El genotipat d'alt rendiment, especialment en poblacions a gran escala, és un pas fonamental en els estudis d'associació genètica, que proporciona una base genètica per al descobriment de gens funcionals, l'anàlisi evolutiva, etc. ) s'introdueix per minimitzar el cost de seqüenciació per mostra, alhora que es manté una eficiència raonable en el descobriment de marcadors genètics.Això s'aconsegueix habitualment extraient fragments de restricció dins d'un interval de mida donat, que s'anomena biblioteca de representació reduïda (RRL).La seqüenciació de fragments amplificats de locus específics (SLAF-Seq) és una estratègia desenvolupada per si mateix per al descobriment de nou SNP i el genotipat de SNP de grans poblacions.
Flux de treball tècnic
SLAF vs mètodes RRL existents
Avantatges de SLAF
Major eficiència en el descobriment de marcadors genètics– Combinat amb la tecnologia de seqüenciació d'alt rendiment, SLAF-Seq podria aconseguir centenars de milers d'etiquetes descobertes dins del genoma sencer per complir la petició de diversos projectes de recerca, amb o sense un genoma de referència.
Disseny experimental personalitzat i flexible– Per a diferents objectius o espècies de recerca, hi ha disponibles diferents estratègies de digestió enzimàtica, com ara la digestió d'un enzim, la digestió dual i la digestió multienzim.L'estratègia de digestió es pre-avaluarà in silico per assegurar un disseny enzimàtic òptim.
Alta eficiència en la digestió enzimàtica- La digestió enzimàtica predissenyada proporciona SLAF distribuïts de manera més uniforme al cromosoma.La recollida de fragments eficient pot aconseguir més del 95%.
Eviteu les seqüències repetitives– El percentatge de seqüència repetitiva a les dades SLAF-Seq es redueix a menys del 5%, especialment en espècies amb un alt nivell d'elements repetitius, com el blat, el blat de moro, etc.
Flux de treball bioinformàtic de desenvolupament propi– BMK va desenvolupar un flux de treball bioinformàtic integrat aplicable a la tecnologia SLAF-Seq per garantir la fiabilitat i la precisió de la sortida final.
Aplicació de SLAF
Mapa d'enllaç genètic
Construcció de mapes genètics d'alta densitat i identificació de loci que controlen els trets de tipus de flor a Crisantem (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Revista: Horticulture Research Publicació: 2020.7
GWAS
Identificació d'un gen candidat associat amb el contingut d'isofavones a les llavors de soja mitjançant l'associació a tot el genoma i mapes d'enllaç
Revista: The Plant Journal Publicació: 2020.08
Genètica evolutiva
L'anàlisi genòmica de la població i el muntatge de novo revelen l'origen de l'arròs de males herbes com a joc evolutiu
Revista: Molecular Plant Publicat: 2019.5
Anàlisi de segregació massiva (BSA)
GmST1, que codifica una sulfotransferasa, confereix resistència a les soques del virus del mosaic de la soja G2 i G3
Revista: Plant, Cell & Environment Publicació: 2021.04
Referència
Sun X, Liu D, Zhang X, et al.SLAF-Seq: un mètode eficient de descobriment i genotipat de SNP de novo a gran escala mitjançant seqüenciació d'alt rendiment [J].Plos one, 2013, 8(3):e58700
Song X, Xu Y, Gao K, et al.Construcció de mapes genètics d'alta densitat i identificació de loci que controlen els trets de tipus de flors al crisantem (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Hortic Res.2020;7:108.
Wu D, Li D, Zhao X, et al.Identificació d'un gen candidat associat al contingut d'isoflavones a les llavors de soja mitjançant l'associació de tot el genoma i mapes d'enllaç.Planta J. 2020;104(4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L, et al.L'anàlisi genòmica de la població i l'assemblea De Novo revelen l'origen de l'arròs amb males herbes com a joc evolutiu.Planta Mol.2019;12(5):632-647.Planta Mol.2018;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z, et al.GmST1, que codifica una sulfotransferasa, confereix resistència a les soques del virus del mosaic de la soja G2 i G3.Entorn de cèl·lules vegetals.2021;10.1111/pce.14066
Hora de publicació: 04-gen-2022