16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Avantatges del servei
● Lectures llargues que revelen una seqüència completa de 16S/18S/ITS
● Trucades base molt precises amb la seqüenciació en mode PacBio CCS
● Resolució a nivell d'espècie en anotació OTU/ASV
● Últim flux d'anàlisi QIIME2 amb anàlisis diverses en termes de base de dades, anotació, OTU/ASV.
● Aplicable a diversos estudis de comunitats microbianes
● BMK té una àmplia experiència amb més de 100.000 mostres/any, que cobreixen sòl, aigua, gas, fangs, femtes, intestins, pell, brou de fermentació, insectes, plantes, etc.
● BMKCloud va facilitar la interpretació de dades amb 45 eines d'anàlisi personalitzades
Especificacions del servei
| SeqüenciacióPlataforma | Biblioteca | Dades recomanades | Temps de resposta |
| PacBio Seqüela II | SMRT-campana | Etiquetes 5K/10K/20K | 44 dies laborables |
Anàlisis bioinformàtics
● Control de qualitat de les dades en brut
● Agrupació/eliminació de soroll OTU (ASV)
● Anotació OTU
● Diversitat alfa
● Diversitat beta
● Anàlisi intergrupal
● Anàlisi d'associació contra factors experimentals
● Funció de predicció del gen
Requisits de mostra i lliurament
Requisits de mostra:
PerExtractes d'ADN:
| Tipus de mostra | Import | Concentració | Puresa |
| Extractes d'ADN | ＞ 1 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Per a mostres ambientals:
| Tipus de mostra | Procediment de mostreig recomanat |
| Sòl | Quantitat de mostreig: aprox.5 g;La substància marcida restant s'ha d'eliminar de la superfície;Tritureu trossos grans i passeu per filtre de 2 mm;Mostres al·lícuotes en tub EP estèril o cirotub per reservar. |
| Excrements | Quantitat de mostreig: aprox.5 g;Recolliu i alíquote mostres en tub EP estèril o criotub per a la reserva. |
| Continguts intestinals | Les mostres s'han de processar en condicions asèptiques.Rentar el teixit recollit amb PBS;Centrifugueu el PBS i recolliu el precipitant en tubs EP. |
| Llots | Quantitat de mostreig: aprox.5 g;Recolliu i alíquote la mostra de fang en un tub EP estèril o un criotub per a la reserva |
| Mas d'aigua | Per a mostres amb quantitat limitada de microbis, com ara aigua de l'aixeta, aigua de pou, etc., recollir almenys 1 L d'aigua i passar per un filtre de 0,22 μm per enriquir microbians a la membrana.Emmagatzemar la membrana en un tub estèril. |
| Pell | Raspau amb cura la superfície de la pell amb un cotó estèril o una fulla quirúrgica i col·loqueu-la en un tub estèril. |
Lliurament de mostres recomanat
Congeleu les mostres en nitrogen líquid durant 3-4 hores i emmagatzemeu-les en nitrogen líquid o -80 graus per reservar a llarg termini.Cal enviar mostres amb gel sec.
Flux de treball del servei
Lliurament de la mostra
Construcció de la biblioteca
Seqüenciació
Anàlisi de dades
Serveis postvenda
1.Taxa d'anotació del perfil de la comunitat microbiana basat en V3+V4(Illumina) versus el perfil complet (PacBio).
(Es van aplicar les dades de 30 projectes escollits aleatòriament per a estadístiques)
2. Taxa d'anotació de la seqüenciació d'amplicons de longitud completa a nivell d'espècie en diferents tipus de mostres
3.Distribució de les espècies
4.Arbre filogenètic
Cas BMK
L'exposició a l'arsènic indueix danys a la barrera intestinal i la consegüent activació de l'eix intestí-fetge que condueix a la inflamació i la piroptosi del fetge als ànecs.
Publicat:Ciència del medi ambient total,2021
Estratègia de seqüenciació:
Mostres: control vs grup exposat a ATO de 8 mg/kg
Rendiment de dades de seqüenciació: 102.583 seqüències CCS en brut en total
Control: 54.518 ± 747 CCS efectius
Exposició a l'ATO: 45.050 ± 1675 CCS efectius
Resultats clau
Diversitat alfa:L'exposició a l'ATO va alterar significativament la riquesa i la diversitat microbiana intestinal dels ànecs.
Anàlisi de metastàtiques:
A nivell de fílum: només s'han detectat 2 fílums bacterians en grups control
A nivell de gènere: es van trobar 6 gèneres significativament diferents en abundància relativa
A nivell d'espècies: s'han identificat 36 espècies en total, amb 6 d'elles significativament diferents en l'abundància de revivència.
Referència
Thingholm, LB, et al."Les persones obeses amb i sense diabetis tipus 2 mostren una capacitat i composició funcionals microbianes intestinals diferents".Cèl·lula hoste i microbi26.2 (2019).
