16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Avantatges del servei
● Identificació ràpida i sense aïllament de la composició microbiana en mostres ambientals
● Alta resolució en components poc abundants en mostres ambientals
● Últim flux d'anàlisi QIIME2 amb anàlisis diverses en termes de base de dades, anotació, OTU/ASV.
● Alt rendiment, major precisió
● Aplicable a diversos estudis de comunitats microbianes
● BMK té una àmplia experiència amb més de 100.000 mostres/any, que cobreixen sòl, aigua, gas, fangs, femtes, intestins, pell, brou de fermentació, insectes, plantes, etc.
● BMKCloud va facilitar la interpretació de dades amb 45 eines d'anàlisi personalitzades
Especificacions del servei
| SeqüenciacióPlataforma | Biblioteca | Rendiment de dades recomanat | Temps estimat d'execució |
| Plataforma Illumina NovaSeq | PE250 | Etiquetes 50K/100K/300K | 30 dies |
Anàlisis bioinformàtics
● Control de qualitat de les dades en brut
● Agrupació/eliminació de soroll OTU (ASV)
● Anotació OTU
● Diversitat alfa
● Diversitat beta
● Anàlisi intergrupal
● Anàlisi d'associació contra factors experimentals
● Funció de predicció del gen
Requisits de mostra i lliurament
Requisits de mostra:
PerExtractes d'ADN:
| Tipus de mostra | Import | Concentració | Puresa |
| Extractes d'ADN | > 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Per a mostres ambientals:
| Tipus de mostra | Procediment de mostreig recomanat |
| Sòl | Quantitat de mostreig: aprox.5 g;La substància marcida restant s'ha d'eliminar de la superfície;Tritureu trossos grans i passeu per filtre de 2 mm;Mostres al·lícuotes en tub EP estèril o cirotub per reservar. |
| Excrements | Quantitat de mostreig: aprox.5 g;Recolliu i alíquote mostres en tub EP estèril o criotub per a la reserva. |
| Continguts intestinals | Les mostres s'han de processar en condicions asèptiques.Rentar el teixit recollit amb PBS;Centrifugueu el PBS i recolliu el precipitant en tubs EP. |
| Llots | Quantitat de mostreig: aprox.5 g;Recolliu i alíquote la mostra de fang en un tub EP estèril o un criotub per a la reserva |
| Mas d'aigua | Per a mostres amb quantitat limitada de microbis, com ara aigua de l'aixeta, aigua de pou, etc., recollir almenys 1 L d'aigua i passar per un filtre de 0,22 μm per enriquir microbians a la membrana.Emmagatzemar la membrana en un tub estèril. |
| Pell | Raspau amb cura la superfície de la pell amb un cotó estèril o una fulla quirúrgica i col·loqueu-la en un tub estèril. |
Lliurament de mostres recomanat
Congeleu les mostres en nitrogen líquid durant 3-4 hores i emmagatzemeu-les en nitrogen líquid o -80 graus per reservar a llarg termini.Cal enviar mostres amb gel sec.
Flux de treball del servei
Lliurament de la mostra
Construcció de la biblioteca
Seqüenciació
Anàlisi de dades
Serveis postvenda
1.Distribució de les espècies
2.Mapa de calor: agrupació de riquesa d'espècies
3.Corba de facció rara
4.Anàlisi NMDS
5.Anàlisi de les mans
Cas BMK
Les persones obeses amb i sense diabetis tipus 2 mostren diferents capacitats funcionals microbianes intestinals i composició
Publicat:Cell Host & Microbe, 2019
Estratègia de seqüenciació:
magra sense diabetis (n=633);Obesos no diabetis (n=494);diabetis obesa tipus 2 (n=153);
Regió objectiu: 16S rDNA V1-V2
Plataforma: Illumina Miseq (seqüenciació d'amplicons basada en NGS)
El subconjunt d'extractes d'ADN es va sotmetre a seqüenciació metagenòmica a Illumina Hiseq
Resultats clau
Els perfils microbians d'aquestes malalties metabòliques es van diferenciar amb èxit.
En comparar les característiques microbianes generades per la seqüenciació 16S, es va trobar que l'obesitat s'associava amb canvis en la composició microbiana, característiques individuals, especialment una disminució significativa d'Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, etc. .
Referència
Thingholm, LB, et al."Les persones obeses amb i sense diabetis tipus 2 mostren una capacitat i composició funcionals microbianes intestinals diferents".Cèl·lula hoste i microbi26.2 (2019).
