Anàlisi d'associacions a tot el genoma
1. Avantatges del servei
● Casos de projectes abundants: des de la seva creació l'any 2009, BMKGENE ha completat centenars de projectes d'espècies en investigació GWAS poblacional, ha ajudat els investigadors a publicar més de 100 articles i el factor d'impacte acumulat ha arribat als 500.
● Analistes professionals.
● Cicle d'anàlisi breu.
● Mineria de dades precisa.
2. Especificacions del servei
| Tipus | Escala de població | Estratègia de seqüenciació i profunditat |
| SLAF-GWAS | Número de mostra ≥200 | Mida del genoma <400M, amb genoma de referència, es recomana WGS |
| Mida del genoma ≤ 1G, 100K etiquetes i 10X | ||
| 1G ≤ Mida del genoma ≤ 2G, 200K etiquetes i 10X | ||
| Mida del genoma > 2G, 300K etiquetes i 10X | ||
| WGS-GWAS | Número de mostra ≥200 | 10X per cada mostra |
3. Selecció de material
Diferents varietats, subespècies, races autòctones/bancs de germen/famílies mixtes/recursos salvatges
Diferents varietats, subespècies, races locals
Família de mig germà/família de germà complet/recursos salvatges
4. Anàlisi de la bioinformació
● Anàlisi d'associacions a tot el genoma
● Anàlisi i cribratge de SNP significatius
● Anotació funcional del gen candidat
5. Flux de treball del servei
Disseny d'experiments
Lliurament de la mostra
Extracció d'ARN
Construcció de la biblioteca
Seqüenciació
Anàlisi de dades
Serveis postvenda
a.Fenotip QC
Histograma de distribució de freqüència
Estadística de fenotips
b.Anàlisi d'associació (Model: GEMMA, FaST-LMM, EMMAX)
Trama QQ
Parcel·la de Manhattan
| Curs | revista | IF | Títol |
| 2022 | NC | 17.69 | Bases genòmiques dels giga-cromosomes i giga-genoma de la peònia arbòria Paeonia ostii |
| 2015 | NP | 7.43 | Les petjades de domesticació ancorgen regions genòmiques d'importància agronòmica a la soja |
| 2018 | MP | 9.32 | La reseqüenciació de tot el genoma d'una col·lecció mundial d'accessions de colza revela la base genètica de la seva divergència d'ecotips |
| 2022 | HR | 7.29 | L'anàlisi d'associació a tot el genoma proporciona informació molecular sobre la variació natural de la mida de les llavors de síndria |
