BMKCloud Log in
条形banner-03

Balita

GENOME EVOLUTION

Genome De novo
Asembliya|Pagdeterminar sa sekso Ang tibuok nga sequencing nga mga buhat ug partial bioinformatic nga serbisyo gihatag sa Biomarker Techonologies.

Abstract

Ang iconic phenotype sa seadragons naglakip sa dahon-sama sa mga appendages, usa ka walay ngipon tubular baba, ug lalaki nga pagmabdos nga naglakip sa paglumlum sa fertilized mga itlog sa usa ka bukas nga "brood patch."Among de novo-sequenced laki ug baye nga genome sa komon nga seadragon (Phyllopteryx taeniolatus) ug sa iyang suod nga relasyon nga mga espisye, ang alligator pipefish (Syngnathoides biaculeatus).Ang mga profile sa transkripsyon gikan sa usa ka bag-o nga ebolusyon, ang sama sa dahon nga mga sumpay, nagpakita nga ang usa ka hugpong sa mga gene nga kasagarang nalambigit sa pag-uswag sa palikpik gi-co-opted ingon man usa ka pagpaayo sa mga tran script alang sa potensyal nga pag-ayo sa tisyu ug immune defense nga mga gene.Ang zebrafish mutants para sa scpp5, nga nawala sa tanang syngnathids, nakit-an nga kulang o adunay deformed pharyngeal ngipon, nga nagsuporta sa hypothesis nga ang pagkawala sa scpp5 nakatampo sa pagkawala sa ngipon sa syngnathids.Usa ka putative sex-determining locus nga nag-encode sa usa ka lalaki nga piho nga amhr2y gene nga gipaambit sa komon nga seadragon ug alligator pipefish giila. 

Mga materyales ug pamaagi:

Mga materyales

Famong komon nga seadragon (P. taeniolatus) ug duha ka alligator pipefish (S. biaculeatus) mga espesimen.Duha ka komon nga seadragon (usa ka lalaki ug usa ka babaye) ug duha ka alligator pipefish (usa ka lalaki ug usa ka babaye) nga mga indibidwal gigamit alang sa tibuok-genome sequencing, ug duha ka laing lalaki nga komon nga seadragon nga mga indibidwal gigamit alang sa genome resequencing.

Genome Sequencing nga estratehiya

270/350 bp library (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) o Nanopore 30 Kb (MinION) + Hi-C (NovaSeq 6000) .sequencing, ug duha ka laing lalaki nga komon nga seadragon nga mga indibidwal gigamit alang sa genome resequencing.

Transcriptome Sequencing

Fo komon nga seadragon, utok, mata, hasang, atay, kasingkasing, kidney, mesentery, tinai, kaunoran, kapay, panit, mga dugtong nga morag dahon, testis, ug ovary ang nakolekta.

Diskarte sa asembliya sa Genome de novo

Canu (Correction) + WTDBG2 (Assembly) + Pilon(Polish) + Lachesis (Hi-C).

Panguna nga mga Resulta

Fig.-1.-Kinahanglan nga mga bahin-sa-komon-seadragon-P.-taeniolatus-ug-ang-alligator-pipefish-S

Fig. 1. Pangunang bahin sa komon nga seadragon (P. taeniolatus) ug sa alligator pipefish (S. biaculeatus) ug sa ilang phylogenetic nga posisyon.

Fig.-2.-Morpolohiya-ug-genetic-makeup-sa-dahon-sama-mga-dugtong-sa-komon-seadragon-P

Fig. 2. Morphology ug genetic makeup sa mga dahon nga sama sa mga appendage sa komon nga seadragon (P. taeniolatus).

Fig.-3.-Putative-sex-determination-gene-in-the-common-seadragon-P.-taeniolatus-and-the-alligator-pipefish-S.-biaculeatus

Fig. 3. Putative sex determination gene sa komon nga seadragon (P. taeniolatus) ug ang alligator pipefish (S. biaculeatus).

Fig.-4

Fig. 4. Pharyngeal tooth phenotypes sa zebrafish scpp5 homozygous mutants.


Oras sa pag-post: Ene-08-2022

Ipadala ang imong mensahe kanamo: