● Molta experiència: s'han processat més de 200.000 mostres a BMK que cobreixen diversos tipus de mostres, com ara cultiu cel·lular, teixit, fluid corporal, etc. i més de 7.000 projectes d'ARNm-Seq tancats que cobreixen diverses àrees de recerca.
● Sistema de control de qualitat estricte: els punts bàsics de control de qualitat a través de tots els passos, com ara la preparació de mostres, la preparació de la biblioteca, la seqüenciació i la bioinformàtica, estan sota un estret seguiment per tal d'oferir resultats d'alta qualitat.
● Múltiples bases de dades disponibles per a l'anotació de funcions i estudis d'enriquiment per assolir diversos objectius de recerca.
● Serveis postvenda: serveis postvenda vàlids durant 3 mesos després de la finalització del projecte, inclòs el seguiment dels projectes, la resolució de problemes, les preguntes i respostes dels resultats, etc.
Biblioteca | Estratègia de seqüenciació | Dades recomanades | Control de qualitat |
Poly A enriquit | Il·lumina PE150 | 6 Gb | Q30≥85% |
Nucleòtids:
Conc. (ng/μl) | Quantitat (μg) | Puresa | Integritat |
≥ 20 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Es mostra al gel una contaminació limitada o nul·la de proteïnes o ADN. | Per a plantes: RIN≥6,5; Per a animals: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; elevació de referència limitada o nul·la |
Teixit: pes (sec):≥1 g
* Per a teixits de menys de 5 mg, recomanem enviar una mostra de teixit congelada (en nitrogen líquid).
Suspensió cel·lular:Recompte de cel·les = 3×106- 1×107
* Recomanem enviar lisat cel·lular congelat.En cas que aquesta cel·la tingui un nombre inferior a 5×105.
Mostres de sang:Volum ≥1 ml
Microorganisme:Massa ≥ 1 g
Envàs: tub de centrífuga de 2 ml (no es recomana paper d'alumini)
Etiquetatge de la mostra: grup+rèplica, p. ex. A1, A2, A3;B1, B2, B3....
Enviament:
Bioinformàtica
Eucariotes Flux de treball d'anàlisi de seqüenciació d'ARNm
Bioinformàtica
ØControl de qualitat de dades en brut
ØAlineació del genoma de referència
ØAnàlisi de l'estructura de la transcripció
ØQuantificació de l'expressió
ØAnàlisi de l'expressió diferencial
ØAnotació i enriquiment de funcions
1.Corba de saturació de dades d'ARNm
2.Anàlisi de l'expressió diferencial-Gràfic del volcà
3.Anotació KEGG en DEG
4.Classificació GO en DEG