Mga produkto

Pagsunud sa DNA/RNA -PacBio Sequencer

DNA/RNA sequencing -PacBio Sequencer Featured Image

Ang PacBio sequencing platform usa ka dugay na nga pagbasa nga sequencing platform, nga nailhan usab nga usa sa Third-Generation Sequencing(TGS) nga mga teknolohiya.Ang kinauyokan nga teknolohiya, usa ka molekula nga real-time (SMRT), naghatag gahum sa henerasyon sa mga pagbasa nga adunay napulo ka kilo-base ang gitas-on.Sa base sa "Sequencing-by-Synthesis", ang usa ka nucleotide resolution nakab-ot sa Zero-mode waveguide(ZMW), diin limitado lamang ang volume sa ubos(site of molecule synthesis), ang nalamdagan.Dugang pa, ang pagsunud-sunod sa SMRT sa kadaghanan naglikay sa pagkasunod-sunod nga piho nga bias sa sistema sa NGS, tungod kay kadaghanan sa mga lakang sa pagpadako sa PCR wala kinahanglana sa proseso sa pagtukod sa librarya.

Plataporma: Sequel II, Revio

Kontaka Kami

Mga Detalye sa Serbisyo

Mga Resulta sa Demo

Mga bahin

Duha ka sequencing mode sa PacBio sequencer: Continuous Long Read (CLR) ug Circular Consensus Read (CCS)

Pagsunod-sunod nga Mode

Gidak-on sa Library

Teoretikal nga DatosAbot (Kada Cell)

Usa ka basePagkatukma

Mga aplikasyon

CLR

20Kb, 30Kb, ug uban pa.

80 Gb hangtod 130 Gb

Gibanabana.85%

De novo, SV nga pagtawag, ug uban pa.

CCS

15-20 Kb

14 hangtod 40 Gb/Cell (Sequel II)

70 hangtod 110 Gb/Cell (Revio)

Depende sa mga sample

Gibanabana.99%

De novo, SNP/Indel/SV nga pagtawag, Iso-Seq,

Pagtandi sa pasundayag ug mga bahin sa Revio ug Sequel II

Mga termino	Sequel II nga sistema	Sistema sa Revio	Pagdugang
Taas nga Densidad	8 milyon nga ZMWs	25 milyones nga ZMWs	3x
Independent nga mga yugto	1	4	4x
Mas mubu nga mga panahon sa pagdagan	30 ka oras	24 ka oras	1.25x
30X HiFi human genome / tuig	88	1,300	15x sa kinatibuk-an

Mga Bentaha sa Serbisyo

● Kapin sa 8 ka tuig nga kasinatian sa PacBio sequencing platform nga adunay liboan ka sirado nga mga proyekto nga adunay lain-laing mga espisye.

● Bug-os nga nasangkapan sa pinakabag-o nga PacBio Sequencing platform, Revio aron magarantiya ang igo nga sequencing throughput.

● Mas paspas nga turn-around time, mas taas nga data yield ug mas tukma nga data.

● Nag-amot sa gatosan ka taas nga epekto nga gipasukad sa PacBio nga mga publikasyon.

Sample nga Kinahanglanon

Sample Type

kantidad

Konsentrasyon （Qubit®）

Tomo

Kaputli

Ang uban

Genomic nga DNA

Depende sa Data Requirement

≥50 ng/μl

≥15μl

OD260/280=1.7-2.2;
OD260/230=1.8-2.5；
Tin-aw nga peak sa 260 nm,walay kontaminasyon

Kinahanglang sukdon ang konsentrasyon sa Qubit ug Qubit/Nanopore = 0.8-2.5

Kinatibuk-ang RNA

≥1.2μg

≥120 ng/μl

≥15μl

OD260/280=1.7-2.5;
OD260/230=0.5-2.5;walay kontaminasyon

RIN bili ≥7.5

5≥28S/18S≥1

Pag-alagad sa Trabaho

Sampol nga pagpangandam

Pagtukod sa librarya

Pagsunodsunod

Pagtuki sa datos

Paghatud sa proyekto

Kaniadto: Ang tiggama sa OEM nga Mrna Sequencing Service - Long non-coding sequencing-Illumina - Biomarker

Sunod: Illumina ug BGI

1.In-house nga Data Yield

Mga datos nga namugna gikan sa 63 ka CCS nga mga selula (gikan sa 26 ka espisye)

DATA-PacBio-CCS-15 Kb	Average	Max	Min	Median
Abot - mga subread (Gb)	421.12	544.27	221.38	426.58
Nahatag - CCS(Gb)	25.93	38.59	10.86	25.43
Polymerase N50	145,651	175,430	118,118	144,689
Mga subread N50	17,509	23,924	12,485	17,584
CCS N50	14,490	19,034	9,876	14,747
Average nga gitas-on-Polymerase	67,995	89,379	49,664	66,433
Average nga gitas-on-Subreads	15,866	21,036	11,657	16,012
Average nga gitas-on-CCS	14,489	19,074	8,575	14,655

Mga datos nga namugna gikan sa 16 ka CLR cells (gikan sa 76 ka espisye)

DATA-PacBio-CLR-30Kb	Average	Max	Min	Median
Abot - mga subread (Gb)	142.20	291.40	50.55	142.49
Polymerase N50	39,456	121,191	15,389	35,231
Mga subread N50	28,490	41,012	14,430	29,063
Average nga gitas-on-Polymerase	22,063	48,886	8,747	21,555
Average nga gitas-on-Subreads	17,720	27,225	8,293	17,779

2.Data QC – DemoEstadistika sa abot sa datos

Sampol	Gibasa sa ccs Num	Kinatibuk-ang ccs Bases (bp)	ccs Reads N50 (bp)	ccs Mean Gitas-on (bp)	ccs Pinakataas nga Pagbasa (bp)	subreads Bases (bp)	ccs rate(%)
PB_BMKxxx	3,444,159	54,164,122,586	15,728	15,726	36,110	863,326,330,465	6.27