Seqüenciació d'ADN/ARN - Seqüenciador Nanopore
Característiques dels detalls del servei
| Plataforma | Mida de la biblioteca | Rendiment de dades teòriques (per cel·la) | Precisió d'una sola base | Aplicacions |
| Nanopor | 8Kb, 10kb, 20kb, ultrallarg, cDNA-PCR | 70-90 Gb/cel·la | 85-92% | Crida SV, De novo, Seqüenciació de llarga durada, Iso-Seq, Anotació de gens, Detecció de metilació de l'ADN |
Avantatges del servei
● Més de 5 anys d'experiència a la plataforma de seqüenciació PacBio amb milers de projectes tancats amb diverses espècies.
● BMKGENE és soci oficial d'Oxford Nanopore, amb certificació d'ARN/ADN de doble plataforma.
● Hi ha models convencionals de seqüenciadors amb un equip complet i un rendiment de seqüenciació suficient.
● A partir de la plataforma Nanopore, s'han publicat més de 10 investigacions de Denovo en animals i plantes en revistes de renom internacional.
Exemples de requisits
| Tipus de mostra | Import | Concentració (Qubit ®) | Volum | Puresa | Altres |
| ADN genòmic | Depèn del requisit de dades | ≥20ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1,7-2,2; OD260/230≥1,5; Pic clar a 260 nm, sense contaminacions | La concentració s'ha de mesurar amb Qubit i Qubit/Nanopore ≤ 2 |
| ARN total | ≥1,2 μg | ≥100μg/μl | ≥15μl | OD260/280=1,7-2,5; OD260/230 = 0,5-2,5; sense contaminacions | Valor RIN ≥7,5 |
Flux de treball del servei
Preparació de la mostra
Construcció de la biblioteca
Seqüenciació
Anàlisi de dades
Lliurament del projecte
Avaluació de la qualitat de les dades de la mostra d'ADN
Taula 1. Estadístiques de dades netes.
| BMKID | rawSeqNum | rawSumBase | cleanSeqNum | cleanSumBase | cleanN50Len | cleanN90Len | cleanMeanLen | cleanMaxLen | cleanMeanQual |
| DNA_BMK01 | 1.218.239 | 26.37 | 1.121.736 | 25.90 | 28.014 | 15.764 | 23.090 | 143.181 | 9 |
Avaluació de la qualitat de les dades de la mostra d'ARN
Taula 1. Estadístiques de dades netes.
| Nom de l'arxiu | ClientID | ReadNúm | BaseNúm | N50 | Longitud mitjana | Longitud màxima | Puntuació Q mitjana |
| RNA_BMK001 | C2 | 8.947.708 | 4.047.230.083 | 398 | 452 | 129.227 | P12 |
Figura 1. Distribució de la longitud de lectura
Figura 2. Distribució de la puntuació de qualitat de les dades netes
Figura 3. Distribució de la puntuació de la longitud i la qualitat de les dades netes
