GENOMA
Muntatge i anàlisi a escala cromosòmica del genoma de Miscanthus lutarioriparius del cultiu de biomassa
Seqüenciació de nanopors |Il·lumina |Hola-C |Seqüenciació d'ARN |Filogenia
En aquest estudi, Biomarker Technologies va proporcionar suport tècnic sobre la seqüenciació de Nanopore, el muntatge de nou genoma, el muntatge assistit amb Hi-C, etc.
Resum
Miscanthus, una planta perenne rizomatosa, té un gran potencial per a la producció de bioenergia per la seva alta biomassa i tolerància a l'estrès.Informem d'un muntatge a escala de cromosomes deMiscanthus lutarioripariusgenoma combinant la seqüenciació Oxford Nanopore i les tecnologies Hi-C.El conjunt de 2,07 Gb cobreix el 96,64% del genoma, amb un contig N50 d'1,71 Mb.Les seqüències del centròmer i del telòmer s'assemblen per als 19 cromosomes i el cromosoma 10, respectivament.L'origen alotetraploide de M. lutarioriparius es confirma mitjançant repeticions de satèl·lit centromèrics.L'estructura del genoma tetraploide i diverses reordenacions cromosòmiques en relació amb el sorgo estan clarament demostrades.Gens duplicats en tàndem deM. lutarioripariuss'enriqueixen funcionalment no només en termes relacionats amb la resposta a l'estrès, sinó també en la biosíntesi de la paret cel·lular.Les famílies de gens relacionades amb la resistència a les malalties, la biosíntesi de la paret cel·lular i el transport d'ions metàl·lics estan molt expandides i evolucionades.L'expansió d'aquestes famílies pot ser una base genòmica important per a la millora de trets remarcables deM. lutarioriparius.
Estadístiques clau de l'assemblatge del genoma
Figura.Visió general del conjunt del genoma de M. lutarioriparius
Notícies i més destacats té com a objectiu compartir els últims casos d'èxit amb Biomarker Technologies, capturant nous èxits científics així com tècniques destacades aplicades durant l'estudi.
Hora de publicació: 05-gen-2022