T2T GENOME ASSEMBLY, GAP FREE GENOME
1stDos genomes d'arròs1
Títol: El muntatge i la validació de dos genomes de referència sense buits per a l'arròs Xian/indica revela coneixements sobre l'arquitectura del centròmer vegetal
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Data de publicació: 01 de gener de 2021.
Institut: Universitat Agrícola de Huazhong, Xina
Materials
O. sativa xian/indicavarietats d'arròs "Zhenshan 97 (ZS97)" i "Minghui 63 (MH63)
Estratègia de seqüenciació
NGS lectura + HiFi lectura + CLR lectura + BioNano + Hi-C
Dades:
ZS97: 8,34 Gb (~23x) lectura HiFi + 48,39 Gb (~131x) lectura CLR + 25 Gb (~69x) NGS + 2 cèl·lules BioNano Irys
MH63: 37,88 Gb (~103x) lectura HiFi + 48,97 Gb (~132x) lectura CLR + 28 Gb (~76x) NGS + 2 cèl·lules BioNano Irys
Figura 1 Dos genomes d'arròs sense buits (MH63 i ZS97)
2ndGenoma del plàtan2
Títol: cromosomes sense espai de telòmer a telòmer de plàtan mitjançant la seqüenciació de nanopors
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Data de publicació: 17 d'abril de 2021.
Institut: Université Paris-Saclay, França
Materials
Doble haploideMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)
Estratègia de seqüenciació i dades:
Mode HiSeq2500 PE250 + MinION/ PromethION (93Gb, ~200X)+ Mapa òptic (DLE-1+BspQ1)
Taula 1 Comparació dels conjunts de genoma de Musa acuminata (DH-Pahang).
Figura 2 Comparació de l'arquitectura dels genomes de Musa
3rdGenoma de Phaeodactylum tricornutum3
Títol: Assembly de genoma de telòmers a telòmersP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Data de publicació: 04 de maig de 2021
Institut: Western University, Canadà
Materials
Phaeodactylum tricornutum(Col·lecció cultural d'algues i protozous CCAP 1055/1)
Estratègia de seqüenciació i dades:
1 cel·la de flux Oxford Nanopore minION + una execució NextSeq 550 de sortida mitjana de 2 × 75
Figura 3 Flux de treball per al muntatge del genoma de telòmers a telòmers
4thGenoma CHM13 humà4
Títol: La seqüència completa d'un genoma humà
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Data de publicació: 27 de maig de 2021
Institut: National Institutes of Health (NIH), EUA
Materials: línia cel·lular CHM13
Estratègia de seqüenciació i dades:
30 × seqüenciació de consens circular PacBio (HiFi), 120 × seqüenciació de lectura ultra llarga Oxford Nanopore, 100 × seqüenciació lliure de PCR Illumina (ILMN), 70 × Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), mapes òptics BioNano, i Strand-seq
Taula 2 Comparació dels conjunts de genoma humà GRCh38 i T2T-CHM13
Referència
1.Sergey Nurk et al.La seqüència completa d'un genoma humà.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser et al.Cromosomes sense espai de telòmers a telòmers de plàtan mitjançant la seqüenciació de nanopors.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.Ensamblatge del genoma de telòmers a telòmers de Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song et al.El muntatge i la validació de dos genomes de referència sense buits per a l'arròs Xian/indica revela coneixements sobre l'arquitectura del centròmer vegetal.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Hora de publicació: 06-gen-2022