pag-imbestigar sa PCR nga mga produkto sa housekeeping nga genetic marker nga adunay duha ka kaayo nga gikaistorya ug hypervariable nga mga bahin.Ang pagpaila niining mga hingpit nga molekular nga fingerprint ni Woeses et al, (1977) naghatag gahum sa pag-inusara nga wala’y pagbulag sa microbiome profiling.Ang pagkasunodsunod sa 16S (bakterya), 18S (fungi) ug Internal transcribed spacer(ITS, fungi) nagtugot sa pag-ila sa abunda nga mga espisye ingon man sa talagsaon ug wala mailhi nga mga espisye.Kini nga teknolohiya nahimong kaylap nga gigamit ug mayor nga himan sa pag-ila sa differential microbial nga komposisyon sa lain-laing mga palibot, sama sa baba sa tawo, tinai, feces, ug uban pa.
Plataporma:Plataporma sa Illumina NovaSeq
-
Bacterial ug Fungal Whole Genome Re-Sequencing
Ang bacterial ug fungal whole genome re-sequencing usa ka kritikal nga himan aron makompleto ang genome sa nailhan nga bakterya ug fungi, ingon man sa pagtandi sa daghang genome o sa pagmapa sa mga genome sa bag-ong mga organismo.Importante kaayo ang pagsunud-sunod sa tibuok genome sa bakterya ug fungi aron makamugna og tukma nga reference genome, sa paghimo sa microbial identification ug uban pang comparative genome studies.
Plataporma: Plataporma sa Illumina NovaSeq
-
PacBio-Full-length 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing
Ang plataporma sa Amplicon (16S/18S/ITS) gipalambo uban ang mga tuig nga kasinatian sa microbial diversity project analysis, nga naglangkob sa standardized basic analysis ug personalized analysis: basic analysis naglangkob sa mainstream analysis content sa kasamtangan nga microbial research, ang analysis content dato ug komprehensibo, ug ang mga resulta sa pagtuki gipresentar sa porma sa mga taho sa proyekto;Lainlain ang sulod sa personalized analysis.Ang mga sampol mahimong mapili ug ang mga parameter mahimong itakda nga flexible sumala sa sukaranan nga taho sa pagtuki ug katuyoan sa panukiduki, aron maamgohan ang personal nga mga kinahanglanon.Windows operating system, yano ug paspas.
-
PacBio-Full-length Transcriptome (Dili Reference)
Ang pagkuha sa Pacific Biosciences (PacBio) Isoform sequencing data isip input, kini nga App makahimo sa pag-ila sa bug-os nga gitas-on nga transcript sequences (walay asembliya).Pinaagi sa pagmapa sa bug-os nga gitas-on nga mga han-ay batok sa reference genome, ang mga transcript mahimong ma-optimize sa nahibal-an nga mga gene, transcript, coding nga mga rehiyon, ug uban pa. Niini nga kaso, ang mas tukma nga pag-ila sa mga istruktura sa mRNA, sama sa alternatibong splicing, ug uban pa, mahimong makab-ot.Ang hiniusang pagtuki uban sa NGS transcriptome sequencing data makahimo sa mas komprehensibo nga annotation ug mas tukma nga quantification sa ekspresyon sa transcript level, nga kadaghanan nakabenepisyo sa downstream differential expression ug functional analysis.
-
Gipamub-an ang Representasyon sa Bisulfite Sequencing (RRBS)
Ang panukiduki sa DNA methylation kanunay nga usa ka mainit nga hilisgutan sa panukiduki sa sakit, ug suod nga kalambigitan sa ekspresyon sa gene ug pheno-typic nga mga kinaiya.Ang RRBS usa ka tukma, episyente ug ekonomikanhon nga pamaagi alang sa panukiduki sa DNA methylation.Pagpalambo sa promoter ug CpG nga mga rehiyon sa isla pinaagi sa enzymatic cleavage (Msp I), inubanan sa Bisulfite sequencing, naghatag og taas nga resolusyon sa DNA methylation detection.
Plataporma: Illumina NovaSeq Platform
-
Prokaryotic mRNA sequencing
Ang pagsunud sa mRNA naghatag gahum sa komprehensibo nga profiling sa tanan nga mga transcript sa mRNA sa sulod sa mga selyula sa ilawom sa piho nga mga kondisyon.Kining pinakabag-o nga teknolohiya nagsilbi nga usa ka kusgan nga himan, nagpadayag sa makuti nga mga profile sa ekspresyon sa gene, mga istruktura sa gene, ug mga mekanismo sa molekula nga may kalabutan sa lainlaing mga proseso sa biolohikal.Kaylap nga gisagop sa pundamental nga panukiduki, clinical diagnostics, ug drug development, ang mRNA sequencing nagtanyag og mga pagsabot sa mga intricacies sa cellular dynamics ug genetic regulation.Ang among prokaryotic mRNA sample nga pagproseso gipahaom alang sa prokaryotic transcriptomes, nga naglambigit sa rRNA depletion ug directional library preparation.
Plataporma: Illumina NovaSeq X
