Alta eficiència de descobriment de marcadors- La tecnologia de seqüenciació d'alt rendiment ajuda SLAF-Seq a descobrir centenars de milers d'etiquetes dins de tot el genoma.
Baixa dependència del genoma- Es pot aplicar a espècies amb o sense genoma de referència.
Disseny d'esquemes flexibles- Digestió d'un sol enzim, de doble enzim, de múltiples enzims i diversos tipus d'enzims, tots es poden seleccionar per atendre diferents objectius o espècies de recerca.La preavaluació in silico s'utilitza per assegurar un disseny enzimàtic òptim.
Digestió enzimàtica eficient- Es va realitzar un preexperiment per optimitzar les condicions, cosa que fa que l'experiment formal sigui estable i fiable.L'eficiència de recollida de fragments pot assolir més del 95%.
Etiquetes SLAF distribuïdes uniformement- Les etiquetes SLAF estan distribuïdes de manera uniforme en tots els cromosomes en la major mesura, aconseguint una mitjana d'1 SLAF per 4 kb.
Evitar eficaçment les repeticions- La seqüència repetitiva a les dades SLAF-Seq es redueix a menys del 5%, especialment en espècies amb un alt nivell de repeticions, com el blat, el blat de moro, etc.
Experiència extensiva-Més de 2000 projectes SLAF-Seq tancats sobre centenars d'espècies que cobreixen plantes, mamífers, ocells, insectes, organismes aquàtics, etc.
Flux de treball bioinformàtic de desenvolupament propi- BMKGENE va desenvolupar un flux de treball bioinformàtic integrat per SLAF-Seq per garantir la fiabilitat i la precisió de la sortida final.
Plataforma | Conc.(ng/gl) | Total (ug) | OD260/280 |
Illumina NovaSeq | >35 | >1.6(Volum>15μl) | 1,6-2,5 |
Profunditat de seqüenciació: 10X/etiqueta
Mida del genoma | Etiquetes SLAF recomanades |
< 500 Mb | 100K o WGS |
500 Mb- 1 Gb | 100 K |
1 Gb -2 Gb | 200 K |
Genomes gegants o complexos | 300 - 400 K |
Aplicacions
| Recomanat Escala de població
| Estratègia de seqüenciació i profunditat
| |
profunditat
| Número d'etiqueta
| ||
GWAS
| Número de mostra ≥ 200
| 10X
|
D'acord amb mida del genoma
|
Evolució genètica
| Individus de cadascun subgrup ≥ 10; mostres totals ≥ 30
| 10X
|
Envàs: tub de centrífuga de 2 ml
Per a la majoria de mostres, recomanem no conservar en etanol.
Etiquetatge de la mostra: les mostres han d'estar clarament etiquetades i idèntiques al formulari d'informació de la mostra enviat.
Enviament: gel sec: primer s'han d'envasar les mostres en bosses i enterrar-les en gel sec.
1. Estadístiques de resultat del mapa
2. Desenvolupament del marcador SLAF
3. Anotació de variacions
Curs | revista | IF | Títol | Aplicacions |
2022 | Comunicacions de natura | 17.694 | Bases genòmica dels giga-cromosomes i giga-genoma de la peònia d'arbre Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
2015 | Nou fitòleg | 7.433 | Les petjades de domesticació ancoran regions genòmiques d'importància agronòmica soja | SLAF-GWAS |
2022 | Revista de Recerca Avançada | 12.822 | Introgressions artificials a tot el genoma de Gossypium barbadense a G. hirsutum revelen llocs superiors per a la millora simultània de la qualitat i el rendiment de la fibra de cotó característiques | SLAF-Genètica evolutiva |
2019 | Planta Molecular | 10.81 | L'anàlisi genòmica de la població i l'assemblea De Novo revelen l'origen de Weedy L'arròs com a joc evolutiu | SLAF-Genètica evolutiva |
2019 | Genètica de la natura | 31.616 | Seqüència del genoma i diversitat genètica de la carpa comuna, Cyprinus carpio | Mapa SLAF-Linkage |
2014 | Genètica de la natura | 25.455 | El genoma del cacauet conreat proporciona informació sobre els cariotips de llegums, poliploides evolució i domesticació dels cultius. | Mapa SLAF-Linkage |
2022 | Revista de Biotecnologia Vegetal | 9.803 | La identificació de ST1 revela una selecció que implica fer autostop de la morfologia de les llavors i contingut d'oli durant la domesticació de la soja | Desenvolupament SLAF-Marker |
2022 | Revista Internacional de Ciències Moleculars | 6.208 | Identificació i desenvolupament de marcadors d'ADN per a un Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Substitució disòmica de cromosomes | Desenvolupament SLAF-Marker |