Kaniadtong 2021, nasaksihan sa BMKGENE ang 31 nga panukiduki sa De novo genome nga malampuson nga gipatik sa mga high-impact nga mga journal nga adunay kinatibuk-ang epekto nga mga hinungdan sa 320. 15 sa mga artikulo ang gi-co-authored 4 niini ang co-authored isip unang tagsulat sa BMKGENE
Pagkahuman sa pagsugod sa tuig 2022, aduna nay duha ka artikulo sa panukiduki nga gipatik sa journal nga "Natural Genetics" ug "Molecular Plant" matag usa.Sila mao, "Duha ka divergent haplotypes gikan sa usa ka kaayo heterozygous lychee genome nagsugyot sa independente nga domestication nga mga panghitabo alang sa sayo ug sa ulahing bahin sa maturing cultivars" (Lychee genome research, nga gipahigayon sa College of Horticulture, South China Agricultural unibersidad, ug siyentipikanhong mga kolaborator, nga gipatik sa Natural Genetics. ), ug “Genome sequence sa lima ka Sitopsis species sa Aegilops ug ang gigikanan sa polyploid wheat B-subgenome” (Lima ka Sitopsis species genome, nga gihimo sa research team ni Propesor Bao Liu sa Northeast Normal University.).Repasuhon usab namo kining duha ka artikulo ug ipaambit sa among mga magbabasa.
Karon, tan-awon naton ang maayo kaayo nga mga artikulo sa panukiduki nga gipatik kaniadtong 2021 nga gi-co-author sa BMK ug sa among mga kauban nga pasilidad.
Genome sa Tanum — Mga kauswagan sa daghang mga espisye.
1. Ang usa ka taas nga kalidad nga genome assembly nagpasiugda sa rye genomic nga mga kinaiya ug agronomically importante nga mga gene
Nagtinabangay nga Pasilidad: Henan Agricultural University
Journal: Natural nga Genetics
Impact Factor: 38.31
Niini nga proyekto, ang genome sa Weining rye, usa ka elite nga Chinese rye variety, gisunod-sunod.Ang gitigum nga mga contigs (7.74 Gb) nagkantidad sa 98.47% sa gibanabana nga gidak-on sa genome (7.86 Gb), nga adunay 93.67% sa mga contigs (7.25 Gb) nga gi-assign sa pito ka chromosome.Ang nagbalikbalik nga mga elemento naglangkob sa 90.31% sa gitigum nga genome.Ang dugang nga pag-analisar sa Weining assembly naghatag ug bag-ong kahayag sa genome-wide gene duplications ug ang epekto niini sa starch biosynthesis genes, physical organization of complex prolamin loci, gene expression features nga nagpahipi sa sayo nga heading trait ug putative domestication-associated chromosomal regions ug loci sa rye.Kini nga genome sequence nagsaad sa pagpadali sa genomic ug breeding nga mga pagtuon sa rye ug may kalabutan nga mga tanum nga cereal.
2.Rose nga walay prickle: genomic insights nalambigit sa moisture adaptation
Nagtinabangay nga Pasilidad: Kunming Institute of Botany, Chinese Academy of Sciences
Journal: National Science Review
Impact Factor: 17.273
Niini nga proyekto, ang mga sample sa 'Basye's Thornless' (BT, usa ka prickle-free cultivar sa Rosa wichuraiana), 'Old Blush' (OB, usa ka founder genotype sa rose domestication), ilang F1 hybrids ug BCF1 ang nakolekta.Ug ang usa ka taas nga kalidad nga reference genome assembly gihimo aron mahibal-an ang genetic nga mga elemento nga may kalabutan sa pag-uswag sa tukog.Ang gidak-on sa genome mga 530.6 Mb.Aron mapamatud-an ang kalidad sa gitigum nga genome, ang pag-analisa sama sa pagtandi sa genetic map, BUSCO, NGS nga nagbasa sa reassembly, pagtandi sa OB haplotype, sequencing base error rate control ug genome-wide LTR Assembly Index value check (LAI=20.03) gihimo.Gipadayag sa kini nga panukiduki ang komplikado nga sumbanan sa panulondon ug mekanismo sa regulasyon sa mga tunok sa tukog ug naghatag kanamo usa ka pundasyon ug bag-ong mga kapanguhaan aron tun-an ang biology sa rosas ug mga marka sa molekula nga adunay kalabotan sa hinungdanon nga mga kinaiya.
3. Tibuok-Genome nga Pagkasunodsunod sa Synthesized Allopolyploids sa Cucumis Nagpadayag sa mga Panan-aw sa Genome Evolution sa Allopolyploidization
Nagtinabangay nga Pasilidad: Nanjing Agricultural University
Journal: Abanteng Siyensiya
Impact Factor: 16.801
Kini nga pagtuon nagtaho sa taas nga kalidad nga genome sa usa ka sintetikong allotetraploid nga nakuha gamit ang interspecific hybridization tali sa cucumber (C. sativus, 2n = 14) ug sa iyang ihalas nga paryente nga mga espisye (C. hystrix, 2n = 24) ug misunod nga chromosome duplication, nga mao ang una. bug-os nga sequenced sintetikong allopolyploid.Ang asembliya sa genome mi-apply sa workflow sa "PacBio+BioNano+Hi-C+Illumina” sequencing, miresulta sa genome size nga 530.8Mb ug contig N50 = 6.5Mb.Ang mga pagbasa gi-assign sa 19 ka pseudochromosome ug subgenome.Ang mga resulta nagpakita nga ang hybridization, imbes nga genome duplication, maoy hinungdan sa kadaghanan sa genomic nga mga kausaban sa nukleyar ug cp genome.Gisugyot niini nga ang fixed heterozygosity naghatag sa C. ×hytivus nga adunay dugang nga pagpahiangay sa stress.Naghatag ang mga resulta og bag-ong mga panabut sa ebolusyon sa polyploidy sa tanum ug nagtanyag usa ka prospective nga estratehiya sa pagpasanay alang sa umaabot nga mga tanum.
4. Pag-analisar sa Comparative Genome sa Highlight Transposon Mediated Genome Expansion ug sa Evolutionary Architecture sa 3D Genomic Folding sa Cotton
Nagtinabangay nga Pasilidad: Huazhong Agricultural University
Journal: Molecular Biology ug Evolution
Impact Factor: 16.242
Kini nga proyekto migamit sa Nanopore Sequencing sa pag-assemble sa genome sa tulo ka klase sa gapas nga mao ang: Gossypium rotundifolium (K2, genome size = 2.44Gb, contigN50 = 5.33Mb), G. arboreum (A2, genome size = 1.62Gb, contigN50 = 11.69Mb), ug G. raimondii (D5, genome size = 0.75Gb, contigN50 = 17.04 Gb).Kapin sa 99% sa tanan nga tulo ka mga genome ang gitigum pinaagi sa Hi-C.Ang mga resulta sa pagtuki sa BUSCO mao ang 92.5%, 93.9% ug 95.4% matag usa.Ang tanan niini nga mga numero nagpakita nga ang tulo ka mga genome sa asembliya kay reference -grade.Ang pagtandi sa genome nga pag-analisa nagdokumento sa mga detalye sa lineage-specific TE amplification nga nakatampo sa dagkong kalainan sa gidak-on sa genome.Kini nga pagtuon naghatag kahayag sa papel sa transposon-mediated genome expansion sa ebolusyon sa mas taas nga-order nga chromatin structure sa mga tanom.
5. Chromosome-scale assembly ug analysis sa biomass crop nga Miscanthus lutarioriparius genome
Nagtinabangay nga Pasilidad: CAS Center for Excellence sa Molecular Plant Sciences
Journal: Komunikasyon sa Kinaiyahan
Impact Factor: 14.912
Kini nga proyekto nagreport sa usa ka chromosome-scale assembly sa Miscanthus lutarioriparius genome pinaagi sa paghiusa sa Oxford Nanopore sequencing ug Hi-C nga mga teknolohiya.Ang 2.07Gb nga asembliya naglangkob sa 96.64% sa genome, nga adunay contig N50 sa 1.71 Mb.Mga 94.30% sa kinatibuk-ang mga han-ay ang nakaangkla sa 19 ka pseudochromosome.Pinaagi sa pagtandi sa BAC sequence, LAI evaluation, BUSCO evaluation, re-assembly sa NGS data, re-assembly sa transcriptome data, ang genome gi-evaluate isip taas nga kalidad ug pagpadayon.Ang allotetraploid nga gigikanan sa M. lutarioriparius gikumpirma gamit ang centromeric satellite repeats.Tandem duplicate genes sa M. lutarioriparius kay functional enriched dili lamang sa termino nga may kalabutan sa stress tubag, apan cell wall biosynthesis.Ang mga duplicate sa gene lagmit adunay papel sa C4 photosynthesis ug makatampo sa Miscanthus C4 photosynthesis sa ubos nga temperatura.Ang panukiduki naghatag hinungdanon nga pakisayran alang sa pagtuon sa mga tanum nga perennial.
6. Ang lebel sa chromosome nga Camptotheca acuminata genome nga asembliya naghatag ug mga panabut sa ebolusyonaryong gigikanan sa biosynthesis sa camptothecin
Nagtinabangay nga Pasilidad: Sichuan University
Journal: Komunikasyon sa Kinaiyahan
Impact Factor: 14.912
Kini nga proyekto nagreport sa usa ka taas nga kalidad, chromosome-level C. acuminata genome assembly, nga adunay genome nga gidak-on nga 414.95Mb ug contingN50 1.47Mb.Among nakit-an nga ang C. acuminata nakasinati og usa ka independente nga whole-genome duplication ug daghang mga gene nga nakuha gikan niini may kalabutan sa camptothecin biosynthesis.Ang functional divergence sa LAMT gene ug positibo nga ebolusyon sa duha ka SLAS genes, busa, ang duha nakatampo og dako sa camptothecin biosynthesis sa C. acuminata.Ang mga resulta nagpasiugda sa kamahinungdanon sa taas nga kalidad nga genome assembly sa pag-ila sa genetic nga mga kausaban sa ebolusyonaryong gigikanan sa usa ka secondary metabolite.
7. Allele-defined genome nagpadayag biallelic differentiation sa panahon sa cassava evolution
Nagtinabangay nga Pasilidad: Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences
Journal: Molecular Plant
Impact Factor: 13.162
Kini nga proyekto nag-assemble ug reference genome alang sa cassava nga adunay contigN50 1.1Mb gamit ang Pacific Biosciences (PacBio) sequencing platform.Human sa ebalwasyon sa BUSCO, LAI index, ug high-density genetic map, ang gitigom nga genome gikumpirma nga grado sa reperensiya.Ang sobra nga mga rehiyon giila ug ang mga contigs gi-angkla sa 18 ka pseudochromosome gamit ang Hi-C nga mga link.Kining taas nga kalidad ug allele-defined reference genome alang sa cassava bililhon sa pag-ila sa divergent bi-alleles sa homologous chromosome, nga nagtugot sa pag-usisa sa pagkalahi ug ekspresyon nga dominasyon sa bi-alleles ug sa ilang nagpahiping ebolusyonaryong pwersa sa pagmaneho.Gipadali niini ang pag-usab sa mga estratehiya sa pagpasanay sa balanghoy ug uban pang mga heterozygous nga tanum.
8.Genomic nga panabut sa paspas nga pagtubo sa paulownias ug ang pagporma sa silhig sa mga bruha ni Paulownia
Nagtinabangay nga Pasilidad: Henan Agricultural university
Journal: Molecular Plant
Impact Factor: 13.162
Kini nga proyekto nagtigum sa usa ka taas nga kalidad nga nukleyar nga genome sa Paulownia fortunei, 511.6 Mb ang gidak-on, nga adunay 93.2% sa mga han-ay nga nakaangkla sa 20 ka pseudochromosome.Ang mas taas nga episyente sa photosynthetic makab-ot pinaagi sa paghiusa sa C3 photosynthesis ug ang crassulacean acid metabolism pathway, nga mahimong nakatampo sa hilabihan ka paspas nga kinaiya sa pagtubo sa mga punoan sa paulownia.Ang dugang nga genome sequencing sa PaWB phytoplasma, inubanan sa functional analysis, nagpakita nga ang effector nga PaWB-SAP54 direktang nakig-interact sa Paulownia PfSPLa, nga maoy hinungdan sa pagkadaot sa PfSPLa pinaagi sa ubiquitin-mediated pathway ug mosangpot sa pagporma sa silhig sa mga ungo.Ang datos naghatag ug mahinungdanong pagsabot sa biology sa paulownias ug ang regulatory mechanism alang sa pagporma sa PaWB.
Genome sa mga mananap - Ang lawom nga pagsabot sa ebolusyon sa mga espisye
1. Ang genome sa Nautilus pompilius nagdan-ag sa ebolusyon sa mata ug biomineralization
Nagtinabangay nga Pasilidad: South China Sea Institute of Oceanology, CAS
Journal: Natural nga Ekolohiya ug ebolusyon
Impact Factor: 15.462
Kini nga proyekto nagpakita sa usa ka kompleto nga genome alang sa Nautilus pompilius.Kini adunay minimalist nga genome sa mga sequenced cephalopods, nga 730.58Mb nga adunay contigN50 = 1.1Mb.Ang resulta sa pagsusi sa BUSCO kay 91.31%.Inubanan sa transcriptome, proteome, gene family ug phylogenetic analysis, kini nga genome naghatag ug sukaranang reperensiya sa mga inobasyon sa cephalopod, sama sa pinhole eye ug biomineralization.Gipakita sa panukiduki nga ang kadaot sa pagkakompleto sa Hox gene cluster mahimong adunay kalabotan sa pagkahanaw sa kabhang sa Mollusks.Importante, daghang genomic inobations lakip na ang pagkawala sa gene, independent contraction ug pagpalapad sa mga piho nga pamilya sa gene ug ang ilang mga kaubang regulatory networks lagmit naghulma sa ebolusyon sa nautilus pinhole eye.Ang nautilus genome naglangkob sa usa ka bililhon nga kapanguhaan alang sa pagtukod pag-usab sa mga ebolusyonaryong senaryo ug genomic nga mga inobasyon nga naghulma sa naglungtad nga mga cephalopod.
2. Ang pag-analisa sa genome sa Seadragon naghatag mga panabut sa iyang phenotype ug lokasyon sa pagdeterminar sa sekso
Nagtinabangay nga Pasilidad: South China Sea Institute of Oceanology, CAS
Journal: Mga Pag-uswag sa Siyensiya
Impact Factor: 14.132
Kini nga proyekto de novo-sequenced laki ug baye nga genome sa komon nga seadragon (Phyllopteryx taeniolatus) ug ang iyang mga suod nga paryente nga mga espisye, ang alligator pipefish (Syngnathoides biaculeatus).Ang gidak-on sa genome alang sa Phyllopteryx taeniolatus kay ~659 Mb（♂）ug ~663 Mb（♀）, nga adunay contigN50 sa 10.0Mb ug 12.1mb.ang gidak-on sa genome alang sa Phyllopteryx taeniolatus kay 637 Mb（♂）ug ~648Mb（♀）, nga adunay contigN50 sa 18.0Mb ug 21.0Mb.Pinaagi sa phylogenetic analysis, ang komon nga seadragon ug ang alligator pipefish kay sister taxon sa Syngnathinae, ug naglainlain mga 27.3 Ma ang milabay.Ang mga profile sa transkripsyon gikan sa usa ka ebolusyonaryong kabag-ohan, ang sama sa dahon nga mga sumpay, nagpakita nga ang usa ka hugpong sa mga gene nga kasagarang nalangkit sa pag-uswag sa palikpik gi-co-opted ingon man usa ka pagpauswag sa mga tran-script alang sa potensyal nga pag-ayo sa tisyu ug immune defense nga mga gene.Usa ka putative sex-determining locus nga nag-encode sa usa ka lalaki nga piho nga amhr2y gene nga gipaambit sa komon nga seadragon ug alligator pipefish giila.Kini nga proyekto naghatag kritikal nga ebidensya alang sa mga pagtuon sa adaptive evolution.
Oras sa pag-post: Sep-19-2022