Anàlisi segregant a granel
Avantatges del servei
Takagi et al., The plant journal, 2013
● Localització precisa: barreja de grans quantitats amb 30+30 a 200+200 individus per minimitzar el soroll de fons;predicció de la regió candidata basada en mutants no sinònims.
● Anàlisi exhaustiva: anotació detallada de la funció del gen candidat, que inclou NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, etc.
● Temps de resposta més ràpid: localització ràpida del gen en 45 dies laborables.
● Àmplia experiència: BMK ha contribuït en la localització de milers de trets, abastant espècies diverses com conreus, productes aquàtics, boscos, flors, fruites, etc.
Especificacions del servei
Població:
Segregació de descendència de pares amb fenotips oposats.
ex. descendència F2, retrocreuament (BC), línia endogàmia recombinant (RIL)
Piscina de mescla
Per a trets qualitatius: de 30 a 50 individus (mínim 20)/granel
Per a tractats quantitatius: entre el 5% i el 10% d'individus amb fenotips extrems a tota la població (mínim 30+30).
Profunditat de seqüenciació recomanada
Com a mínim 20X/mare i 1X/descendent individual (p. ex., per a un grup de mescla de descendència de 30+30 individus, la profunditat de seqüenciació serà de 30X per massa)
Anàlisis bioinformàtics
● Reseqüenciació del genoma sencer
● Tractament de dades
● Trucada SNP/Indel
● Projecció de la regió candidata
● Anotació de la funció del gen candidat
Requisits de mostra i lliurament
Requisits de mostra:
Nucleòtids:
| mostra d'ADNg | Mostra de teixit |
| Concentració: ≥30 ng/μl | Plantes: 1-2 g |
| Quantitat: ≥2 μg (volum ≥15 μl) | Animals: 0,5-1 g |
| Puresa: OD260/280= 1,6-2,5 | Sang sencera: 1,5 ml |
Flux de treball del servei
Disseny d'experiments
Lliurament de la mostra
Extracció d'ARN
Construcció de la biblioteca
Seqüenciació
Anàlisi de dades
Serveis postvenda
1.Anàlisi d'associació basada en la Distància Euclidiana (DE) per identificar la regió candidata.A la figura següent
Eix X: nombre de cromosomes;Cada punt representa un valor ED d'un SNP.La línia negra correspon al valor ED ajustat.Un valor ED més alt indica una associació més significativa entre el lloc i el fenotip.La línia de guió vermella representa el llindar d'associació significativa.
2.Anàlisi d'associació basada sense índex SNP
Eix X: nombre de cromosomes;Cada punt representa el valor de l'índex SNP.La línia negra representa el valor de l'índex SNP ajustat.Com més gran és el valor, més significativa és l'associació.
Cas BMK
El locus del tret quantitatiu d'efecte principal Fnl7.1 codifica una proteïna abundant d'embriogènesi tardana associada amb la longitud del coll de la fruita al cogombre
Publicat: Revista de Biotecnologia Vegetal, 2020
Estratègia de seqüenciació:
Parents (Jin5-508, YN): reseqüenciació del genoma sencer per a 34× i 20×.
Agrupacions d'ADN (50 de coll llarg i 50 de coll curt): reseqüenciació per a 61 × i 52 ×
Resultats clau
En aquest estudi, la població segregadora (F2 i F2: 3) es va generar creuant la línia de cogombre de coll llarg Jin5-508 i YN de coll curt.Dos pools d'ADN van ser construïts per 50 individus extrems de coll llarg i 50 individus extrems de coll curt.El QTL d'efecte important es va identificar a Chr07 mitjançant l'anàlisi BSA i el mapeig QTL tradicional.La regió candidata es va reduir encara més mitjançant la cartografia fina, la quantificació de l'expressió gènica i els experiments transgènics, que van revelar el gen clau per controlar la longitud del coll, CsFnl7.1.A més, es va trobar que el polimorfisme a la regió promotora de CsFnl7.1 estava associat amb l'expressió corresponent.Una anàlisi filogenètica addicional va suggerir que és molt probable que el locus Fnl7.1 provingui de l'Índia.
 Mapeig QTL en anàlisi BSA per identificar la regió candidata associada a la longitud del coll del cogombre |  Perfils LOD del QTL de la longitud del coll del cogombre identificats a Chr07 |
Xu, X., et al."El locus del tret quantitatiu d'efecte principal Fnl7.1 codifica una proteïna abundant d'embriogènesi tardana associada a la longitud del coll de la fruita al cogombre".Plant Biotechnology Journal 18.7 (2020).
