GENOME EVOLUTION, PANGENOME
Unsa ang Pan-genome?
Ang natipon nga mga ebidensya nagpakita nga ang kalainan tali sa lain-laing mga strain sa usa ka espisye mahimong dako.Ang usa ka genome dili igo aron makuha ang tibuuk nga litrato sa genetic nga impormasyon sa usa ka espisye.Ang katuyoan sa Pan-genome nga pagtuon mao ang pagkuha og mas komprehensibo nga genomic graph sa usa ka espisye ug pag-decode sa mga relasyon tali sa mga kinaiya ug genetic codes pinaagi sa pagpahigayon sa genome de novo nga asembliya sa daghang mga strain, nga nagtugot sa mas lawom ug mas lapad nga pagmina sa mga variation.
Mga Trend sa Pan-genome Study
Figure 1 Ang mga uso sa gipatik nga mga research paper sa Pan-genome.
Mubo nga sulat: Gipakita sa numero ang resulta sa pagkuha sa "pan-genome" isip yawe nga pulong sa pagpangita sa mga titulo sa mga artikulo nga gipatik sa Nature, Cell and Science series nga mga journal
a.Ang mga pagbasa gikan sa daghang mga sampol gipahiangay sa usa ka pakisayran ug ang mga dili managsama gitipon sa mga nobela nga contigs.Pinaagi sa pagdugang niini nga mga nobela nga contigs sa orihinal nga reference sequence, usa ka pangenome reference mahimong matukod.Ang mga dispensable nga rehiyon gitino base sa pagmapa sa tanan nga nabasa balik sa pangenome.
b.Ang de novo nga asembliya sa mga genome sa daghang mga pag-access nagtugot sa tibuuk nga mga pamaagi sa pag-align sa genome aron mahibal-an ang mga dispensable nga genomic nga mga rehiyon.
c.Ang usa ka pan-genome graph mahimong mabuhat gikan sa tibuok genome alignment o pinaagi sa de novo graph assembly, nga episyente nga nagtipig sa lain-laing impormasyon sa dispensable nga mga rehiyon isip talagsaon nga mga agianan pinaagi sa graph.
Giunsa paghimo ang usa ka Pan-genome?
Figure 2 Pagtandi sa pan-genome approaches1
a.Ang mga pagbasa gikan sa daghang mga sampol gipahiangay sa usa ka pakisayran ug ang mga dili managsama gitipon sa mga nobela nga contigs.Pinaagi sa pagdugang niini nga mga nobela nga contigs sa orihinal nga reference sequence, usa ka pangenome reference mahimong matukod.Ang mga dispensable nga rehiyon gitino base sa pagmapa sa tanan nga nabasa balik sa pangenome.
b.Ang de novo nga asembliya sa mga genome sa daghang mga pag-access nagtugot sa tibuuk nga mga pamaagi sa pag-align sa genome aron mahibal-an ang mga dispensable nga genomic nga mga rehiyon.
c.Ang usa ka pan-genome graph mahimong mabuhat gikan sa tibuok genome alignment o pinaagi sa de novo graph assembly, nga episyente nga nagtipig sa lain-laing impormasyon sa dispensable nga mga rehiyon isip talagsaon nga mga agianan pinaagi sa graph.
Bag-o nga Gi-publish nga Pan-genomes
● Paglugos sa mga pan-genome2
● Mga pan-genome sa kamatis 3
● Rice Pan -genome4
● Sunflower Pan-genome5
● Soybean Pan-genome 6
● Rice Pan-genome7
● Barley Pan-genome8
● Wheat Pan-genome9
● Sorghum Pan-genome10
● Phytoplankton Pan-genome11
Reperensya
1. Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. Ang mga pan-genome sa tanom mao ang bag-ong reperensiya.Nat nga mga tanom.2020;6(8):914-920.doi:10.1038/s41477-020-0733-0
2. Kanta JM, Guan Z, Hu J, ug uban pa.Walo ka taas nga kalidad nga genome ang nagpadayag sa pan-genome nga arkitektura ug ecotype nga pagkalainlain sa Brassica napus.Nat nga mga tanom.2020;6(1):34-45.doi:10.1038/s41477-019-0577-7
3. Gao L, Gonda I, Sun H, et al.Ang tomato pan-genome nagbutyag sa bag-ong mga gene ug usa ka talagsaon nga allele nga nag-regulate sa lami sa prutas.Nat Genet.2019;51(6):1044-1051.doi:10.1038/s41588-019-0410-2
4. Zhao Q, Feng Q, Lu H, et al.Ang pan-genome analysis nagpasiugda sa gidak-on sa genomic variation sa kultibado ug ihalas nga humay [gimantala nga pagtul-id makita sa Nat Genet.2018 Ago;50(8):1196].Nat Genet.2018;50(2):278-284.doi:10.1038/s41588-018-0041-z
5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M, et al.Ang sunflower pan-genome analysis nagpakita nga ang hybridization nagbag-o sa sulod sa gene ug resistensya sa sakit.Nat nga mga tanom.2019;5(1):54-62.doi:10.1038/s41477-018-0329-0
6. Liu Y, Du H, Li P, et al.Pan-Genome sa Ihalas ug Naugmad nga Soybeans.Cell.2020;182(1):162-176.e13.doi:10.1016/j.cell.2020.05.023
7. Qin P, Lu H, Du H, ug uban pa.Ang pag-analisa sa pan-genome sa 33 nga genetically diverse nga pag-access sa bugas nagpadayag sa mga tinago nga genomic nga mga kalainan [gi-publish online una pa sa pag-imprinta, 2021 Mayo 25].Cell.2021;S0092-8674(21)00581-X.doi:10.1016/j.cell.2021.04.046
8. Jayakodi M, Padmarasu S, Haberer G, et al.Ang barley pan-genome nagpadayag sa tinago nga kabilin sa mutation breeding.Kinaiyahan.2020;588(7837):284-289.doi:10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C, et al.Ang daghang mga genome sa trigo nagpadayag sa global nga kalainan sa modernong pagpasanay.Kinaiyahan.2020;588(7837):277-283.doi:10.1038/s41586-020-2961-x
10. Tao Y, Luo H, Xu J, ug uban pa.Daghang kalainan sa sulod sa pan-genome sa kultibado ug ihalas nga sorghum [gi-publish online una pa sa pag-imprinta, 2021 Mayo 20].Nat nga mga tanom.2021;10.1038 / s41477-021-00925-x.doi:10.1038/s41477-021-00925-x
11. Fan X, Qiu H, Han W, ug uban pa.Ang Phytoplankton pangenome nagpadayag sa halapad nga prokaryotic horizontal gene transfer sa lain-laing mga gimbuhaton.Sci Adv.2020;6(18):eaba0111.Gipatik 2020 Abr 29. doi:10.1126/sciadv.aba0111
Oras sa pag-post: Ene-04-2022