Seqüenciació d'ARNm no basada en referència-Illumina
Característiques
● Independent de qualsevol genoma de referència,
● Les dades es podrien utilitzar per analitzar l'estructura i l'expressió de les transcripcions
● Identificar llocs de retall variables
Avantatges del servei
● Lliurament de resultats basat en BMKCloud: els resultats s'entreguen com a fitxer de dades i informe interactiu mitjançant la plataforma BMKCloud, que permet una lectura fàcil d'utilitzar de sortides d'anàlisi complexes i extracció de dades personalitzada a partir de l'anàlisi bioinformàtica estàndard.
● Serveis postvenda: serveis postvenda vàlids durant 3 mesos després de la finalització del projecte, inclòs el seguiment dels projectes, la resolució de problemes, les preguntes i respostes dels resultats, etc.
Requisits de mostra i lliurament
Requisits de mostra:
Nucleòtids:
| Conc. (ng/μl) | Quantitat (μg) | Puresa | Integritat |
| ≥ 20 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Es mostra al gel una contaminació limitada o nul·la de proteïnes o ADN. | Per a plantes: RIN≥6,5; Per a animals: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; elevació de referència limitada o nul·la |
Teixit: Pes (sec): ≥1 g
* Per a teixits de menys de 5 mg, recomanem enviar una mostra de teixit congelada (en nitrogen líquid).
Suspensió cel·lular: Recompte de cèl·lules = 3×107
* Recomanem enviar lisat cel·lular congelat.En cas que aquesta cel·la tingui un nombre inferior a 5×105, es recomana congelar ràpidament en nitrogen líquid.
Mostres de sang:
PA×genBloodRNATube;
6 ml de TRIzol i 2 ml de sang (TRIzol: sang = 3: 1)
Lliurament de mostres recomanat
Contenidor:
Tub de centrífuga de 2 ml (no es recomana paper d'alumini)
Etiquetatge de la mostra: grup+rèplica, p. ex. A1, A2, A3;B1, B2, B3....
Enviament:
1.Gel sec: les mostres s'han d'envasar en bosses i enterrar-les en gel sec.
2. Tubs RNAstable: les mostres d'ARN es poden assecar en un tub d'estabilització d'ARN (per exemple, RNAstable®) i enviar-se a temperatura ambient.
Flux de treball del servei
Disseny d'experiments
Lliurament de la mostra
Extracció d'ARN
Construcció de la biblioteca
Seqüenciació
Anàlisi de dades
Serveis postvenda
Bioinformàtica
1.mRNA(denovo) Principi de muntatge
Per Trinity, les lectures es fragmenten en peces més petites, conegudes com a K-mer.Aquests K-mers s'utilitzen després com a llavors per estendre's en contigs i després components basats en superposicions contig.Finalment, De Bruijn es va aplicar aquí per reconèixer transcripcions als components.
ARNm (De novo) Visió general de Trinity
2.mRNA (De novo) Distribució del nivell d'expressió gènica
RNA-Seq és capaç d'aconseguir una estimació molt sensible de l'expressió gènica.Normalment, el rang detectable d'expressió de transcripcions FPKM oscil·la entre 10^-2 i 10^6
ARNm (De novo) Distribució de la densitat de FPKM a cada mostra
3.mRNA (De novo) Anàlisi d'enriquiment GO de DEG
La base de dades GO (Gene Ontology) és un sistema d'anotació biològic estructurat que conté un vocabulari estàndard de les funcions de gens i productes gènics.Conté diversos nivells, on com més baix sigui el nivell, més específiques són les funcions.
ARNm (De novo) Classificació GO dels DEG al segon nivell
Cas BMK
Anàlisi del transcriptoma del metabolisme de la sacarosa durant la inflor i el desenvolupament del bulb a la ceba (Allium cepa L.)
Publicat: fronteres en la ciència vegetal，2016
Estratègia de seqüenciació
Illumina HiSeq2500
Recollida de mostres
En aquest estudi es va utilitzar el cultivar Utah Yellow Sweet Spain "Y1351".El nombre de mostres recollides va ser
15è dia després de la inflor (DAS) del bulb (2 cm de diàmetre i 3-4 g de pes), 30è DAS (5 cm de diàmetre i 100-110 g de pes) i ∼3 al 40è DAS (7 cm de diàmetre i 260-300 grams).
Resultats clau
1. al diagrama de Venn, es van detectar un total de 146 DEG en els tres parells d'etapes de desenvolupament
2. "Transport i metabolisme de carbohidrats" només estava representat per 585 unígens (és a dir, el 7% del COG anotat).
3. Els Unigenes anotats amb èxit a la base de dades GO es van classificar en tres categories principals per a les tres diferents etapes del desenvolupament de la bombeta.Els més representats en la categoria principal de "procés biològic" eren "procés metabòlic", seguit de "procés cel·lular".En la categoria principal de "funció molecular", les dues categories més representades eren "unió" i "activitat catalítica".
 Classificació de l'histograma de grups de grups ortòlegs (COG). |  Histograma de classificació d'ontologia gènica (GO) per a unigènes derivats de bombetes en tres etapes de desenvolupament |
 Diagrama de Venn que mostra gens expressats de manera diferent en dues etapes qualsevol del desenvolupament del bulb de ceba |
Referència
Zhang C, Zhang H, Zhan Z, et al.Anàlisi del transcriptoma del metabolisme de la sacarosa durant la inflamació del bulb i el desenvolupament de la ceba (Allium cepa L.) [J].Frontiers in Plant Science, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425
