-
PacBio-Seqüenciació d'amplicon 16S/18S/ITS de longitud completa
La plataforma Amplicon (16S/18S/ITS) es desenvolupa amb anys d'experiència en l'anàlisi de projectes de diversitat microbiana, que conté anàlisi bàsica estandarditzada i anàlisi personalitzada: l'anàlisi bàsica cobreix el contingut d'anàlisi principal de la investigació microbiana actual, el contingut de l'anàlisi és ric i complet, i els resultats de l'anàlisi es presenten en forma d'informes de projecte;El contingut de l'anàlisi personalitzada és divers.Es poden seleccionar mostres i els paràmetres es poden establir de manera flexible segons l'informe d'anàlisi bàsic i el propòsit de la investigació, per realitzar requisits personalitzats.Sistema operatiu Windows, senzill i ràpid.
-
PacBio-Full-length Transcriptome (no de referència)
Prenent les dades de seqüenciació d'isoformes de Pacific Biosciences (PacBio) com a entrada, aquesta aplicació és capaç d'identificar seqüències de transcripció de llarga durada (sense muntatge).Mitjançant el mapeig de seqüències de longitud completa contra el genoma de referència, les transcripcions es poden optimitzar mitjançant gens coneguts, transcripcions, regions codificants, etc. En aquest cas, es pot aconseguir una identificació més precisa de les estructures d'ARNm, com ara splicing alternatiu, etc.L'anàlisi conjunta amb les dades de seqüenciació del transcriptoma NGS permet una anotació més completa i una quantificació més precisa de l'expressió a nivell de transcripció, cosa que beneficia en gran mesura l'expressió diferencial i l'anàlisi funcional aigües avall.
-
Caixes d'eines
BMKCloud és una plataforma bioinformàtica líder que ofereix una solució única per a programes genòmics, en la qual els investigadors de diversos àmbits confien àmpliament, com ara la medicina, l'agricultura, el medi ambient, etc. BMKCloud es compromet a proporcionar serveis integrats, fiables i eficients, com ara plataformes i eines d'anàlisi bioinformàtica. , recursos informàtics, bases de dades públiques, cursos en línia bioinformàtics, etc. BMKCloud té diverses eines bioinformàtiques d'ús freqüent que inclouen anotació de gens, eines genètiques evolutives, ARNnc, control de qualitat de dades, muntatge, alineació, extracció de dades, mutacions, estadístiques, generador de figures, seqüència anàlisi, etc.
-
ARN petit
Els ARN petits són tipus d'ARN curt no codificant amb una longitud mitjana de 18-30 nt, incloent miRNA, siRNA i piRNA.S'ha informat massivament que aquests petits ARN estan implicats en diversos processos biològics com la degradació de l'ARNm, la inhibició de la traducció, la formació d'heterocromatina, etc. L'anàlisi de seqüenciació de petits ARN s'ha aplicat àmpliament en estudis sobre desenvolupament animal/planta, malalties, virus, etc. La plataforma d'anàlisi de seqüenciació consta d'anàlisi estàndard i mineria de dades avançada.A partir de les dades d'ARN-seq, l'anàlisi estàndard pot aconseguir la identificació i predicció de miRNA, predicció de gens objectiu de miRNA, anotació i anàlisi d'expressió.L'anàlisi avançada permet la cerca i l'extracció personalitzades de miRNA, la generació de diagrames de Venn, el miRNA i la creació de xarxes de gens objectiu.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS és una plataforma sencera d'anàlisi de reseqüenciació del genoma, que es desenvolupa a partir de la rica experiència en tecnologies de biomarcadors.Aquesta plataforma fàcil d'utilitzar permet l'enviament ràpid d'un flux de treball d'anàlisi integrat simplement establint uns quants paràmetres bàsics, que s'ajusten a les dades de seqüenciació d'ADN generades tant des de la plataforma Illumina com de la plataforma de seqüenciació BGI.Aquesta plataforma es desplega en un servidor informàtic d'alt rendiment, que permet una anàlisi de dades molt eficient en un temps molt limitat.La mineria de dades personalitzada està disponible a partir de l'anàlisi estàndard, inclosa la consulta de gens mutats, el disseny d'imprimació de PCR, etc.
-
ARNm (referència)
El transcriptoma és l'enllaç entre la informació genètica genòmica i el proteoma de la funció biològica.La regulació del nivell transcripcional és el mode de regulació més important i més àmpliament estudiat dels organismes.La seqüenciació del transcriptoma pot seqüenciar el transcriptoma en qualsevol moment o en qualsevol condició, amb una resolució precisa d'un únic nucleòtid. Pot reflectir dinàmicament el nivell de transcripció gènica, identificar i quantificar simultàniament transcripcions rares i normals i proporcionar la informació estructural de transcripcions específiques de mostra.
Actualment, la tecnologia de seqüenciació del transcriptoma s'ha utilitzat àmpliament en agronomia, medicina i altres camps d'investigació, com ara la regulació del desenvolupament animal i vegetal, l'adaptació ambiental, la interacció immune, la localització de gens, l'evolució genètica de les espècies i la detecció de tumors i malalties genètiques.
-
Metagenòmica (NGS)
Aquesta plataforma d'anàlisi està dissenyada per a l'anàlisi de dades metagenòmics d'escopeta a partir d'anys d'experiència.Consisteix en un flux de treball integrat que conté diverses anàlisis de metagenòmica que es necessiten habitualment, com ara el processament de dades, estudis a nivell d'espècie, estudis a nivell de funció gènica, agrupació de metagenomes, etc. , configuració de paràmetres, generació de figures personalitzades, etc.
-
LncRNA
Els ARN llargs no codificants (lncRNA) són un tipus de transcripcions amb una longitud superior a 200 nt, que no poden codificar proteïnes.L'evidència acumulada suggereix que la majoria dels lncRNA és molt probable que siguin funcionals.Les tecnologies de seqüenciació d'alt rendiment i les eines d'anàlisi bioinformàtica ens permeten revelar seqüències de lncRNA i informació de posicionament de manera més eficient i ens porten a descobrir lncRNAs amb funcions reguladores crucials.BMKCloud s'enorgulleix d'oferir als nostres clients una plataforma d'anàlisi de seqüenciació de lncRNA per aconseguir una anàlisi de lncRNA ràpida, fiable i flexible.
-
GWAS
L'estudi d'associació a tot el genoma (GWAS) té com a objectiu identificar variants genètiques (genotip) que s'associen a trets específics (fenotip).Els estudis de GWA investiguen marcadors genètics que creuen el genoma sencer d'un gran nombre d'individus i prediuen associacions genotip-fenotip mitjançant anàlisis estadístiques a nivell de població.La reseqüenciació del genoma sencer pot descobrir potencialment totes les variants genètiques.Juntament amb les dades fenotípiques, el GWAS es pot processar per identificar SNP, QTL i gens candidats relacionats amb el fenotip, que recolza fortament la millora moderna d'animals/plantes.SLAF és una estratègia de seqüenciació del genoma simplificada desenvolupada per si mateix, que descobreix marcadors distribuïts a tot el genoma, SNP.Aquests SNP, com a marcadors genètics moleculars, es poden processar per a estudis d'associació amb trets dirigits.És una estratègia rendible per identificar trets complexos associades a variacions genètiques.
-
Nanopore Transcriptòmica de llarga durada
Les isoformes alternatives complexes i variables en els organismes són mecanismes genètics importants per regular l'expressió gènica i la diversitat de proteïnes.La identificació precisa de les estructures de transcripció és la base per a l'estudi en profunditat dels patrons de regulació de l'expressió gènica.La plataforma de seqüenciació Nanopore ha portat amb èxit l'estudi transcriptòmic a nivell d'isoforme.Aquesta plataforma d'anàlisi està dissenyada per analitzar les dades d'ARN-Seq generades a la plataforma Nanopore a partir del genoma de referència, que aconsegueix anàlisis qualitatives i quantitatives tant a nivell de gens com a nivell de transcripcions.
-
ARN circ
L'ARN circular (circRNA) és un tipus d'ARN no codificant, que recentment s'ha trobat que juga un paper vital en xarxes reguladores implicades en el desenvolupament, la resistència ambiental, etc. els extrems del circRNA s'uneixen per formar una estructura circular, que els salva de la digestió de l'exonucleasa i són més estables que la majoria de l'ARN lineal.S'ha trobat que el CircRNA té diverses funcions en la regulació de l'expressió gènica.CircRNA pot actuar com a ceRNA, que s'uneix a miRNA de manera competitiva, coneguda com a esponja miRNA.La plataforma d'anàlisi de seqüenciació de CircRNA permet l'anàlisi de l'estructura i l'expressió del circRNA, la predicció d'objectius i l'anàlisi conjunta amb altres tipus de molècules d'ARN
-
BSA
La plataforma d'anàlisi segregant a granel consisteix en anàlisi estàndard d'un sol pas i anàlisi avançada amb paràmetres personalitzats.BSA és una tècnica emprada per identificar ràpidament marcadors genètics associats al fenotip.El flux de treball principal de BSA conté: 1. seleccionar dos grups d'individus amb fenotips extremadament oposats;2. agrupar l'ADN, l'ARN o SLAF-seq (desenvolupat per Biomarker) de tots els individus per formar dos massa d'ADN;3. Identificació de seqüències diferencials contra el genoma de referència o entremig, 4. Predicció de regions enllaçades candidates mitjançant algorisme ED i SNP-index;5. Anàlisi funcional i enriquiment de gens en regions candidates, etc. També hi ha disponibles mines més avançades en dades, incloent-hi el cribratge de marcadors genètics i el disseny d'imprimació.
