Mga produkto

Bulked Segregant nga pagtuki

Gidaghanon nga Segregant nga pag-analisar Gipili nga Larawan

Ang bulked segregant analysis (BSA) usa ka teknik nga gigamit aron dali nga mailhan ang phenotype nga may kalabotan nga genetic marker.Ang nag-unang dagan sa trabaho sa BSA naglangkob sa pagpili sa duha ka grupo sa mga indibidwal nga adunay hilabihan nga kaatbang nga mga phenotypes, nga naghiusa sa DNA sa tanan nga mga indibidwal aron mahimong duha ka bulto sa DNA, nga nagpaila sa mga pagkasunod-sunod sa kalainan tali sa duha ka pool.Kini nga teknik kaylap nga gigamit sa pag-ila sa mga genetic marker nga kusganong nakig-uban sa gipunting nga mga gene sa mga genome sa tanum/hayop.

Kontaka Kami

Mga Detalye sa Serbisyo

Mga Resulta sa Demo

Pagtuon sa Kaso

Mga Bentaha sa Serbisyo

Takagi et al., Ang journal sa tanum, 2013

● Tukma nga lokalisasyon: Pagsagol sa mga bulk nga adunay 30 + 30 hangtod 200 + 200 nga mga indibidwal aron maminusan ang kasaba sa background;non-synonymous mutatants-based nga prediksyon sa rehiyon sa kandidato.

● Komprehensibo nga pagtuki: Sa lawom nga kandidato gene function anotasyon, lakip na ang NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, etc.

● Mas paspas nga turnaround time: Paspas nga gene localization sulod sa 45 ka adlaw nga trabaho.

● Lapad nga kasinatian: Ang BMK nakatampo sa liboan ka mga kinaiya nga localization, nga naglangkob sa lain-laing mga espisye sama sa mga tanom, mga produkto sa tubig, kalasangan, mga bulak, mga prutas, ug uban pa.

Mga Detalye sa Serbisyo

Populasyon:
Pag-segregate sa mga kaliwat sa mga ginikanan nga adunay kaatbang nga mga phenotypes.
eg F2 progeny, Backcrossing (BC), Recombinant inbred line(RIL)

Pagsagol pool
Para sa kwalitatibo nga mga kinaiya: 30 ngadto sa 50 ka indibidwal (minimum 20)/bulk
Para sa quantitative tratis: top 5% to 10% nga mga indibidwal nga adunay grabeng phenotypes sa tibuok populasyon (minimum 30+30).

Girekomenda nga giladmon sa pagsunud
Labing menos 20X/ginikanan ug 1X/anak nga indibiduwal (pananglitan alang sa mga anak nga nagsagol sa pool nga 30+30 ka indibidwal, ang sequencing depth mahimong 30X kada bulk)

Pag-analisar sa bioinformatics

● Tibuok genome resequencing

● Pagproseso sa datos

● Pagtawag sa SNP/Indel

● Pagsusi sa rehiyon sa kandidato

● Anotasyon sa function sa gene sa kandidato

Sample nga Kinahanglanon ug Paghatud

Sample nga Kinahanglanon:

Nucleotides:

gDNA sample	Sampol sa tisyu
Konsentrasyon: ≥30 ng/μl	Mga tanom: 1-2 g
Gidaghanon: ≥2 μg (Volumn ≥15 μl)	Mga mananap: 0.5-1 g
Kaputli: OD260/280= 1.6-2.5	Tibuok dugo: 1.5 ml

Daloy sa Trabaho sa Serbisyo

Eksperimento nga disenyo

Sample nga paghatod

Pagkuha sa RNA

Pagtukod sa librarya

Pagsunodsunod

Pagtuki sa datos

After-sale nga serbisyo

Kaniadto: Comparative Genomics

Sunod: Ebolusyonaryong Genetika

1.Association analysis base sa Euclidean Distance (ED) aron mailhan ang kandidato nga rehiyon.Sa mosunod nga numero

X-axis: Chromosome nga numero;Ang matag tulbok nagrepresentar sa ED nga kantidad sa usa ka SNP.Ang Itom nga linya katumbas sa gipaangay nga kantidad sa ED.Ang mas taas nga bili sa ED nagpakita sa usa ka mas mahinungdanon nga asosasyon tali sa site ug sa phenotype.Ang pula nga dash line nagrepresentar sa threshold sa mahinungdanong asosasyon.

mRNA-FLNC-read-length-distribusyon

2.Association analysis base walay SNP-index

X-axis: Chromosome nga numero;Ang matag tulbok nagrepresentar sa SNP-index nga kantidad.Ang itom nga linya nagbarug alang sa gipaangay nga SNP-index nga kantidad.Kon mas dako ang bili, mas mahinungdanon ang asosasyon.

mRNA-Kompleto-ORF-gitas-apod-apod

Kaso sa BMK

Ang major-effect quantitative trait locus Fnl7.1 nag-encode sa usa ka late embryogenesis abundant protein nga nalangkit sa fruit neck length sa cucumber

Gipatik: Plant Biotechnology Journal, 2020

Estratehiya sa pagkasunodsunod:

Mga Ginikanan (Jin5-508, YN): Tibuok genome resequencing alang sa 34 × ug 20 ×.

DNA pool (50 Long-necked ug 50 short-necked): Resequencing alang sa 61 × ug 52 ×

Pangunang mga resulta

Niini nga pagtuon, ang paglainlain sa populasyon(F2 ug F2:3) namugna pinaagi sa pagtabok sa long-neck cucumber line nga Jin5-508 ug short-neck YN.Duha ka DNA pool ang gihimo sa 50 ka grabe nga tag-as nga liog nga mga indibidwal ug 50 ka grabe nga mubo nga liog nga mga indibidwal.Ang mayor-epekto nga QTL giila sa Chr07 pinaagi sa BSA analysis ug tradisyonal nga QTL mapping.Ang rehiyon sa kandidato dugang nga gipakunhod pinaagi sa maayo nga pagmapa, pagsukod sa ekspresyon sa gene ug mga eksperimento sa transgenic, nga nagpadayag sa yawe nga gene sa pagpugong sa gitas-on sa liog, CsFnl7.1.Dugang pa, ang polymorphism sa CsFnl7.1 promoter nga rehiyon nakit-an nga nalangkit sa katugbang nga ekspresyon.Ang dugang nga phylogenetic analysis nagsugyot nga ang Fnl7.1 locus lagmit nga naggikan sa India.

PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

QTL-mapping sa BSA analysis aron mahibal-an ang kandidato nga rehiyon nga may kalabutan sa gitas-on sa liog sa cucumber

LOD nga mga profile sa cucumber neck-length nga QTL nga giila sa Chr07

Reperensya

Xu, X. , ug uban pa."Ang mayor nga-epekto nga quantitative trait locus Fnl7.1 nag-encode sa usa ka ulahi nga embryogenesis nga daghang protina nga may kalabutan sa gitas-on sa liog sa prutas sa cucumber."Plant Biotechnology Journal 18.7(2020).