Mga produkto

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS

Ang 16S/18S/ITS amplicon sequencing nagtumong sa pagpadayag sa phylogeny, taxonomy, ug species nga kadagaya sa microbial community pinaagi sa pag-imbestigar sa PCR nga mga produkto sa housekeeping nga genetic marker nga adunay duha ka kaayo nga gikaistorya ug hypervariable nga mga bahin.Ang pagpaila niining mga hingpit nga molekular nga fingerprint ni Woeses et al, (1977) naghatag gahum sa pag-inusara nga wala’y pagbulag sa microbiome profiling.Ang pagkasunodsunod sa 16S (bakterya), 18S (fungi) ug Internal transcribed spacer(ITS, fungi) nagtugot sa pag-ila sa abunda nga mga espisye ingon man sa talagsaon ug wala mailhi nga mga espisye.Kini nga teknolohiya nahimong kaylap nga gigamit ug mayor nga himan sa pag-ila sa differential microbial nga komposisyon sa lain-laing mga palibot, sama sa baba sa tawo, tinai, feces, ug uban pa.

Plataporma:Plataporma sa Illumina NovaSeq

Kontaka Kami

Mga Detalye sa Serbisyo

Mga Resulta sa Demo

Pagtuon sa Kaso

Mga Bentaha sa Serbisyo

● Isolation-free ug paspas nga pag-ila sa microbial composition sa environmental samples

● Taas nga resolusyon sa ubos nga abunda nga mga sangkap sa mga sample sa kinaiyahan

● Pinakabag-o nga dagan sa pag-analisar sa QIIME2 nga adunay lainlain nga pagtuki sa termino sa database, anotasyon, OTU/ASV.

● Taas nga throughput, mas taas nga katukma

● Magamit sa nagkalain-laing microbial community studies

● Ang BMK adunay daghang kasinatian nga adunay kapin sa 100,000 ka sample/tuig，nagsakup sa yuta, tubig, gas, putik, hugaw, tinai, panit, sabaw sa fermentation, mga insekto, tanum, ug uban pa.

● Gipadali sa BMKCloud ang paghubad sa datos nga adunay 45 ka personal nga mga himan sa pag-analisar

Mga Detalye sa Serbisyo

PagsunodsunodPlataporma	Library	Girekomenda nga datos nga abot	Gibanabana nga oras sa turn-around
Plataporma sa Illumina NovaSeq	PE250	50K/100K/300K Tag	30 ka adlaw

Pag-analisar sa bioinformatics

● Pagkontrol sa kalidad sa hilaw nga datos

● OTU clustering/De-noise(ASV)

● OTU anotasyon

● Pagkalainlain sa Alpha

● Beta diversity

● Inter-grupo nga pagtuki

● Pagtuki sa asosasyon batok sa eksperimento nga mga hinungdan

● Function gene prediction

Sample nga Kinahanglanon ug Paghatud

Sample nga Kinahanglanon:

KayMga kinuha sa DNA:

Sample Type	kantidad	Konsentrasyon	Kaputli
Mga kinuha sa DNA	＞ 30 ng	＞ 1 ng/μl	OD260/280= 1.6-2.5

Para sa mga sample sa kinaiyahan:

Sampol nga tipo	Girekomenda nga pamaagi sa sampling
Yuta	Gidaghanon sa sampling: gibanabana.5 g;Ang nahabilin nga nalaya nga substansiya kinahanglan nga tangtangon gikan sa nawong;Paggaling sa dagkong mga piraso ug pag-agi sa 2 mm nga filter;Aliquot samples sa sterile EP-tube o cyrotube para sa reservation.
Mga hugaw	Gidaghanon sa sampling: gibanabana.5 g;Pagkolekta ug pag-aliquot sa mga sample sa sterile EP-tube o cryotube para sa reserbasyon.
Mga sulod sa tinai	Ang mga sample kinahanglan nga iproseso ubos sa aseptiko nga kondisyon.Hugasi ang nakolekta nga tissue gamit ang PBS;Centrifuge ang PBS ug kolektaha ang precipitant sa EP-tubes.
Lapok	Gidaghanon sa sampling: gibanabana.5 g;Pagkolekta ug pag-aliquot sa sludge sample sa sterile EP-tube o cryotube para sa reserbasyon
Katubigan	Alang sa sample nga adunay limitado nga gidaghanon sa microbial, sama sa tubig sa gripo, tubig sa atabay, ug uban pa, Pagkolekta ug labing menos 1 L nga tubig ug ipasa ang 0.22 μm nga salaan aron mapauswag ang microbial sa lamad.Ibutang ang lamad sa sterile nga tubo.
Panit	Pag-ayo sa pag-scrape sa panit gamit ang sterile cotton swab o surgical blade ug ibutang kini sa sterile tube.

Girekomenda nga Sample Delivery

I-freeze ang mga sample sa liquid nitrogen sulod sa 3-4 ka oras ug tipigi sa liquid nitrogen o -80 degree ngadto sa long-term reservation.Gikinahanglan ang sample nga pagpadala gamit ang dry-ice.

Daloy sa Trabaho sa Serbisyo

Sample nga paghatod

Pagtukod sa librarya

Pagsunodsunod

Pagtuki sa datos

After-sale nga serbisyo

Kaniadto: Bacterial ug Fungal Whole Genome Re-Sequencing

Sunod: 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

1.Pag-apod-apod sa mga espisye

2. Mapa sa kainit: Pagpundok sa kadagaya sa mga espisye

3. Talagsaon nga paksyon nga kurba

4.Pagtuki sa NMDS

5. Lefse analysis

Kaso sa BMK

Tambok nga mga Indibidwal nga adunay ug walay Type 2 Diabetes nagpakita sa lain-laing gut microbial functional kapasidad ug komposisyon

Gipatik:Cell Host ug Microbe, 2019

Estratehiya sa pagkasunodsunod:

Maniwang nga dili diabetes (n=633);Tambok nga dili diabetes (n=494);Tambok-Type 2 nga diabetes (n=153);
Target nga rehiyon: 16S rDNA V1-V2
Plataporma: Illumina Miseq (NGS-based amplicon sequencing)
Ang subset sa DNA extracts gipailalom sa metagenomic sequencing sa Illumina Hiseq

Pangunang mga resulta

Ang mga microbial profiling niining mga sakit nga metaboliko malampuson nga nalahi.
Pinaagi sa pagtandi sa microbial nga mga bahin nga namugna sa 16S sequencing, ang hilabihang katambok nakit-an nga nalangkit sa mga pagbag-o sa microbial nga komposisyon, indibidwal nga mga bahin, ilabi na ang mahinungdanon nga pagkunhod sa Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, ug uban pa. .

Reperensya

Thingholm, LB, ug uban pa."Ang Tambok nga mga Indibidwal nga adunay ug wala ang Type 2 Diabetes Nagpakita Lahi nga Gut Microbial Functional Capacity ug Komposisyon."Cell Host ug Microbe26.2(2019).