-
BSA
Bulked Segregant Analysis platforma se sastoji od standardne analize u jednom koraku i napredne analize sa prilagođenim podešavanjem parametara.BSA je tehnika koja se koristi za brzu identifikaciju genetskih markera povezanih s fenotipom.Glavni tok rada BSA sadrži: 1. odabir dvije grupe jedinki sa izrazito suprotnim fenotipovima;2. udruživanje DNK, RNK ili SLAF-seq (razvijeno od strane Biomarker-a) svih pojedinaca kako bi se formirala dva dijela DNK;3. identifikacija diferencijalnih sekvenci u odnosu na referentni genom ili između, 4. predviđanje kandidata povezanih regiona pomoću ED i SNP-indeks algoritma;5. Funkcionalna analiza i obogaćivanje gena u regionima kandidatima, itd. Naprednije istraživanje podataka uključujući skrining genetskih markera i dizajn prajmera je takođe dostupno.
-
Amplicon (16S/18S/ITS)
Amplicon (16S/18S/ITS) platforma je razvijena uz dugogodišnje iskustvo u analizi projekta mikrobne raznolikosti, koja sadrži standardiziranu osnovnu analizu i personaliziranu analizu: osnovna analiza pokriva glavni sadržaj analize trenutnih mikrobnih istraživanja, sadržaj analize je bogat i sveobuhvatan, a rezultati analize su predstavljeni u obliku projektnih izvještaja;Sadržaj personalizirane analize je raznolik.Uzorci se mogu birati i parametri se mogu fleksibilno postaviti u skladu sa osnovnim izvještajem analize i svrhom istraživanja, kako bi se realizirali personalizirani zahtjevi.Windows operativni sistem, jednostavan i brz.
-
Evoluciona genetika
Evoluciona genetika je prepuna usluga sekvenciranja dizajnirana za pružanje sveobuhvatnog tumačenja evolucionih informacija datih materijala na osnovu genetskih varijacija, uključujući SNP, InDels, SV i CNV.Pruža sve fundamentalne analize potrebne za opisivanje evolucijskih promjena i genetskih karakteristika populacija, kao što su struktura populacije, genetska raznolikost, filogenski odnosi, itd. Takođe sadrži studije o protoku gena, koje omogućavaju procjenu efektivne veličine populacije, vremena divergencije.
-
Comparative Genomics
Komparativna genomika doslovno znači poređenje kompletnih sekvenci genoma i struktura različitih vrsta.Ova disciplina ima za cilj otkrivanje evolucije vrsta, funkcije gena, regulatornog mehanizma gena na nivou genoma identifikacijom struktura sekvenci i elemenata koji su se sačuvali ili diferencirali među različitim vrstama.Tipična komparativna genomička studija uključuje analize porodice gena, evolucijski razvoj, dupliciranje cijelog genoma, selektivni pritisak, itd.
-
Evoluciona genetika
Platforma za populacijsku i evolucionu genetičku analizu je uspostavljena na osnovu ogromnog iskustva akumuliranog u BMK R&D timu godinama.To je alat prilagođen korisniku, posebno za istraživače koji se ne bave bioinformatikom.Ova platforma omogućava osnovnu osnovnu analizu vezanu za evolucijsku genetiku uključujući konstrukciju filogenetskog stabla, analizu neravnoteže veza, procjenu genetičke raznolikosti, analizu selektivnog pregleda, analizu srodstva, PCA, analizu strukture populacije, itd.
-
Hi-C baziran Genomski sklop
Hi-C je metoda dizajnirana da uhvati konfiguraciju hromozoma kombinacijom sondiranja interakcija zasnovanih na blizini i sekvenciranja visoke propusnosti.Vjeruje se da je intenzitet ovih interakcija u negativnoj korelaciji s fizičkom udaljenosti na hromozomima.Prema tome, Hi-C podaci bi mogli voditi grupisanje, redoslijed i orijentaciju sklopljenih sekvenci u nacrtu genoma i usidrenje ih na određeni broj hromozoma.Ova tehnologija omogućava sklapanje genoma na nivou hromozoma u nedostatku genetske mape zasnovane na populaciji.Svaki pojedinačni genom treba Hi-C.
Platforma: Illumina NovaSeq platforma / DNBSEQ
-
Plant/Animal De Novo Genome Sequencing
De Novosekvenciranje se odnosi na izgradnju cijelog genoma vrste korištenjem tehnologija sekvenciranja, npr. PacBio, Nanopore, NGS, itd., u odsustvu referentnog genoma.Izvanredno poboljšanje dužine čitanja tehnologije sekvenciranja treće generacije donijelo je nove mogućnosti u sastavljanju složenih genoma, kao što su oni sa visokom heterozigotnošću, visokim omjerom repetitivnih regija, poliploidima, itd. Sa dužinom čitanja na nivou od desetina kilobaza, ova očitavanja sekvenciranja omogućavaju rešavanje ponavljajućih elemenata, regiona sa abnormalnim sadržajem GC i drugih veoma složenih regiona.
Platforma: PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/ Illumina NovaSeq platforma
-
Sekvenciranje cijelog egzoma čovjeka
Sekvenciranje cijelog egzoma (WES) smatra se ekonomičnom strategijom sekvenciranja za identifikaciju mutacija koje uzrokuju bolest.Iako egzoni zauzimaju samo oko 1,7% cjelokupnog genoma, on direktno predstavlja profil ukupnih proteinskih funkcija.U ljudskom genomu, zabilježeno je da se više od 85% mutacija povezanih s bolešću javlja u regiji koja kodira proteine.
BMKGENE nudi sveobuhvatne i fleksibilne usluge sekvenciranja cijelog egzoma čovjeka s različitim strategijama hvatanja egzona koje su dostupne za postizanje različitih ciljeva istraživanja.
Platforma: Illumina NovaSeq platforma
-
Specifično-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF-Seq)
Genotipizacija visoke propusnosti, posebno na velikoj populaciji, temeljni je korak u studijama genetskih asocijacija, koji pruža genetsku osnovu za funkcionalno otkrivanje gena, evolucijsku analizu, itd. ) se uvodi kako bi se minimizirali troškovi sekvenciranja po uzorku, uz održavanje razumne efikasnosti u otkrivanju genetskih markera.Ovo se obično postiže izdvajanjem restrikcionog fragmenta unutar datog raspona veličina, koji se naziva biblioteka redukovane reprezentacije (RRL).Sekvenciranje fragmenta pojačanog specifičnog lokusa (SLAF-Seq) je samorazvijena strategija za genotipizaciju SNP-a sa ili bez referentnog genoma.
Platforma: Illumina NovaSeq platforma -
Illumina i BGI
Illumina tehnologija sekvenciranja, zasnovana na Sequencing by Synthesis (SBS), je globalno prihvaćena NGS inovacija, odgovorna za generiranje preko 90% podataka o sekvenciranju u svijetu.Princip SBS-a uključuje snimanje fluorescentno označenih reverzibilnih terminatora kako se svaki dNTP dodaje, a zatim se cijepa kako bi se omogućila inkorporacija sljedeće baze.Sa sva četiri reverzibilna terminator-vezana dNTP-a prisutna u svakom ciklusu sekvenciranja, prirodna konkurencija minimizira pristrasnost inkorporacije.Ova svestrana tehnologija podržava biblioteke sa jednim čitanjem i biblioteke sa uparenim krajevima, zadovoljavajući niz genomskih aplikacija.Mogućnosti visoke propusnosti i preciznost Illumina sekvenciranja postavljaju ga kao kamen temeljac u istraživanju genomike, osnažujući naučnike da razotkriju zamršenosti genoma s neusporedivim detaljima i efikasnošću.
DNBSEQ, koju je razvio BGI, je još jedna inovativna NGS tehnologija koja je uspjela dodatno smanjiti troškove sekvenciranja i povećati propusnost.Priprema DNBSEQ biblioteka uključuje fragmentaciju DNK, pripremu ssDNK i amplifikaciju kotrljajućih krugova kako bi se dobile DNK nanoloptice (DNB).Oni se zatim stavljaju na čvrstu površinu i potom sekvenciraju kombinatornom sintezom sonde i sidra (cPAS).
Naša usluga sekvenciranja unapred napravljenih biblioteka olakšava klijentima da pripreme svoje biblioteke sekvenciranja iz različitih izvora (mRNA, celi genom, amplikon, između ostalog).Nakon toga, ove biblioteke mogu biti isporučene u naše centre za sekvenciranje radi kontrole kvaliteta i sekvenciranja na Illumina ili BGI platformama.
