Aprofundir en el potencial d'estudiar la varietat salvatge d'espècies de recerca, exemplificat per un cas fonamental dels clients de BMKGENE.Publicat recentment a l'edició d'enguany del Plant Biotechnology Journal, l'article titulat "Chromossome-level Wild Hevea brasiliensis Genome: Empowering Genomic-Assisted Breeding and Unearthing Vital Loci for Elevated Rubber Yield" és una referència valuosa.
L'arbre del cautxú brasiler (Hevea brasiliensis) s'aixeca com a font fonamental de cautxú natural.Al llarg del segle passat, les metodologies de cria tradicionals van provocar un notable augment de sis vegades en la producció de cautxú.No obstant això, la base genètica subjacent responsable de la millora potencial del rendiment del cautxú segueix sent enigmàtica.
Aquest estudi es va embarcar a construir un genoma a nivell de cromosoma per a l'arbre del cautxú salvatge, utilitzant una sinergia de seqüenciació de lectura llarga Nanopore, seqüenciació NGS Illumina i tecnologia Hi-C.
Paral·lelament, es va reunir un fons de 147 recursos de germoplasma, que inclouen variacions d'alt rendiment, soques salvatges i espècies relacionades, per a una reseqüenciació completa del genoma (WGS) mitjançant la plataforma Illumina.Les dades de seqüenciació posteriors es van sotmetre a una rigorosa anàlisi genètica de la població, que va permetre la dissecció de l'estructura de la població, la diversitat i el desequilibri de l'enllaç.Aquesta anàlisi va donar llum a les variacions de domesticació entre les poblacions.
Investigacions posteriors van incloure anàlisis que incloïen Fst, π, D de Tajima i LD, amb l'objectiu de revelar senyals de selecció derivats d'un rendiment de làtex millorat, centrant-se especialment en els clons de Wickham.
Culminant amb una anàlisi d'associació a tot el genoma (GWAS), es van identificar marcadors relacionats amb trets de rendiment i, posteriorment, gens relacionats amb el rendiment.La validació inicial va revelar activitats transcripcionals distintives a través de diferents mutants per a dos gens ERF, proporcionant una visió preliminar de la seva importància funcional.Es preveu una confirmació addicional dins de les properes investigacions.
BMKGENE s'enorgulleix de contribuir a la reseqüenciació extensa del genoma sencer d'aquesta població important, juntament amb un paper important en l'anàlisi bioinformàtica.La nostra àmplia experiència inclou la seqüenciació NGS/TGS i l'anàlisi bioinformàtica multiòmica en una sèrie de més de 1000 espècies.Esperem la possibilitat d'associar-nos amb vosaltres en els vostres propers projectes.
Feu clic aquí perobteniu més informació sobre aquest estudi
Hora de publicació: 29-agost-2023