GWAS
Titulo: Ang whole-genome resequencing nagpadayag sa Brassica napus nga gigikanan ug genetic loci nga nalangkit sa pagpalambo niini
Journal: Komunikasyon sa Kinaiyahan
NGS |WGS |Resequencing |GWAS |Transcriptome |RNAseq |Brassica napus |Ebolusyon |Panimalay
Sa kini nga pagtuon, ang Biomarker Technologies naghatag mga Serbisyo sa pagsunud sa NGS, ingon man suporta sa teknikal sa pag-analisa sa bioinformatics sa mga datos sa pagkasunud-sunod.
Background
Brassica napusAng (rapeseed) usa ka importanteng tanom nga liso sa lana ug maayo kaayong modelo sa pag-imbestigar sa mga proseso sa polyploid speciation, ebolusyon ug pagpili.Bisan pa, kung ang ihalas nga mga espisye o gipamuhi nga mga donor mga ginikanan sa ginikanan ug mga gene nga nakatampo sa pagpamuhi ug pag-uswag sa rapeseed wala pa mahibal-an.
Mga materyales ug pamaagi
Mga materyales:588B. napusAng mga accession nalambigit niini nga pagtuon, lakip ang 466 gikan sa Asia, 102 gikan sa Europe, 13 gikan sa North America, ug 7 gikan sa Australia.Pinasukad sa mga rekord sa pamatasan sa pagtubo, kini nga mga materyales gibahin sa tulo nga mga ecotypes;spring (86 accessions), tingtugnaw (74 accessions), ug semi-winter (428 accessions).
Pagsunodsunod:Aberids nga gibanabana.5× (gikan sa 3.37× hangtod 7.71×)
Pagsunod-sunod nga plataporma:Illumina Hiseq 4000
Paggama sa datos:4.03 Tb limpyo nga datos
Pagtawag sa SNP:BWA + GATK.5,294,158 ka SNP ug 1,307,151 ka InDels ang nakuha.
Resulta
Sinugdanan sa B. napus
B. napusUsa ka subgenome ang milambo gikan sa katigulangan sa European turnip.Usa ka gene flow event gikan sa European turnip ngadto saB. napus Usa ka subgenome ang nahitabo ~ 106-1170 ka tuig ang milabay.B. napusAng C subgenome mahimo nga milambo gikan sa sagad nga katigulangan sa kini nga mga linya.Ang katigulangan saB. napusnabahin gikan sa komon nga katigulangan sa upat ka B. oleracea subspecies, uban sa bag-o nga gene modagayday ngadto saB. napus~108–898 ka tuig ang milabay.B. napusAng C subgenome adunay mas komplikado nga gigikanan kaysa A Subgenome.Usa ka lig-on nga bottleneck naugmad sa duha ka subgenome sa panahonB. napusebolusyon.Ang tingtugnaw ug semi-tingtugnawB. napusecotypes naglainlain ~60 ka tuig ang milabay, samtang ang tingtugnaw ug tingpamulakB. napusnagkatibulaag ~416 ka tuig ang milabay, ug oilseed ug non-oilseedB. napusnaglainlain ~277 ka tuig ang milabay.
Fig. 2 Estruktura sa populasyon sa 588 B. napus accessions ug 199 sa B. rapa accessions.
Fig. 3 Estruktura sa populasyon sa 588 B. napus accessions ug 119 sa B. oleracea accessions
Mga signal sa pagpili ug mga pagtuon sa asosasyon sa Genome-wide.
Atol sa unang yugto sa pag-uswag (FSI), mas daghang genetic diversity ang nawala sa B. napus C subgenome kay sa A subgenome.Dili kaayo genetic differentiation ang nahitabo sa panahon sa FSI kaysa sa ikaduhang yugto sa pag-uswag (SSI).Ang mga gene sa SSI-selection signal regions gipadato sa stress tolerance, development ug metabolic pathways.Ang 60 loci nga mahinungdanon nga nalambigit sa 10 ka target nga mga kinaiya, lakip ang 5 nga may kalabutan sa abot sa binhi, 3 sa silique nga gitas-on, 4 sa sulod sa lana, ug 48 sa kalidad sa binhi ang giila.
Fig. 4 Genome-wide scanning ug annotation sa pinili nga mga rehiyon sa panahon sa SSI sa B. napus
Pagtuki sa transcriptome
Ang datos sa RNAseq sa 11 nga mga tisyu gikan sa taas nga sulud sa lana ug doble nga ubos nga cultivar ug usa ka ubos nga sulud sa lana ug doble nga taas nga cultivar nga giila nga mga gene nga may kalabotan sa proseso sa biosynthetic nga glucosinolate labi nga girepresentahan.
Fig. 5 Overview sa regulasyon sa panahon sa pagpamulak ubos sa pagpili sa ecotype improvement sa B. napus
Panaghisgot
Kini nga pagtuon naghatag usa ka bililhon nga kapanguhaan alang sa pagsabut sa gigikanan ug pagpauswag sa kasaysayan saB. napusug mapadali ang pagdissection sa genetic base sa importante nga agronomic complex nga mga kinaiya.Ang mahinungdanong mga SNP nga nalangkit sa paborableng mga variant, mga senyales sa pagpili ug mga gene sa kandidato dakog ikatampo sa umaabot, ilabina sa pagpausbaw sa abot, kalidad sa binhi, sulod sa lana, ug pagpahaom niining bag-o nga allopolyploid crop ug sa mga paryente niini.
Reperensya
Ang whole-genome resequencing nagpadayag sa gigikanan sa Brassica napus ug genetic loci nga nalangkit sa pag-uswag niini [J].Komunikasyon sa Kinaiyahan, 2019, 10(1).
Mga Balita ug Highlight nagtumong sa pagpaambit sa pinakabag-o nga malampuson nga mga kaso sa Biomarker Technologies, pagkuha sa nobela nga mga kalampusan sa siyensya ingon man sa mga prominenteng teknik nga gigamit sa panahon sa pagtuon.
Oras sa pag-post: Ene-05-2022