Mga produkto

Metagenomic Sequencing-Nanopore

Ang metagenomics usa ka molekular nga himan nga gigamit sa pag-analisar sa nagkasagol nga genomic nga mga materyales nga gikuha gikan sa mga sample sa kalikopan, nga naghatag og detalyado nga impormasyon sa pagkalain-lain ug kadagaya sa mga espisye, istruktura sa populasyon, phylogenetic nga relasyon, functional genes ug correlation network uban sa environmental nga mga hinungdan, ug uban pa. Nanopore sequencing platforms bag-o lang gipaila sa metagenomic nga mga pagtuon.Ang talagsaon nga pasundayag niini sa gitas-on sa pagbasa sa kadaghanan nagpauswag sa pag-analisar sa metagenomic sa suba, labi na ang metagenome assembly.Ang pagpahimulos sa read-length, Nanopore-based metagenomic nga pagtuon makahimo sa pagkab-ot sa mas padayon nga asembliya itandi sa shot-gun metagenomics.Gimantala nga ang Nanopore-based metagenomics malampuson nga nakamugna og kompleto ug sirado nga mga genome sa bakterya gikan sa microbiomes (Moss, EL, et. al,Kinaiyahan Biotech, 2020)

Plataporma:Nanopore PromethION P48

Kontaka Kami

Mga Detalye sa Serbisyo

Mga Resulta sa Demo

Kaso sa BMK

Mga Bentaha sa Serbisyo

● Taas nga kalidad nga asembliya-Pagpauswag sa katukma sa pag-ila sa mga espisye ug pagtagna sa funcational gene

● Closed bacterial genome isolation

● Mas gamhanan ug kasaligan nga paggamit sa lain-laing lugar, eg detection sa pathogenic microorganisms o antibiotic resistensya nga may kalabutan nga mga gene

● Comparative metagenome analysis

Mga Detalye sa Serbisyo

Plataporma	Pagsunodsunod	Girekomenda nga datos	Panahon sa Pag-usab
Nanopore	ONT	6 G/10 G	65 ka adlaw sa pagtrabaho

Pag-analisar sa bioinformatics

● Pagkontrol sa kalidad sa hilaw nga datos

● Metagenome nga asembliya

● Non-redundant gene set ug anotasyon

● Pagtuki sa kadaiyahan sa espisye

● Pagtuki sa pagkalain-lain sa function sa genetic

● Inter-grupo nga pagtuki

● Pagtuki sa asosasyon batok sa eksperimento nga mga hinungdan

Sample nga Kinahanglanon ug Paghatud

Sample nga mga kinahanglanon ug pagpadala

Sample nga Kinahanglanon:

Alang saMga kinuha sa DNA:

Sample Type	kantidad	Konsentrasyon	Kaputli
Mga kinuha sa DNA	1-1.5 ug	＞ 20 ng/μl	OD260/280= 1.6-2.5

Para sa mga sample sa kinaiyahan:

Sampol nga tipo	Girekomenda nga pamaagi sa sampling
Yuta	Gidaghanon sa sampling: gibanabana.5 g;Ang nahabilin nga nalaya nga substansiya kinahanglan nga tangtangon gikan sa nawong;Paggaling sa dagkong mga piraso ug pag-agi sa 2 mm nga filter;Aliquot samples sa sterile EP-tube o cyrotube para sa reservation.
Mga hugaw	Gidaghanon sa sampling: gibanabana.5 g;Pagkolekta ug pag-aliquot sa mga sample sa sterile EP-tube o cryotube para sa reserbasyon.
Mga sulod sa tinai	Ang mga sample kinahanglan nga iproseso ubos sa aseptiko nga kondisyon.Hugasi ang nakolekta nga tissue gamit ang PBS;Centrifuge ang PBS ug kolektaha ang precipitant sa EP-tubes.
Lapok	Gidaghanon sa sampling: gibanabana.5 g;Pagkolekta ug pag-aliquot sa sludge sample sa sterile EP-tube o cryotube para sa reserbasyon
Katubigan	Alang sa sample nga adunay limitado nga gidaghanon sa microbial, sama sa tubig sa gripo, tubig sa atabay, ug uban pa, Pagkolekta ug labing menos 1 L nga tubig ug ipasa ang 0.22 μm nga salaan aron mapauswag ang microbial sa lamad.Ibutang ang lamad sa sterile nga tubo.
Panit	Pag-ayo sa pag-scrape sa panit gamit ang sterile cotton swab o surgical blade ug ibutang kini sa sterile tube.

Girekomenda nga Sample Delivery

I-freeze ang mga sample sa liquid nitrogen sulod sa 3-4 ka oras ug tipigi sa liquid nitrogen o -80 degree ngadto sa long-term reservation.Gikinahanglan ang sample nga pagpadala gamit ang dry-ice.

Daloy sa Trabaho sa Serbisyo

Sample nga paghatod

Pagtukod sa librarya

Pagsunodsunod

Pagtuki sa datos

After-sale nga serbisyo

Kaniadto: Tibuok genome bisulfite sequencing

Sunod: Metagenomic Sequencing -NGS

1.Heatmap: Pagpundok sa bahandi sa mga espisye2.Functional genes annotated sa KEGG metabolic pathways3.Species correlation network4.Circos sa CARD antibiotic resistance genes

Kaso sa BMK

Ang Nanopore metagenomics makahimo sa paspas nga clinical diagnosis sa bacterial lower respiratory infection

Gipatik:Nature Biotechnology, 2019

Mga Highlight sa Teknikal
Pagsunud-sunod: Nanopore Minion
Clinical metagenomics bioinformatics: Host DNA depletion, WIMP ug ARMA analysis
Rapid detection: 6 ka oras
Taas nga pagkasensitibo: 96.6%

Pangunang mga resulta

Niadtong 2006, ang lower respiratory infection (LR) maoy hinungdan sa 3 ka milyon nga kamatayon sa tawo sa tibuok kalibotan.Ang tipikal nga pamaagi para sa LR1 pathogen detection mao ang cultivation, nga adunay dili maayo nga pagkasensitibo, taas nga turn-around-time ug kulang sa giya sa sayo nga antibiotic therapy.Ang paspas ug tukma nga pagdayagnos sa microbial dugay nang dinalian nga panginahanglan.Si Dr. Justin gikan sa Unibersidad sa East Anglia ug ang iyang mga kauban malamposong nakamugna ug Nanopore-based metagenomic method para sa pathogen detection.Sumala sa ilang workflow, 99.99% sa host DNA mahimong mahurot.Ang pagtuki sa mga pathogen ug antibiotic resistant nga mga gene mahimong mahuman sa 6 ka oras.

Reperensya
Charalampous, T. , Kay, GL , Richardson, H. , Aydin, A. , & O'Grady, J. .(2019).Ang Nanopore metagenomics makahimo sa paspas nga clinical diagnosis sa bacterial lower respiratory infection.Nature Biotechnology, 37(7), 1.