Muntatge del genoma basat en Hi-C
Avantatges del servei
Visió general de Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Ciència, 2009)
● No cal construir una població genètica per a l'ancoratge contig;
● Major densitat de marcadors que condueixen a una proporció d'ancoratge de contigs més alta per sobre del 90%;
● Permet l'avaluació i correccions dels conjunts de genoma existents;
● Temps de resposta més curt amb una major precisió en el muntatge del genoma;
● Abundant experiència amb més de 1000 biblioteques Hi-C construïdes per a més de 500 espècies;
● Més de 100 casos d'èxit amb un factor d'impacte publicat acumulat superior a 760;
● Muntatge de genoma basat en Hi-C per a genoma poliploide, s'aconseguia una taxa d'ancoratge del 100% en el projecte anterior;
● Patents internes i drets d'autor de programari per a experiments Hi-C i anàlisi de dades;
● Programari d'ajust de dades visualitzades desenvolupat per si mateix, que permet el moviment manual de blocs, la marxa enrere, la revocació i la reacció.
Especificacions del servei
|
Tipus de biblioteca
|
Plataforma | Longitud de lectura | Recomanar estratègia |
| Hola-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Anàlisis bioinformàtics
● Control de qualitat de les dades en brut
● Control de qualitat de la biblioteca Hi-C
● Muntatge del genoma basat en Hi-C
● Avaluació posterior al muntatge
Requisits de mostra i lliurament
Requisits de mostra:
| Animal | Fong | Plantes
|
| Teixit congelat: 1-2 g per biblioteca Cel·les: 1x 10^7 cel·les per biblioteca | Mocador congelat: 1 g per biblioteca | Teixit congelat: 1-2 g per biblioteca
|
| *Recomanem encaridament enviar almenys 2 alíquotes (1 g cadascuna) per a l'experiment Hi-C. | ||
Lliurament de mostres recomanat
Envàs: tub de centrífuga de 2 ml (no es recomana paper d'alumini)
Per a la majoria de mostres, recomanem no conservar en etanol.
Etiquetatge de la mostra: les mostres han d'estar clarament etiquetades i idèntiques al formulari d'informació de la mostra enviat.
Enviament: gel sec: primer s'han d'envasar les mostres en bosses i enterrar-les en gel sec.
Flux de treball del servei
Disseny d'experiments
Lliurament de la mostra
Extracció d'ADN
Construcció de la biblioteca
Seqüenciació
Anàlisi de dades
Serveis postvenda
*Els resultats de demostració que es mostren aquí són tots de genomes publicats amb Biomarker Technologies
1.Mapa de calor d'interacció Hi-C deCamptotheca acuminatagenoma.Tal com es mostra al mapa, la intensitat de les interaccions es correlaciona negativament amb la distància lineal, la qual cosa indica un conjunt de nivell cromosòmic molt precís.(Ratio d'ancoratge: 96,03%)
Kang M et al.,Comunicacions de la natura, 2021
2.Hi-C va facilitar la validació de les inversions entreGossypium hirsutumL. TM-1 A06 iG. arboreumChr06
Yang Z et al.,Nature Communications, 2019
3. Muntatge i diferenciació bial·lèlica del genoma de la mandioca SC205.El mapa de calor Hi-C mostra una clara divisió en cromosomes homòlegs.
Hu W et al.,Planta Molecular, 2021
4.Mapa de calor Hi-C en el conjunt del genoma de dues espècies de Ficus:F.microcarpa(ràtio d'ancoratge: 99,3%) iF.hispida (proporció d'ancoratge: 99,7%)
Zhang X et al.,Cèl·lula, 2020
Cas BMK
Els genomes de l'arbre Banyan i la vespa pol·linitzadora proporcionen informació sobre la coevolució de la vespa de la figuera
Publicat: Cèl·lula, 2020
Estratègia de seqüenciació:
F. microcarpa genoma: aprox.84 X PacBio RSII (36,87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidagenoma: aprox.97 X PacBio RSII (36,12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillatagenoma: aprox.170 X PacBio RSII (65 Gb)
Resultats clau
1. Es van construir dos genomes d'arbre de banyan i un genoma de vespa pol·linitzadora mitjançant la seqüenciació PacBio, Hi-C i el mapa d'enllaç.
(1)F. microcarpagenoma: es va establir un conjunt de 426 Mb (97,7% de la mida estimada del genoma) amb contig N50 de 908 Kb, puntuació BUSCO del 95,6%.En total, es van ancorar seqüències de 423 Mb a 13 cromosomes mitjançant Hi-C.L'anotació del genoma va produir 29.416 gens codificants de proteïnes.
(2)F. Hispidagenoma: es va produir un conjunt de 360 Mb (97,3% de la mida estimada del genoma) amb contig N50 de 492 Kb i puntuació BUSCO del 97,4%.Un total de seqüències de 359 Mb es van ancorar a 14 cromosomes per Hi-C i molt idèntiques al mapa d'enllaç d'alta densitat.
(3)Eupristina verticillatagenoma: es va establir un conjunt de 387 Mb (mida estimada del genoma: 382 Mb) amb contig N50 de 3,1 Mb i puntuació BUSCO del 97,7%.
2.L'anàlisi de genòmica comparada va revelar un gran nombre de variacions d'estructura entre dosFicusgenomes, que van proporcionar un recurs genètic inestimable per als estudis d'evolució adaptativa.Aquest estudi, per primera vegada, va proporcionar informació sobre la coevolució de la vespa de la figa a nivell genòmic.
 Diagrama de Circos sobre les característiques genòmiques de dosFicusgenomes, inclosos els cromosomes, duplicacions segmentàries (SD), transposons (LTR, TEs, DNA TEs), expressió gènica i sintènia |  Identificació del cromosoma Y i gen candidat a la determinació del sexe |
Zhang, X., et al."Els genomes de l'arbre Banyan i la vespa pol·linitzadora proporcionen informació sobre la coevolució de la figa i la vespa".Cel·la 183.4 (2020).
