Comparative Genomics
Mga Bentaha sa Serbisyo
● Comprehensive analysis package, nga adunay walo ka labing kasagarang gikinahanglan nga pagtuki
● Taas nga kasaligan sa pagtuki nga adunay detalyado ug dali masabtan nga paghubad sa mga resulta
● Maayo nga pagkadisenyo nga andam-sa-pagmantala nga mga numero
● Ang grupo sa bioinformatics nga adunay taas nga kahanas nagtuman sa lainlain nga gipangayo nga personal nga pagtuki
● Mas mubu nga turn-around nga oras nga adunay mas taas nga katukma sa pagtuki
● Abunda nga kasinatian sa kapin sa 90 ka malampusong mga kaso nga adunay accumulative published impact factor nga kapin sa 900
Mga Detalye sa Serbisyo
| Gibanabana nga oras sa turn-around | Gidaghanon sa mga espisye | Pag-analisar |
| 30 ka adlaw sa pagtrabaho | 6 - 12 | Pagpundok sa pamilya sa Gene Ang pagpalapad ug pagkunhod sa pamilya sa Gene Pagtukod sa phylogenetic nga kahoy Pagbanabana sa oras sa pagkalainlain (gikinahanglan ang pag-calibrate sa fossil) Panahon sa pagsal-ot sa LTR (Alang sa mga tanum) Tibuok genome duplication (Para sa mga tanom) Pinili nga presyur Pag-analisa sa synteny |
Pag-analisar sa bioinformatics
● Pamilya sa Gene
● Phylogenetics
● Panahon sa pagkalainlain
● Pinili nga presyur
● Pagtuki sa synteny
Sample nga Kinahanglanon ug Paghatud
Sample nga Kinahanglanon:
Tissue o DNA para sa genome sequencing ug assembly
Para sa Tissue
| Mga espisye | Tissue | Survey | PacBio CCS |
| Hayop | Visceral nga tisyu | 0.5 ~ 1g | ≥ 3.5g |
| Kaunuran tissue | |||
| ≥ 5.0g | |||
| ≥ 5.0mL | |||
| Dugo sa mammal | |||
| ≥ 0.5mL | |||
| Dugo sa manok/isda | |||
| Tanum | Lab-as nga Dahon | 1 ~ 2g | ≥ 5.0g |
| Petal/Stem | 1 ~ 2g | ≥ 10.0g | |
| Gamut/Liso | 1 ~ 2g | ≥ 20.0g | |
| Mga selula | Kultura nga selula | - | ≥ 1 x 108 |
Data
Genome sequence files(.fasta) ug annotation files (.gff3) sa suod nga kalambigit nga mga espisye
Daloy sa Trabaho sa Serbisyo
Eksperimento nga disenyo
Sample nga paghatod
Pagtukod sa librarya
Pagsunodsunod
Pagtuki sa datos
After-sale nga serbisyo
*Ang mga resulta sa demo nga gipakita dinhi tanan gikan sa mga genome nga gipatik sa Biomarker Technologies
1.LTR insert time estimation: Ang numero nagpakita ug talagsaong bimodal distribution sa LTR-RTs insertion times sa Weining rye genome, itandi sa ubang mga species.Ang pinakabag-o nga taluktok nagpakita mga 0.5 ka milyon ka tuig ang milabay.
Li Guang et al.,Mga Genetika sa Kinaiyahan, 2021
2.Phylogeny ug gene family analysis sa chayote (Sechium edule): Pinaagi sa pag-analisa sa chayote ug sa uban pang 13 ka kalambigit nga espisye sa gene family, ang Chayote nakit-an nga labing suod nga paryente sa snake gourd (Trichosanthes anguina).Ang chayote nga nakuha gikan sa snake gourd sa mga 27-45 Mya ug ang tibuok genome duplication(WGD) naobserbahan sa chayote sa 25±4 Mya, nga mao ang ikatulo nga WGD nga panghitabo sa cucuibitaceae.
Fu A et al.,Pagpanukiduki sa Hortikultura, 2021
3. Synteny analysis: Ang ubang mga gene nga may kalabutan sa phytohormones sa paglambo sa prutas nakit-an sa chayote, snake gourd ug squash.Ang correlation tali sa chayote ug squash mas taas og gamay kaysa sa chayote ug snake gourd.
Fu A et al.,Pagpanukiduki sa Hortikultura, 2021
4.Gene family analysis: KEGG enrichment sa gene family expansion ug contraction sa G.thurberi ug G.davidsonii genome nagpakita nga ang steroid biosynthesis ug brassinosteroid biosynthesis related genes gipalapdan.
Yang Z et al.,BMC Biology, 2021
5. Tibuok genome duplication analysis: Ang 4DTV ug Ks distribution analysis nagpakita sa tibuok genome duplication nga panghitabo.Ang mga taluktok sa mga intraspecies nagpakita sa mga panghitabo sa pagdoble.Ang mga taluktok sa mga interspecies nagpakita sa mga panghitabo sa speciation.Ang pag-analisa nagpakita nga ang pagtandi sa laing tulo ka suod nga mga espisye, O. europaea miagi sa usa ka dako nga scale gene duplication bag-o lang.
Rao G et al.,Pagpanukiduki sa Hortikultura, 2021
Kaso sa BMK
Rosas nga walay prickle: mga panabut sa genomic nga nalambigit sa pagpahiangay sa kaumog
Gipatik: Pagrepaso sa Nasyonal nga Siyensiya, 2021
Estratehiya sa pagkasunodsunod:
'Si BasyeWalay tunok' (R.Wichurainan) genome:
Gibanabana.93 X PacBio + gibanabana.90 X Nanopore + 267 X Illumina
Pangunang mga resulta
1. Ang taas nga kalidad nga genome sa R.wichuraiana gihimo gamit ang dugay nga pagbasa nga mga teknik sa pagsunud, nga naghatag usa ka asembliya nga 530.07 Mb (Gibanabana nga gidak-on sa genome gibana-bana nga 525.9 Mb pinaagi sa flow cytometry ug 525.5 pinaagi sa survey sa genome; Ang Heterozygosity hapit sa 1.03%).Ang gibanabana nga marka sa BUSCO mao ang 93.9%.Kung itandi sa "Old blush" (haploOB), ang kalidad ug pagkakompleto niini nga genome gipamatud-an sa base nga single-base accuracy ug LTR assembly index (LAI=20.03).Ang R.wichuraiana genome adunay 32,674 ka protina nga coding genes.
2.Multi-omics joint analysis, nga naglangkob sa comparative genomics, transcriptomics, QTL analysis sa genetic population, nagpadayag sa mahinungdanong speciation tali sa R. wichuraiana ug Rosa chinensis.Usab, ang pag-usab-usab sa ekspresyon sa mga may kalabutan nga mga gene sa QTL lagmit nga nalangkit sa stem prickle patterning.
Ang pagtandi sa genomics nga anasis tali sa Basye;s Thornless ug Rosa chinensis lakip ang synteny analysis, gene family cluster, expansion ug contraction analysis, nagpadayag sa daghang mga variation, nga may kalabutan sa mahinungdanong mga kinaiya sa mga rosas.Ang talagsaon nga pagpalapad sa NAC ug FAR1 / FRS gene nga pamilya lagmit nga adunay kalabotan sa pagbatok sa itom nga lugar.
Pag-analisar sa pagtandi sa genomics tali sa BT ug haploOB genome.
Zhong, M. , ug uban pa."Rose nga walay tusok: mga panabut sa genomic nga nalambigit sa pagpahiangay sa kaumog"Pagrepaso sa Nasyonal nga Siyensiya, 2021;, nwab092.
