Notícies

L'amplificació d'elements transposables (TE) s'ha reconegut com una força motriu que media l'expansió i l'evolució de la mida del genoma, però les conseqüències per a la configuració de l'arquitectura genòmica 3D segueixen sent molt desconegudes a les plantes.Aquí, informem de conjunts de genoma de referència per a tres espècies de cotó que triplican la mida del genoma, és a dirGossypium rotundifolium(K2),G. arboreum(A2) iG. raimondii(D5), utilitzant Oxford Nanopore Technologies.Les anàlisis comparatives del genoma documenten els detalls de l'amplificació TE específica del llinatge que contribueix a les grans diferències de mida del genoma (K2, 2,44 Gb; A2, 1,62 Gb; D5, 750,19 Mb) i indiquen un contingut gènic relativament conservat i relacions de sintènia entre els genomes.Vam trobar que aproximadament el 17% dels gens sintènics presenten un canvi d'estat de la cromatina entre els compartiments actius ("A") i inactius ("B"), i l'amplificació de TE es va associar amb l'augment de la proporció del compartiment A a les regions gèniques (~ 7.000 gens). ) en K2 i A2 en relació amb D5.Només el 42% dels límits del domini topològicament associat (TAD) es van conservar entre els tres genomes.Les nostres dades impliquen una amplificació recent de TE després de la formació de límits TAD específics del llinatge.Aquest estudi posa de manifest el paper de l'expansió del genoma mediada per transposons en l'evolució de l'estructura de la cromatina d'ordre superior a les plantes.