Mapa sa init
Ang file sa data sa matrix gigamit alang sa pagdrowing sa mapa sa init, nga makasala, maka-normalize ug matrix nga datos sa cluster.Kini kasagarang gigamit alang sa cluster analysis sa gene expression level tali sa lain-laing sample.
Gene Annotation
Ang anotasyon sa function sa gene gihimo pinaagi sa pagmapa sa mga han-ay sa FASTA file batok sa lain-laing database.
Gene Annotation
Basic Local Alignment Search Tool
CDS_UTR_Prediction
Gidisenyo kini nga himan aron matagna ang mga rehiyon sa coding (CDS) ug mga rehiyon nga dili coding (UTR) sa gihatag nga mga han-ay sa transcript nga gibase sa pagbuto batok sa nahibal-an nga database sa protina ug panagna sa ORF.
Luto sa Manhattan
Ang laraw sa Manhattan nagtugot sa pagpakita sa datos nga adunay daghang mga punto sa datos.Kini kasagarang gigamit sa genome-wide association studies (GWAS).
Circos
Ang diagram sa CIRCOS makahimo sa direktang presentasyon sa SNP, InDeL, SV, CNV nga mga distribusyon sa genome.
GO_Pagpalambo
Ang TopGO usa ka himan nga gidisenyo alang sa pagpaayo sa pagpaandar.Ang TopGO-Bioconductor nga pakete naglangkob sa differential expression analysis, GO enrichment analysis ug visualization sa mga resulta.Makamugna kini og folder nga adunay output nga ginganlag "Graph", nga adunay mga resulta para sa topGO_BP, topGO_CC ug topGO_MF.
WGCNA
Ang WGCNA usa ka kaylap nga gigamit nga pamaagi sa pagmina sa datos alang sa pagdiskubre sa mga module sa co-expression sa gene.Magamit kini sa lainlaing dataset sa ekspresyon lakip na ang datos sa microarray ug datos sa ekspresyon sa gene nga naggikan sa sunod nga henerasyon nga pagkasunodsunod.
InterProScan
InterPro protein sequence analysis ug klasipikasyon
GO_KEGG_Pagpalambo
Kini nga himan gidesinyo aron makamugna og GO enrichment histogram, KEGG enrichment histogram ug KEGG enrichment pathway base sa gihatag nga gene set ug katugbang nga anotasyon.