Tot i que la seqüenciació d'ARNm basada en NGS serveix com una eina versàtil per a la quantificació de l'expressió gènica, la seva dependència de lectures curtes restringeix la seva eficàcia en anàlisis transcriptòmiques complexes.La seqüenciació PacBio (Iso-Seq), d'altra banda, utilitza tecnologia de lectura llarga, que permet la seqüenciació de transcripcions d'ARNm de longitud completa.Aquest enfocament facilita una exploració integral de l'empalmament alternatiu, les fusions gèniques i la poliadenilació, tot i que no és l'opció principal per a la quantificació de l'expressió gènica.La combinació 2 + 3 uneix la bretxa entre Illumina i PacBio basant-se en les lectures PacBio HiFi per identificar el conjunt complet d'isoformes de transcripció i la seqüenciació NGS per quantificar les mateixes isoformes.
Plataformes: PacBio Sequel II i Illumina NovaSeq