Ang high-throughput genotyping, ilabina sa dako nga populasyon, usa ka sukaranan nga lakang sa genetic association studies, nga naghatag og genetic nga basehan alang sa functional gene discovery, evolutionary analysis, ug uban pa. ) gipaila aron mapamenos ang sequencing cost kada sample, samtang mamentinar ang makatarunganong efficiency sa genetic marker discovery.Kini kasagarang makab-ot pinaagi sa pag-extract sa restriction fragment sulod sa gihatag nga gidak-on nga gidak-on, nga ginganlan og reduced representation library(RRL).Ang specific-locus amplified fragment sequencing (SLAF-Seq) kay usa ka self-developed nga estratehiya para sa de novo SNP discovery ug SNP genotyping sa dagkong populasyon.
Teknikal nga workflow
SLAF kumpara sa Naglungtad nga RRL nga mga pamaagi
Mga bentaha sa SLAF
Mas taas nga genetic marker discovery efficiency- Inubanan sa high-throughput sequencing nga teknolohiya, ang SLAF-Seq mahimong makab-ot ang gatusan ka libo nga mga tag nga nadiskobrehan sulod sa tibuok genome aron matuman ang hangyo sa lain-laing mga proyekto sa panukiduki, bisan adunay o walay reference genome.
Customized & Flexible eksperimento nga disenyo– Para sa lain-laing tumong sa panukiduki o espisye, lain-laing enzymatic digestion nga mga estratehiya ang anaa lakip ang single-enzyme, dual-enzyme ug multi-enzyme digestion.Ang estratehiya sa pagtunaw paga-pre-evaluate sa silico aron masiguro ang labing maayo nga disenyo sa enzyme.
Taas nga kahusayan sa pagtunaw sa enzymatic– Ang giplano nang daan nga enzymatic digestion naghatag ug mas parehas nga pagkaapod-apod sa mga SLAF sa chromosome.Ang episyente sa pagkolekta sa tipik mahimong makab-ot sa 95%.
Likayi ang balikbalik nga pagkasunodsunod– Porsiyento sa nagbalikbalik nga pagkasunodsunod sa SLAF-Seq nga datos gipakunhod ngadto sa ubos sa 5%, ilabina sa mga espisye nga adunay taas nga lebel sa nagbalikbalik nga mga elemento, sama sa trigo, mais, ug uban pa.
Gipalambo sa kaugalingon nga bioinformatic workflow– Ang BMK nakamugna ug usa ka integrated bioinformatic workflow nga magamit sa SLAF-Seq nga teknolohiya aron maseguro ang kasaligan ug tukma sa kataposang output.
Aplikasyon sa SLAF
Genetic linkage nga mapa
High-density genetic map construction ug pag-ila sa loci controlling flower-type nga mga kinaiya sa Chrysanthemum(Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Journal: Pagpanukiduki sa Hortikultura Gipatik: 2020.7
GWAS
Pag-ila sa usa ka kandidato nga gene nga may kalabutan sa isofavone content sa soybean seeds gamit ang genome-wide association ug linkage mapping
Journal: ang Plant Journal Gipatik: 2020.08
Ebolusyonaryong Genetika
Ang pag-analisa sa genomic sa populasyon ug ang de novo nga asembliya nagpadayag sa gigikanan sa sagbot nga bugas ingon usa ka dula sa ebolusyon
Journal: Molecular Plant Gipatik: 2019.5
Bulked Segregant Analysis (BSA)
Ang GmST1, nga nag-encode sa sulfotransferase, naghatag og resistensya sa soybean mosaic virus strains G2 ug G3
Journal: Plant, Cell ug Environment Gipatik: 2021.04
Reperensya
Sun X, Liu D, Zhang X, ug uban pa.SLAF-Seq: usa ka episyente nga pamaagi sa dinagkong de novo nga pagdiskobre sa SNP ug genotyping gamit ang high-throughput sequencing [J].Plos uno, 2013, 8(3):e58700
Kanta X, Xu Y, Gao K, ug uban pa.High-density genetic map construction ug pag-ila sa loci controlling flower-type nga mga kinaiya sa Chrysanthemum (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Si Hortic Res.2020;7:108.
Wu D, Li D, Zhao X, ug uban pa.Pag-ila sa usa ka kandidato nga gene nga may kalabutan sa isoflavone nga sulod sa soybean seeds gamit ang genome-wide association ug linkage mapping.Plant J. 2020;104(4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L, ug uban pa.Population Genomic Analysis ug De Novo Assembly Nagpadayag sa Sinugdanan sa Weedy Rice isip Ebolusyonaryong Dula.Tanum nga Mol.2019;12(5):632-647.Tanum nga Mol.2018;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z, ug uban pa.Ang GmST1, nga nag-encode sa usa ka sulfotransferase, naghatag og resistensya sa soybean mosaic virus strains G2 ug G3.Kalibotan sa Selula sa Tanum.2021;10.1111/pce.14066
Oras sa pag-post: Ene-04-2022