Mapa de calor
El fitxer de dades de matriu s'utilitza per dibuixar el mapa de calor, que pot filtrar, normalitzar i agrupar dades de matriu.S'utilitza principalment per a l'anàlisi de clústers del nivell d'expressió gènica entre diferents mostres.
Anotació genètica
L'anotació de la funció gènica es realitza mapeant seqüències al fitxer FASTA amb diverses bases de dades.
Anotació genètica
Eina bàsica de cerca d'alineació local
CDS_UTR_Predicció
Aquesta eina està dissenyada per predir regions codificants (CDS) i regions no codificants (UTR) en seqüències de transcripció determinades basades en la explosió contra la base de dades de proteïnes conegudes i la predicció ORF.
Parcel·la de Manhattan
El diagrama de Manhattan permet la visualització de dades amb un gran nombre de punts de dades.S'utilitza habitualment en estudis d'associació a tot el genoma (GWAS).
Circs
El diagrama CIRCOS permet la presentació directa de distribucions de SNP, InDeL, SV i CNV al genoma.
GO_Enriquiment
TopGO és una eina dissenyada per a l'enriquiment funcional.El paquet TopGO-Bioconductor consta d'anàlisi d'expressió diferencial, anàlisi d'enriquiment GO i visualització dels resultats.Generarà una carpeta amb una sortida anomenada "Graph", que conté resultats per a topGO_BP, topGO_CC i topGO_MF.
WGCNA
WGCNA és un mètode de mineria de dades àmpliament utilitzat per descobrir mòduls de coexpressió gènica.És aplicable a diversos conjunts de dades d'expressió, incloses dades de microarrays i dades d'expressió gènica originades a partir de la seqüenciació de la propera generació.
InterProScan
Anàlisi i classificació de la seqüència de proteïnes InterPro
GO_KEGG_Enriquiment
Aquesta eina està dissenyada per generar histograma d'enriquiment GO, histograma d'enriquiment KEGG i via d'enriquiment KEGG basat en el conjunt de gens proporcionat i l'anotació corresponent.