Productes

Seqüenciació de l'ARN procariota

La seqüenciació d'ARN procariota utilitza la seqüenciació de nova generació (NGS) per revelar la presència i la quantitat d'ARN en un moment determinat, mitjançant l'anàlisi del transcriptoma cel·lular canviant.La seqüenciació d'ARN procariota de la nostra empresa, té com a objectiu específicament procariotes amb genomes de referència, proporcionant-vos perfils de transcriptoma, anàlisi d'estructura gènica, etc. S'ha aplicat àmpliament a la investigació científica bàsica, la investigació i el desenvolupament de fàrmacs, i molt més.

Plataforma: Plataforma Illumina NovaSeq

Contacta amb nosaltres

Detalls del servei

Especificacions del servei

Plataforma: Plataforma Illumina NovaSeq, PE150

Tipus de biblioteca: biblioteca d'ADNc d'inserció de 350 bp (depèn de la distribució màxima)

Estratègia de seqüenciació: Paired-End 150 pb

Quantitat de dades recomanada: 2 Gb de dades en brut/mostra

Bioinformàtica

(1) Control de qualitat de les dades de seqüenciació: distribució de nucleòtids, distribució de qualitat de base, avaluació de la relació d'ARNr;

(2) Anàlisi d'alineació de seqüències: estadístiques de resultats d'alineació, saturació de la seqüenciació, cobertura de la seqüenciació;

(3) Anotació del genoma de referència (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Anàlisi de l'expressió: Distribució de l'expressió (Amb dues o més mostres), Anàlisi de l'expressió entre mostres (anàlisi de Venn, anàlisi de correlació, anàlisi PCA);

(5) Anàlisi d'expressió diferencial (amb dues o més mostres);

(6) Anàlisi del conjunt de gens: anàlisi de Venn, anàlisi de clúster, anàlisi d'anotació de funcions (COG, GO, KEGG), anàlisi d'enriquiment de funcions (GO, KEGG), gràfic de cordes d'enriquiment de funcions, anàlisi Ipath;

(7) Anàlisi de sRNA: predicció de sRNA, anotació de sRNA (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), predicció d'estructura secundària de sRNA, predicció del gen objectiu de sRNA;

(8) Anàlisi de l'estructura de la transcripció: anàlisi d'operons, predicció de llocs d'inici i final de transcripció, anotació i anàlisi UTR, predicció de la seqüència del promotor, anàlisi SNP/InDel (anotació SNP/InDel, distribució regional SNP/InDel, estadístiques SNP).