-
Seqüenciació d'ARN d'un sol nucli
L'avenç en la captura de cèl·lules individuals i la tècnica de construcció de biblioteques individuals que es combinen amb la seqüenciació d'alt rendiment permeten estudis d'expressió gènica cèl·lula per cèl·lula.Permet una anàlisi del sistema més profunda i completa de poblacions cel·lulars complexes, en la qual evita en gran mesura l'emmascarament de la seva heterogeneïtat fent la mitjana de totes les cèl·lules.
No obstant això, algunes cèl·lules no són adequades per convertir-se en suspensió unicel·lular, de manera que es necessiten altres mètodes de preparació de mostres: l'extracció del nucli dels teixits, és a dir, el nucli s'extreu directament de teixits o cèl·lules i es prepara en suspensió d'un sol nucli per a un sol nucli. seqüenciació cel·lular.
BMK ofereix un servei de seqüenciació d'ARN unicel·lular basat en 10x Genomics ChromiumTM.Aquest servei s'ha utilitzat àmpliament en estudis sobre estudis relacionats amb malalties, com ara la diferenciació de cèl·lules immunitàries, heterogeneïtat del tumor, desenvolupament de teixits, etc.
Xip de transcriptoma espacial: 10× Genòmica
Plataforma: Plataforma Illumina NovaSeq
-
Seqüenciació del genoma sencer de plantes/animals
La reseqüenciació del genoma sencer, també coneguda com WGS, permet revelar mutacions tant comunes com rares a tot el genoma, incloent el polimorfisme de nucleòtids únics (SNP), la supressió d'inserció (InDel), la variació d'estructura (SV) i la variació del nombre de còpies (CNV). ).Els SV constitueixen una part més gran de la base de variació que els SNP i tenen un impacte més gran en el genoma, la qual cosa té un efecte significatiu en els organismes vius.La reseqüenciació de lectura llarga permet una identificació més precisa de fragments grans i variacions complicades perquè les lectures llargues faciliten molt l'encreuament cromosòmic sobre regions complicades com ara repeticions en tàndem, regions riques en GC/AT i regions hipervariables.
Plataforma: Illumina, PacBio, Nanopore
-
Transcriptoma espacial BMKMANU S1000
La transcriptòmica espacial es troba a l'avantguarda de la innovació científica, donant poder als investigadors per aprofundir en patrons d'expressió gènica complexos dins dels teixits mentre es preserva el seu context espacial.Enmig de diverses plataformes, BMKGene ha desenvolupat el xip de transcriptoma espacial BMKManu S1000, amb unresolució milloradade 5µM, arribant al rang subcel·lular i habilitantparàmetres de resolució de diversos nivells.El xip S1000, amb aproximadament 2 milions de taques, utilitza micropous en capes amb perles carregades amb sondes de captura amb codi de barres espacials.Es prepara una biblioteca d'ADNc, enriquida amb codis de barres espacials, a partir del xip S1000 i, posteriorment, es seqüencia a la plataforma Illumina NovaSeq.La combinació de mostres amb codi de barres espacial i UMI garanteix la precisió i l'especificitat de les dades generades.L'atribut únic del xip BMKManu S1000 rau en la seva versatilitat, que ofereix configuracions de resolució de diversos nivells que es poden ajustar amb precisió a diferents teixits i nivells de detall.Aquesta adaptabilitat posiciona el xip com una opció excel·lent per a diversos estudis de transcriptòmica espacial, assegurant una agrupació espacial precisa amb un soroll mínim.
Utilitzant el xip BMKManu S1000 i altres tecnologies de transcriptòmica espacial, els investigadors poden entendre millor l'organització espacial de les cèl·lules i les complexes interaccions moleculars que es produeixen dins dels teixits, proporcionant informació inestimable sobre els mecanismes subjacents als processos biològics en una àmplia gamma de camps, inclosos oncologia, neurociència, biologia del desenvolupament, immunologia i estudis botànics.
Plataforma: xip BMKManu S1000 i Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
La transcriptòmica espacial és una tecnologia d'avantguarda que permet als investigadors investigar els patrons d'expressió gènica dins dels teixits tot preservant el seu context espacial.Una plataforma potent en aquest domini és 10x Genomics Visium juntament amb la seqüenciació Illumina.El principi de 10X Visium es troba en un xip especialitzat amb una àrea de captura designada on es col·loquen seccions de teixit.Aquesta àrea de captura conté punts amb codi de barres, cadascun corresponent a una ubicació espacial única dins del teixit.A continuació, les molècules d'ARN capturades del teixit s'etiqueten amb identificadors moleculars únics (UMI) durant el procés de transcripció inversa.Aquests punts de codi de barres i UMI permeten un mapeig espacial precís i la quantificació de l'expressió gènica amb una resolució d'una sola cèl·lula.La combinació de mostres amb codi de barres espacial i UMI garanteix la precisió i l'especificitat de les dades generades.Mitjançant l'ús d'aquesta tecnologia de transcriptòmica espacial, els investigadors poden obtenir una comprensió més profunda de l'organització espacial de les cèl·lules i de les complexes interaccions moleculars que es produeixen dins dels teixits, oferint informació inestimable sobre els mecanismes subjacents als processos biològics en múltiples camps, com l'oncologia, la neurociència, la biologia del desenvolupament i la immunologia. , i estudis botànics.
Plataforma: 10X Genomics Visium i Illumina NovaSeq
-
Seqüenciació d'ARNm de longitud completa-Nanopore
Tot i que la seqüenciació d'ARNm basada en NGS serveix com una eina versàtil per a la quantificació de l'expressió gènica, la seva dependència de lectures curtes restringeix la seva eficàcia en anàlisis transcriptòmiques complexes.La seqüenciació de nanoporos, d'altra banda, utilitza tecnologia de lectura llarga, que permet la seqüenciació de transcripcions d'ARNm de longitud completa.Aquest enfocament facilita una exploració integral de l'empalmament alternatiu, les fusions de gens, la poliadenilació i la quantificació d'isoformes d'ARNm.
La seqüenciació de nanopores es basa en senyals elèctrics en temps real d'una sola molècula de nanopores.Guiat per proteïnes motores, l'ADN de doble cadena s'uneix a proteïnes nanoporos incrustades en un biofilm, desenrotllant-se a mesura que passa pel canal de nanopors sota una diferència de voltatge.Els distintius senyals elèctrics generats per diferents bases de la cadena d'ADN es detecten i classifiquen en temps real, facilitant una seqüenciació de nucleòtids precisa i contínua.Aquest enfocament innovador supera les limitacions de lectura curta i proporciona una plataforma dinàmica per a una anàlisi genòmica complexa, inclou estudis transcriptòmics complexos.
Plataforma: Nanopore Promethion P48
-
Seqüenciació d'ARNm de longitud completa -PacBio
Tot i que la seqüenciació d'ARNm basada en NGS és una eina versàtil per quantificar l'expressió gènica, la seva dependència de lectures curtes restringeix el seu ús en anàlisis transcriptòmiques complexes.La seqüenciació PacBio (Iso-Seq), d'altra banda, utilitza tecnologia de lectura llarga, que permet la seqüenciació de transcripcions d'ARNm de longitud completa.Aquest enfocament facilita una exploració integral de l'empalmament alternatiu, les fusions de gens i la poliadenilació, tot i que no és l'opció principal per a la quantificació de l'expressió gènica, a causa de la gran quantitat de dades requerides.
La tecnologia de seqüenciació PacBio es basa en la seqüenciació en temps real d'una sola molècula (SMRT), proporcionant un avantatge diferent en la captura de transcripcions d'ARNm de longitud completa.Aquest enfocament innovador implica l'ús de guies d'ona en mode zero (ZMW), pous microfabricats que permeten l'observació en temps real de l'activitat de l'ADN polimerasa durant la seqüenciació.Dins d'aquests ZMW, l'ADN polimerasa de PacBio sintetitza una cadena complementària d'ADN, generant lectures llargues que abasten la totalitat de les transcripcions d'ARNm.El funcionament de PacBio en mode de seqüenciació de consens circular (CCS) millora la precisió seqüenciant repetidament la mateixa molècula.Les lectures HiFi generades tenen una precisió comparable a NGS, contribuint encara més a una anàlisi exhaustiva i fiable de les característiques transcriptòmiques complexes.Plataforma: PacBio Sequel II
-
Seqüenciació d'ARNm eucariotes-Il·lumina
La seqüenciació d'ARNm permet el perfil complet de totes les transcripcions d'ARNm dins de les cèl·lules en condicions específiques.Aquesta tecnologia d'avantguarda serveix com una eina potent, revelant perfils d'expressió gènica complexos, estructures gèniques i mecanismes moleculars associats a diversos processos biològics.Ampliament adoptada en investigació fonamental, diagnòstic clínic i desenvolupament de fàrmacs, la seqüenciació d'ARNm ofereix informació sobre les complexitats de la dinàmica cel·lular i la regulació genètica.
Plataforma: Illumina NovaSeq X
-
Seqüenciació d'ARNm no basada en referència-Illumina
La seqüenciació d'ARNm permet el perfil complet de totes les transcripcions d'ARNm dins de les cèl·lules en condicions específiques.Aquesta tecnologia d'avantguarda serveix com una eina potent, revelant perfils d'expressió gènica complexos, estructures gèniques i mecanismes moleculars associats a diversos processos biològics.Ampliament adoptada en investigació fonamental, diagnòstic clínic i desenvolupament de fàrmacs, la seqüenciació d'ARNm ofereix informació sobre les complexitats de la dinàmica cel·lular i la regulació genètica.
Plataforma: Illumina NovaSeq X
-
Seqüenciació llarga no codificant-Illumina
Els ARN llargs no codificants (lncRNAs) són ARN de més de 200 nucleòtids que tenen un potencial de codificació mínim i són elements fonamentals dins de l'ARN no codificant.Trobats al nucli i al citoplasma, aquests ARN tenen un paper crucial en la regulació epigenètica, transcripcional i post-transcripcional, subratllant la seva importància en la configuració dels processos cel·lulars i moleculars.La seqüenciació de LncRNA és una eina poderosa en la diferenciació cel·lular, l'ontogènesi i les malalties humanes.
Plataforma: Illumina NovaSeq
-
Seqüenciació d'ARN petit-Il·lumina
Les molècules petites d'ARN (sRNA), normalment de menys de 200 nucleòtids de longitud, inclouen microRNAs (miRNAs), petits ARN interferents (siRNAs) i ARNs que interaccionen amb piwi (piRNAs).Entre aquests, els miRNA, d'uns 20-24 nucleòtids de llargada, destaquen especialment pel seu paper regulador fonamental en diversos processos cel·lulars.Amb patrons d'expressió específics del teixit i de l'etapa, els miRNA presenten una alta conservació en diferents espècies.
Plataforma: Illumina NovaSeq
-
Seqüenciació de circRNA-Il·lumina
La seqüenciació d'ARN circular (circRNA-seq) consisteix a perfilar i analitzar els ARN circulars, una classe de molècules d'ARN que formen bucles tancats a causa d'esdeveniments d'empalmament no canònics, proporcionant a aquests ARN una major estabilitat.Tot i que s'ha demostrat que alguns circRNA actuen com a esponges de microRNA, segrestant microRNAs i impedint que regulin els seus ARNm objectiu, altres circRNAs poden interactuar amb proteïnes, modular l'expressió gènica o tenir papers en els processos cel·lulars.L'anàlisi de l'expressió de circRNA proporciona informació sobre els papers reguladors d'aquestes molècules i la seva importància en diversos processos cel·lulars, etapes de desenvolupament i condicions de la malaltia, contribuint a una comprensió més profunda de la complexitat de la regulació de l'ARN en el context de l'expressió gènica.
-
Seqüenciació del transcriptoma complet - Illumina
La seqüenciació del transcriptoma sencer ofereix un enfocament integral per perfilar diverses molècules d'ARN, que inclou tant ARN codificants (ARNm) com no codificants (ARNlnc, circRNA i miRNA).Aquesta tècnica captura el transcriptoma complet de cèl·lules específiques en un moment donat, permetent una comprensió holística dels processos cel·lulars.També coneguda com a "seqüenciació de l'ARN total", té com a objectiu revelar xarxes reguladores intricades a nivell de transcriptoma, que permeten anàlisis en profunditat com ara l'ARN endogen competidor (ARNce) i l'anàlisi conjunta de l'ARN.Això marca el pas inicial cap a la caracterització funcional, especialment en el desenrotllament de les xarxes reguladores que impliquen interaccions ceRNA basades en circRNA-miRNA-mRNA.
