EVOLUCIÓ DEL GENOMA
Genoma de nou
Muntatge|Determinació del sexe Tots els treballs de seqüenciació i serveis parcials de bioinformàtica han estat realitzats per Biomarker Techonologies.
Resum
“El fenotip icònic dels dracs de mar inclou apèndixs semblants a fulles, una boca tubular sense dents i un embaràs masculí que implica la incubació d'ous fecundats en un "pegat de cria" obert.Hem seqüenciat de nou genomes masculins i femenins del drac de mar comú (Phyllopteryx taeniolatus) i de la seva espècie estretament relacionada, el peix pipa caiman (Syngnathoides biaculeatus).Els perfils de transcripció d'una novetat evolutiva, els apèndixs semblants a fulles, mostren que s'han cooptat un conjunt de gens implicats normalment en el desenvolupament de les aletes, així com un enriquiment de transcripcions per a la reparació de teixits potencials i gens de defensa immune.Es va trobar que els mutants del peix zebra per a scpp5, que es perd en tots els singnàtids, mancaven o tenien dents faríngies deformades, donant suport a la hipòtesi que la pèrdua de scpp5 ha contribuït a la pèrdua de dents als singnàtids.Es va identificar un locus putatiu que determina el sexe que codifica un gen amhr2y específic per a masculí compartit pel drac de mar i el peix pipa caiman. ”
Materials i mètodes:
Materials
Fel nostre drac de mar comú (P. taeniolatus) i dos peixos pipa caiman (S. biaculeatus) exemplars.Es van utilitzar dos individus de drac de mar comú (un mascle i una femella) i dos peixos pipa caiman (un mascle i una femella) per a la seqüenciació del genoma sencer, i es van utilitzar altres dos individus mascles de drac de mar comú per a la reseqüenciació del genoma.
Estratègia de seqüenciació del genoma
2Biblioteca de 70/350 pb (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Seqüela) o Nanopore 30 Kb (MinION) + Hi-C (NovaSeq 6000).Es van utilitzar altres dos individus de drac marí comú masculins per a la reseqüenciació del genoma.
Seqüenciació del transcriptoma
Fo es van recollir drac de mar comú, cervell, ull, branquia, fetge, cor, ronyó, mesenteri, intestí, múscul, aleta, pell, apèndixs semblants a fulles, testicles i ovari.
Estratègia d'assemblatge del genoma de novo
Canu (correcció) + WTDBG2 (muntatge) + Pilon (polonès) + Lachesis (Hi-C).
Principals resultats
Fig. 1. Característiques clau del drac de mar comú (P. taeniolatus) i del peix pipa caiman (S. biaculeatus) i les seves posicions filogenètiques.
Fig. 2. Morfologia i composició genètica dels apèndixs en forma de fulles del drac de mar comú (P. taeniolatus).
Fig. 3. Gen putatiu de determinació del sexe en el drac de mar comú (P. taeniolatus) i el peix pipa caiman (S. biaculeatus).
Fig. 4. Fenotips de dents faríngies en mutants homozigots scpp5 de peix zebra.
Hora de publicació: 08-gen-2022