Mga produkto

Full-Length mRNA Sequencing-Nanopore

Ang pagsunud sa RNA usa ka hinungdanon nga himan alang sa komprehensibo nga pagtuki sa transcriptome.Sa walay duhaduha, ang tradisyonal nga mubo nga pagbasa nga pagkasunodsunod nakab-ot ang daghang hinungdanon nga pag-uswag dinhi.Bisan pa niana, kini kasagarang makasugat og mga limitasyon sa bug-os nga gitas-on nga isoform identifications, quantification, PCR bias.

Ang pagsunud sa Nanopore nagpalahi sa kaugalingon gikan sa ubang mga platform sa pagsunud, tungod kay ang mga nucleotide direkta nga gibasa nga wala’y synthesis sa DNA ug nagpatunghag taas nga pagbasa sa napulo ka kilobases.Kini naghatag gahum sa direkta nga pagbasa sa pagtabok sa tibuuk nga mga transcript ug pag-atubang sa mga hagit sa mga pagtuon sa lebel sa isoform.

Plataporma:Nanopore PromethION

Library:cDNA-PCR

Kontaka Kami

Mga Detalye sa Serbisyo

Mga Resulta sa Demo

Pagtuon sa Kaso

Mga Bentaha sa Serbisyo

● Ubos nga pagkasunodsunod nga bias

● Pagpadayag sa bug-os nga gitas-on nga mga molekula sa cDNA

● Gamay nga datos ang gikinahanglan aron masakop ang parehas nga gidaghanon sa mga transcript

● Pag-ila sa daghang isoform kada gene

● Pag-ihap sa ekspresyon sa lebel sa isoform

Mga Detalye sa Serbisyo

Library

Plataporma

Girekomendar nga abot sa datos (Gb)

Pagkontrol sa Kalidad

cDNA-PCR(Poly-A enriched)

Nanopore PromethION P48

6 Gb/sample (Depende sa espisye)

Full-length ratio> 70%

Average nga marka sa kalidad: Q10

Pag-analisar sa bioinformatics

●Pagproseso sa hilaw nga datos

● Transcript identification

● Alternatibong splicing

● Pagsukod sa ekspresyon sa lebel sa gene ug lebel sa isoform

● Pagtuki sa lain-laing ekspresyon

● Function annotation ug enrichment (DEGs ug DETs)

Sample nga Kinahanglanon ug Paghatud

Sample nga Kinahanglanon:

Nucleotides:

Conc.(ng/μl)

Gidaghanon (μg)

Kaputli

Integridad

≥ 100

≥ 0.6

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Limitado o walay kontaminasyon sa protina o DNA nga gipakita sa gel.

Para sa mga tanom: RIN≥7.0;

Para sa mga mananap: RIN≥7.5;

5.0≥28S/18S≥1.0;

limitado o walay baseline elevation

Tissue: Timbang(uga): ≥1 g

*Para sa tissue nga mas gamay sa 5 mg, among girekomenda nga magpadala ug flash frozen(sa liquid nitrogen) tissue sample.

Pagsuspinde sa selula: Ihap sa selula = 3×10⁶- 1×10⁷

* Girekomenda namon nga ipadala ang frozen cell lysate.Sa kaso nga ang cell nag-ihap nga mas gamay sa 5 × 10⁵, girekomendar ang flash frozen sa liquid nitrogen, nga mas maayo alang sa micro extraction.

Mga sample sa dugo: Volume≥1 ml

Girekomenda nga Sample Delivery

Kontainer: 2 ml centrifuge tube (Tin foil dili girekomendar)

Sample nga pag-label: Grupo+kopya eg A1, A2, A3;B1, B2, B3...

Pagpadala: 2, Dry-ice: Ang mga sample kinahanglan nga iputos sa mga bag ug ilubong sa uga nga yelo.

RNAstable tubes: Ang mga sample sa RNA mahimong mamala sa RNA stabilization tube (eg RNAstable®) ug ipadala sa temperatura sa kwarto.

Daloy sa Trabaho sa Serbisyo

Nucleotides:

Sample nga paghatod

Pagtukod sa librarya

Pagsunodsunod

Pagtuki sa datos

After-sale nga serbisyo

Daloy sa Trabaho sa Serbisyo

Tissue:

Eksperimento nga disenyo

Sample nga paghatod

Pagkuha sa RNA

Pagtukod sa librarya

Pagsunodsunod

Pagtuki sa datos

After-sale nga serbisyo

Kaniadto: Full-length mRNA sequencing -PacBio

Sunod: 10x Genomics Visium Spatial Transcriptome

1.Differential expression analysis -Volcano plot

Ang pag-analisa sa differential expression mahimong maproseso sa parehas nga lebel sa gene aron mailhan ang mga differentially expressed genes (DEGs) ug sa lebel sa isoform aron mailhan ang differentially.

3(1)

gipahayag nga mga transcript (DETs)

2.Hierarchical clustering heatmap

3.Alternative splicing identification ug classification

Lima ka matang sa alternatibong splicing nga mga panghitabo mahimong matagna sa Astalavista.

4.Alternatibong poly-adenylation (APA) nga mga panghitabo nga pag-ila ug Motif sa 50 bp pataas sa poly-A

Kaso sa BMK

Alternatibong splicing identification ug isoform-level quantification pinaagi sa nanopore full-length transcriptome sequencing

Gipatik:Komunikasyon sa Kinaiyahan, 2020

Estratehiya sa pagkasunodsunod:

Pag-grupo: 1. CLL-SF3B1(WT);2. CLL-SF3B1(K700E mutation);3. Normal nga B-cells

Estratehiya sa pagkasunodsunod: Pagsunud sa librarya sa Minion 2D, pagkasunud sa librarya sa PromethION 1D;mubo nga pagbasa sa datos gikan sa parehas nga mga sample

Pagsunod-sunod nga plataporma: Nanopore Minion;Nanopore PromethION;

Pangunang mga resulta

1.Isoform-level Alternative Splicing Identification

Ang dugay nga pagbasa nga mga han-ay naghatag gahum sa pag-ila sa mutant SF3B1^K700E- giusab nga mga site sa splice sa lebel sa isoform.Ang 35 ka alternatibong 3′SSs ug 10 ka alternatibong 5′SSs nakit-an nga adunay dakong kalainan tali sa SF3B1^K700Eug sf3b1^WT.Ang 33 sa 35 ka mga pagbag-o bag-o lang nadiskobrehan sa dugay nang gibasa nga mga han-ay.

2.Isoform-level Alternative Splicing quantification

Pagpahayag sa intron retention(IR) isoforms sa SF3B1^K700Eug sf3b1^WTgi-quantified base sa nanopore sequence, nga nagpadayag sa usa ka global down-regulation sa IR isoforms sa SF3B1^K700E.

Reperensya

Tang AD, Soulette CM, Baren MJV, ug uban pa.Ang full-length nga transcript characterization sa SF3B1 mutation sa chronic lymphocytic leukemia nagpadayag sa downregulation sa gipabilin nga introns [J].Komunikasyon sa Kinaiyahan.