Izolacija jezgara se postiže pomoću 10× Genomics ChromiumTM, koji se sastoji od osmokanalnog mikrofluidnog sistema sa dvostrukim ukrštanjima.U ovom sistemu, perle gela sa bar kodovima i prajmerom, enzimi i jedno jezgro su inkapsulirani u kapi ulja veličine nanolitara, stvarajući gel perle u emulziji (GEM).Kada se formira GEM, u svakom GEM-u se vrši liza ćelija i oslobađanje bar kodova.mRNA se reverzno transkribuju u molekule cDNK sa 10× bar kodovima i UMI, koji su dalje podložni konstrukciji standardne biblioteke sekvenciranja.
Ćelija / tkivo | Razlog |
Nesvježe smrznuto tkivo | Nije moguće dobiti svježe ili dugo sačuvane organizacije |
Mišićne ćelije, megakariociti, masnoće… | Prečnik ćelije je prevelik za ulazak u instrument |
Jetra… | Previše krhak da bi se slomio, nesposoban da razlikuje pojedinačne ćelije |
Neuronska ćelija, mozak… | Osetljiviji, lakši za stres, promeniće rezultate sekvenciranja |
Gušterača, štitna žlijezda… | Bogat endogenim enzimima koji utiču na proizvodnju jednoćelijske suspenzije |
Jedno jezgro | Jednoćelijska |
Neograničen prečnik ćelije | Prečnik ćelije: 10-40 μm |
Materijal može biti zamrznuto tkivo | Materijal mora biti svježa maramica |
Nizak stres zamrznutih ćelija | Tretman enzimima može izazvati reakciju na stres ćelije |
Ne moraju se uklanjati crvena krvna zrnca | Crvena krvna zrnca se moraju ukloniti |
Nuklearna ekspresija bioinformacija | Cijela ćelija izražava bioinformaciju |
Biblioteka | Strategija sekvenciranja | Obim podataka | Zahtjevi za uzorke | Tkivo |
10× Genomics single-nuclei biblioteka | 10x Genomics -Illumina PE150 | 100.000 čitanja po ćeliji pribl.100-200 Gb | Broj ćelije: >2× 105 Cell conc.na 700-1200 ćelija/μL | ≥ 200 mg |
Za više detalja o smjernicama za pripremu uzoraka i toku rada usluge, slobodno razgovarajte sa aBMKGENE ekspert
1. Spot klastering
2. Toplotna mapa obilja izraza markera
3. Distribucija gena proizvođača u različitim klasterima
4. Analiza putanje ćelije/pseudovreme