-
Seqüenciació d'immunoprecipitació de cromatina (ChIP-seq)
ChIP-Seq proporciona un perfil a tot el genoma de les dianes d'ADN per a la modificació d'histones, factors de transcripció i altres proteïnes associades a l'ADN.Combina la selectivitat de la immunoprecipitació de la cromatina (ChIP) per recuperar complexos proteïnes-ADN específics, amb el poder de la seqüenciació de nova generació (NGS) per a la seqüenciació d'alt rendiment de l'ADN recuperat.A més, com que els complexos proteïna-ADN es recuperen de cèl·lules vives, els llocs d'unió es poden comparar en diferents tipus de cèl·lules i teixits, o en diferents condicions.Les aplicacions van des de la regulació transcripcional fins a vies de desenvolupament fins a mecanismes de malaltia i més enllà.
Plataforma: Plataforma Illumina NovaSeq
-
Seqüenciació metagenòmica -NGS
El metagenoma fa referència a una col·lecció de material genètic total d'una comunitat mixta d'organismes, com ara el metagenoma ambiental, el metagenoma humà, etc. Conté genomes de microorganismes cultivables i no cultivables.La seqüenciació metagenòmica és una eina molecular utilitzada per analitzar els materials genòmics mixtes extrets de mostres ambientals, que proporciona informació detallada sobre la diversitat i l'abundància d'espècies, l'estructura de la població, la relació filogenètica, els gens funcionals i la xarxa de correlació amb factors ambientals.
Plataforma:Plataforma Illumina NovaSeq
-
Seqüenciació metagenòmica-Nanopore
La metagenòmica és una eina molecular utilitzada per analitzar els materials genòmics mixtes extrets de mostres ambientals, que proporciona informació detallada sobre diversitat i abundància d'espècies, estructura de població, relació filogenètica, gens funcionals i xarxa de correlació amb factors ambientals, etc. Recentment s'han introduït plataformes de seqüenciació Nanopore. als estudis metagenòmics.El seu excel·lent rendiment en longitud de lectura va millorar en gran mesura l'anàlisi metagenòmica aigües avall, especialment el muntatge del metagenoma.Aprofitant la longitud de lectura, l'estudi metagenòmic basat en Nanopore és capaç d'aconseguir un muntatge més continu en comparació amb la metagenòmica d'escopeta.S'ha publicat que la metagenòmica basada en Nanopore va generar amb èxit genomes bacterians complets i tancats a partir de microbiomes (Moss, EL, et. al,Biotecnologia de la natura, 2020)
Plataforma:Nanopore PromethION P48
-
Seqüenciació de bisulfits del genoma sencer
La metilació de l'ADN a la cinquena posició de la citosina (5-mC) té una influència fonamental en l'expressió gènica i l'activitat cel·lular.Els patrons de metilació anormals s'han associat amb diverses condicions i malalties, com ara el càncer.WGBS s'ha convertit en l'estàndard d'or per estudiar la metilació de tot el genoma amb una resolució de base única.
Plataforma: Plataforma Illumina NovaSeq
-
Assaig de cromatina accessible a transposasa amb seqüenciació d'alt rendiment (ATAC-seq)
ATAC-seq és un mètode de seqüenciació d'alt rendiment per a l'anàlisi de l'accessibilitat de la cromatina a tot el genoma, que és important per al control epigenètic global de l'expressió gènica.Els adaptadors de seqüenciació s'insereixen a les regions de cromatina obertes mitjançant la transposasa Tn5 hiperactiva.Després de l'amplificació per PCR, es construeix una biblioteca de seqüenciació.Totes les regions de cromatina obertes es poden obtenir sota una condició d'espai-temps específica, no només limitada als llocs d'unió d'un factor de transcripció o a una determinada regió modificada amb histones.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
La subunitat de l'ARNr 16S i 18S que conté regions molt conservades i hipervariables és una empremta molecular perfecta per a la identificació d'organismes procariotes i eucariotes.Aprofitant la seqüenciació, aquests amplicons es poden orientar en funció de les parts conservades i les regions hipervariables es poden caracteritzar completament per a la identificació microbiana contribuint a estudis que cobreixen l'anàlisi de la diversitat microbiana, la taxonomia, la filogènia, etc. Molècula única en temps real (SMRT). ) de la plataforma PacBio permet obtenir lectures llargues molt precises, que podrien cobrir amplicons de longitud completa (aproximadament 1,5 Kb).L'àmplia visió del camp genètic va millorar molt la resolució en l'anotació d'espècies en la comunitat de bacteris o fongs.
Plataforma:PacBio Seqüela II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
La seqüenciació d'amplicons 16S/18S/ITS té com a objectiu revelar la filogènia, la taxonomia i l'abundància d'espècies en una comunitat microbiana mitjançant la investigació de productes de PCR de marcadors genètics domèstics que contenen parts molt conversades i hipervariables.La introducció d'aquestes empremtes dactilars moleculars perfectes per part de Woeses et al, (1977) permet el perfil del microbioma sense aïllament.La seqüenciació de 16S (bacteris), 18S (fongs) i espaiador transcrit intern (ITS, fongs) permet la identificació tant d'espècies abundants com d'espècies rares i no identificades.Aquesta tecnologia s'ha convertit en una eina àmpliament aplicada i important per identificar la composició microbiana diferencial en diversos entorns, com ara la boca humana, els intestins, les femtes, etc.
Plataforma:Plataforma Illumina NovaSeq
-
Re-seqüenciació del genoma sencer de bacteris i fongs
La reseqüenciació del genoma sencer de bacteris i fongs és una eina fonamental per completar els genomes de bacteris i fongs coneguts, així com per comparar diversos genomes o per mapejar genomes de nous organismes.És de gran importància seqüenciar genomes sencers de bacteris i fongs per generar genomes de referència precisos, per fer la identificació microbiana i altres estudis comparatius del genoma.
Plataforma: Plataforma Illumina NovaSeq
-
PacBio-Seqüenciació d'amplicon 16S/18S/ITS de longitud completa
La plataforma Amplicon (16S/18S/ITS) es desenvolupa amb anys d'experiència en l'anàlisi de projectes de diversitat microbiana, que conté anàlisi bàsica estandarditzada i anàlisi personalitzada: l'anàlisi bàsica cobreix el contingut d'anàlisi principal de la investigació microbiana actual, el contingut de l'anàlisi és ric i complet, i els resultats de l'anàlisi es presenten en forma d'informes de projecte;El contingut de l'anàlisi personalitzada és divers.Es poden seleccionar mostres i els paràmetres es poden establir de manera flexible segons l'informe d'anàlisi bàsic i el propòsit de la investigació, per realitzar requisits personalitzats.Sistema operatiu Windows, senzill i ràpid.
-
PacBio-Full-length Transcriptome (no de referència)
Prenent les dades de seqüenciació d'isoformes de Pacific Biosciences (PacBio) com a entrada, aquesta aplicació és capaç d'identificar seqüències de transcripció de llarga durada (sense muntatge).Mitjançant el mapeig de seqüències de longitud completa contra el genoma de referència, les transcripcions es poden optimitzar mitjançant gens coneguts, transcripcions, regions codificants, etc. En aquest cas, es pot aconseguir una identificació més precisa de les estructures d'ARNm, com ara splicing alternatiu, etc.L'anàlisi conjunta amb les dades de seqüenciació del transcriptoma NGS permet una anotació més completa i una quantificació més precisa de l'expressió a nivell de transcripció, cosa que beneficia en gran mesura l'expressió diferencial i l'anàlisi funcional aigües avall.
-
Seqüenciació de bisulfits de representació reduïda (RRBS)
La investigació sobre la metilació de l'ADN sempre ha estat un tema candent en la investigació de malalties i està estretament relacionada amb l'expressió gènica i els trets fenotípics.RRBS és un mètode precís, eficient i econòmic per a la investigació de la metilació de l'ADN.L'enriquiment de les regions insulars del promotor i CpG mitjançant la divisió enzimàtica (Msp I), combinat amb la seqüenciació de bisulfits, proporciona una detecció de metilació de l'ADN d'alta resolució.
Plataforma: Plataforma Illumina NovaSeq
-
Seqüenciació d'ARNm procariotes
La seqüenciació d'ARNm permet el perfil complet de totes les transcripcions d'ARNm dins de les cèl·lules en condicions específiques.Aquesta tecnologia d'avantguarda serveix com una eina potent, revelant perfils d'expressió gènica complexos, estructures gèniques i mecanismes moleculars associats a diversos processos biològics.Ampliament adoptada en investigació fonamental, diagnòstic clínic i desenvolupament de fàrmacs, la seqüenciació d'ARNm ofereix informació sobre les complexitats de la dinàmica cel·lular i la regulació genètica.El nostre processament de mostres d'ARNm procariotes està dissenyat per a transcriptomes procariotes, que implica l'esgotament de l'ARNr i la preparació de la biblioteca direccional.
Plataforma: Illumina NovaSeq X
