Mga produkto

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

Ang subunit sa 16S ug 18S rRNA nga adunay duha nga labi nga gikonserba ug hyper-variable nga mga rehiyon usa ka hingpit nga molekular nga fingerprint alang sa pag-ila sa prokaryotic ug eukaryotic nga mga organismo.Gipahimuslan ang pagkasunodsunod, kini nga mga amplicon mahimong ma-target base sa gitipigan nga mga bahin ug ang hyper-variable nga mga rehiyon mahimong hingpit nga gihulagway alang sa microbial identification nga nakatampo sa mga pagtuon nga naglangkob sa microbial diversity analysis, taxonomy, phylogeny, ug uban pa. Single-molecule real-time (SMRT) ) ang pagkasunodsunod sa PacBio nga plataporma makapahimo sa pagkuha sa tukma kaayo nga taas nga mga pagbasa, nga makatabon sa tibuok nga gitas-on nga mga amplicon (gibana-bana nga 1.5 Kb).Ang pagpalapad nga pagtan-aw sa genetic field nakapauswag pag-ayo sa resolusyon sa anotasyon sa mga espisye sa komunidad sa bakterya o fungi.

Plataporma:PacBio Sequel II

Kontaka Kami

Mga Detalye sa Serbisyo

Mga Resulta sa Demo

Pagtuon sa Kaso

Mga Bentaha sa Serbisyo

● Taas nga pagbasa nga nagpadayag sa bug-os nga gitas-on nga han-ay sa 16S/18S/ITS

● Tukma kaayo nga base calling gamit ang PacBio CCS mode sequencing

● Resolusyon sa lebel sa espisye sa annotation sa OTU/ASV

● Pinakabag-o nga dagan sa pag-analisar sa QIIME2 nga adunay lainlain nga pagtuki sa termino sa database, anotasyon, OTU/ASV.

● Magamit sa nagkalain-laing microbial community studies

● Ang BMK adunay daghang kasinatian nga adunay kapin sa 100,000 ka sample/tuig，nagsakup sa yuta, tubig, gas, putik, hugaw, tinai, panit, sabaw sa fermentation, mga insekto, tanum, ug uban pa.

● Gipadali sa BMKCloud ang paghubad sa datos nga adunay 45 ka personal nga mga himan sa pag-analisar

Mga Detalye sa Serbisyo

PagsunodsunodPlataporma	Library	Girekomenda nga datos	Panahon sa Pag-usab
PacBio Sequel II	SMRT-kampana	5K/10K/20K Tags	44 Mga adlaw sa pagtrabaho

Pag-analisar sa bioinformatics

● Pagkontrol sa kalidad sa hilaw nga datos

● OTU clustering/De-noise(ASV)

● OTU anotasyon

● Pagkalainlain sa Alpha

● Beta diversity

● Inter-grupo nga pagtuki

● Pagtuki sa asosasyon batok sa eksperimento nga mga hinungdan

● Function gene prediction

Sample nga Kinahanglanon ug Paghatud

Sample nga Kinahanglanon:

KayMga kinuha sa DNA:

Sample Type	kantidad	Konsentrasyon	Kaputli
Mga kinuha sa DNA	＞ 1 ug	＞ 20 ng/μl	OD260/280= 1.6-2.5

Para sa mga sample sa kinaiyahan:

Sampol nga tipo	Girekomenda nga pamaagi sa sampling
Yuta	Gidaghanon sa sampling: gibanabana.5 g;Ang nahabilin nga nalaya nga substansiya kinahanglan nga tangtangon gikan sa nawong;Paggaling sa dagkong mga piraso ug pag-agi sa 2 mm nga filter;Aliquot samples sa sterile EP-tube o cyrotube para sa reservation.
Mga hugaw	Gidaghanon sa sampling: gibanabana.5 g;Pagkolekta ug pag-aliquot sa mga sample sa sterile EP-tube o cryotube para sa reserbasyon.
Mga sulod sa tinai	Ang mga sample kinahanglan nga iproseso ubos sa aseptiko nga kondisyon.Hugasi ang nakolekta nga tissue gamit ang PBS;Centrifuge ang PBS ug kolektaha ang precipitant sa EP-tubes.
Lapok	Gidaghanon sa sampling: gibanabana.5 g;Pagkolekta ug pag-aliquot sa sludge sample sa sterile EP-tube o cryotube para sa reserbasyon
Katubigan	Alang sa sample nga adunay limitado nga gidaghanon sa microbial, sama sa tubig sa gripo, tubig sa atabay, ug uban pa, Pagkolekta ug labing menos 1 L nga tubig ug ipasa ang 0.22 μm nga salaan aron mapauswag ang microbial sa lamad.Ibutang ang lamad sa sterile nga tubo.
Panit	Pag-ayo sa pag-scrape sa panit gamit ang sterile cotton swab o surgical blade ug ibutang kini sa sterile tube.

Girekomenda nga Sample Delivery

I-freeze ang mga sample sa liquid nitrogen sulod sa 3-4 ka oras ug tipigi sa liquid nitrogen o -80 degree ngadto sa long-term reservation.Gikinahanglan ang sample nga pagpadala gamit ang dry-ice.

Daloy sa Trabaho sa Serbisyo

Sample nga paghatod

Pagtukod sa librarya

Pagsunodsunod

Pagtuki sa datos

After-sale nga serbisyo

Kaniadto: 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS

Sunod: Pagsusi alang sa Transposase-Accessible Chromatin nga adunay High Throughput Sequencing (ATAC-seq)

1.Annotation rate sa V3+V4(Illumina)-based microbial community profiling vs. Full-length (PacBio)-based profiling.
(Data sa 30 ka random nga gipili nga mga proyekto ang gigamit alang sa estadistika)

2.Annotation rate sa full-length amplicon sequencing sa species-level sa lain-laing sample type

3.Pag-apod-apod sa mga espisye

4. Phylogenetic nga kahoy

Kaso sa BMK

Ang pagkaladlad sa arsenic nagpahinabog kadaot sa intestinal barrier ug ang sangputanan nga pagpaaktibo sa gut-liver axis nga nagdala sa panghubag ug pyroptosis sa atay sa mga itik

Gipatik:Siyensiya sa Kinatibuk-ang Kalikopan,2021

Estratehiya sa pagkasunodsunod:

Mga Sampol: Pagkontrol batok sa 8 mg/kg ATO nga gibutyag nga grupo
Sequencing data yield: 102,583 hilaw nga CCS sequence sa kinatibuk-an
Pagkontrol: 54,518 ± 747 epektibo nga CCS
ATO-exposed : 45,050 ± 1675 epektibo nga CCS

Pangunang mga resulta

Pagkalainlain sa Alpha:Ang pagkaladlad sa ATO dakog kausaban sa intestinal microbial richness ug diversity sa mga itik.

Pag-analisar sa metastats:
Sa lebel sa phylum: 2 ka bacterial phyla ang nakit-an lamang sa kontrol nga mga grupo
Sa lebel sa genus: 6 ka genera ang nakit-an nga lahi kaayo sa relatibong kadagaya
Sa lebel sa mga espisye: 36 ka mga espisye ang giila sa kinatibuk-an, nga adunay 6 niini nga lahi kaayo sa relavive abundance

Reperensya

Thingholm, LB, ug uban pa."Ang Tambok nga mga Indibidwal nga adunay ug wala ang Type 2 Diabetes Nagpakita Lahi nga Gut Microbial Functional Capacity ug Komposisyon."Cell Host ug Microbe26.2(2019).