-
Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)
ChIP-Seq pruža profiliranje DNK ciljeva u cijelom genomu za modifikaciju histona, faktore transkripcije i druge proteine povezane s DNK.Kombinira selektivnost imunoprecipitacije hromatina (ChIP) za obnavljanje specifičnih kompleksa protein-DNK, sa snagom sekvenciranja sljedeće generacije (NGS) za sekvencioniranje visoke propusnosti obnovljene DNK.Dodatno, budući da se kompleksi protein-DNK dobijaju iz živih ćelija, mesta vezivanja se mogu porediti u različitim tipovima ćelija i tkivima, ili pod različitim uslovima.Primjene se kreću od regulacije transkripcije do razvojnih puteva do mehanizama bolesti i dalje.
Platforma: Illumina NovaSeq platforma
-
Metagenomsko sekvenciranje -NGS
Metagenom se odnosi na kolekciju ukupnog genetskog materijala mješovite zajednice organizama, kao što je metagenom okoliša, ljudski metagenom, itd. Sadrži genome mikroorganizama koji se mogu kultivirati i koji se ne mogu kultivirati.Metagenomsko sekvenciranje je molekularni alat koji se koristi za analizu mješovitih genomskih materijala ekstrahiranih iz uzoraka okoliša, koji pruža detaljne informacije o raznolikosti i brojnosti vrsta, strukturi populacije, filogenetskom odnosu, funkcionalnim genima i korelacijskoj mreži sa faktorima okoline.
Platforma:Illumina NovaSeq platforma
-
Metagenomic Sequencing-Nanopore
Metagenomika je molekularni alat koji se koristi za analizu mješovitih genomskih materijala ekstrahiranih iz uzoraka okoliša, koji pruža detaljne informacije o raznolikosti i brojnosti vrsta, strukturi populacije, filogenetskom odnosu, funkcionalnim genima i korelacijskoj mreži sa faktorima okoline, itd. Platforma za sekvenciranje nanopora je nedavno uvedena na metagenomske studije.Njegove izvanredne performanse u dužini čitanja uvelike su poboljšale nizvodnu metagenomsku analizu, posebno sklapanje metagenoma.Koristeći prednosti dužine čitanja, metagenomska studija zasnovana na Nanoporeu je u stanju da postigne kontinuiraniji sklop u poređenju sa metagenomikom sačmarica.Objavljeno je da je metagenomika zasnovana na Nanopore uspješno generirala kompletne i zatvorene bakterijske genome iz mikrobioma (Moss, EL, et. al,Nature Biotech, 2020)
Platforma:Nanopore PromethION P48
-
Bisulfitno sekvenciranje cijelog genoma
Metilacija DNK na petoj poziciji u citozinu (5-mC) ima fundamentalni uticaj na ekspresiju gena i ćelijsku aktivnost.Abnormalni obrasci metilacije povezani su s nekoliko stanja i bolesti, poput raka.WGBS je postao zlatni standard za proučavanje metilacije u cijelom genomu u rezoluciji jedne baze.
Platforma: Illumina NovaSeq platforma
-
Test za hromatin pristupačan transpozazi sa sekvenciranjem visokog protoka (ATAC-seq)
ATAC-seq je visokopropusna metoda sekvenciranja za analizu dostupnosti hromatina u cijelom genomu, što je važno za globalnu epigenetsku kontrolu ekspresije gena.Adapteri za sekvenciranje se ubacuju u otvorene regije hromatina hiperaktivnom Tn5 transpozazom.Nakon PCR amplifikacije, konstruiše se biblioteka sekvenciranja.Sve otvorene regije hromatina mogu se dobiti pod određenim prostorno-vremenskim uslovima, ne samo ograničenim na mjesta vezivanja transkripcionog faktora, ili određene histon modificirane regije.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Podjedinica na 16S i 18S rRNA koja sadrži i visoko konzervirane i hipervarijabilne regije je savršen molekularni otisak prsta za identifikaciju prokariotskih i eukariotskih organizama.Koristeći prednosti sekvenciranja, ovi amplikoni mogu biti ciljani na osnovu očuvanih dijelova, a hiper-varijabilne regije mogu se u potpunosti okarakterizirati za identifikaciju mikroba, što doprinosi studijama koje pokrivaju analizu mikrobne raznolikosti, taksonomiju, filogeniju, itd. Pojedinačna molekula u realnom vremenu (SMRT ) sekvencioniranje PacBio platforme omogućava dobijanje visoko preciznih dugih očitavanja, koja bi mogla pokriti amplikone pune dužine (cca. 1,5 Kb).Širi pogled na genetsko polje uvelike je poboljšao rezoluciju u označavanju vrsta u zajednici bakterija ili gljiva.
Platforma:PacBio nastavak II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
16S/18S/ITS sekvencioniranje amplikona ima za cilj otkrivanje filogenije, taksonomije i obilja vrsta u mikrobnoj zajednici istraživanjem PCR proizvoda kućnih genetskih markera koji sadrže i visoko konverzirane i hipervarijabilne dijelove.Uvođenje ovih savršenih molekularnih otisaka prstiju od strane Woesesa et al, (1977) omogućava profiliranje mikrobioma bez izolacije.Sekvenciranje 16S (bakterije), 18S (gljive) i internog transkribovanog razmaknice (ITS, gljive) omogućava identifikaciju kako rasprostranjenih vrsta, tako i retkih i neidentifikovanih vrsta.Ova tehnologija je postala široko primijenjeno i glavno sredstvo u identifikaciji različitog mikrobnog sastava u različitim sredinama, kao što su ljudska usta, crijeva, izmet itd.
Platforma:Illumina NovaSeq platforma
-
Ponovno sekvenciranje cijelog genoma bakterija i gljivica
Ponovno sekvenciranje cijelog genoma bakterija i gljivica je kritično sredstvo za kompletiranje genoma poznatih bakterija i gljivica, kao i za poređenje više genoma ili mapiranje genoma novih organizama.Od velike je važnosti sekvencirati čitave genome bakterija i gljiva kako bi se generirali tačni referentni genomi, radila mikrobna identifikacija i druge komparativne studije genoma.
Platforma: Illumina NovaSeq platforma
-
PacBio-Full-length 16S/18S/ITS amplikonsko sekvenciranje
Amplicon (16S/18S/ITS) platforma je razvijena uz dugogodišnje iskustvo u analizi projekta mikrobne raznolikosti, koja sadrži standardiziranu osnovnu analizu i personaliziranu analizu: osnovna analiza pokriva glavni sadržaj analize trenutnih mikrobnih istraživanja, sadržaj analize je bogat i sveobuhvatan, a rezultati analize su predstavljeni u obliku projektnih izvještaja;Sadržaj personalizirane analize je raznolik.Uzorci se mogu birati i parametri se mogu fleksibilno postaviti u skladu sa osnovnim izvještajem analize i svrhom istraživanja, kako bi se realizirali personalizirani zahtjevi.Windows operativni sistem, jednostavan i brz.
-
PacBio-Transkriptom pune dužine (nereferentni)
Uzimajući podatke o sekvenciranju izoforme Pacific Biosciences (PacBio) kao ulaz, ova aplikacija može identificirati sekvence transkripta pune dužine (bez sklapanja).Preslikavanjem sekvenci pune dužine u odnosu na referentni genom, transkripti se mogu optimizovati poznatim genima, transkriptima, kodirajućim regionima, itd. U ovom slučaju, može se postići preciznija identifikacija mRNA struktura, kao što je alternativno spajanje, itd.Zajednička analiza sa podacima sekvenciranja transkriptoma NGS omogućava sveobuhvatnije označavanje i tačniju kvantifikaciju u ekspresiji na nivou transkripta, što u velikoj meri doprinosi diferencijalnoj ekspresiji niže i funkcionalnoj analizi.
-
Redukovana zastupljenost bisulfitnog sekvenciranja (RRBS)
Istraživanje metilacije DNK oduvijek je bilo vruća tema u istraživanju bolesti i usko je povezano s ekspresijom gena i fenotipskim osobinama.RRBS je precizna, efikasna i ekonomična metoda za istraživanje metilacije DNK.Obogaćivanje regiona promotera i CpG ostrva enzimskim cepanjem (Msp I), u kombinaciji sa sekvenciranjem bisulfita, obezbeđuje detekciju metilacije DNK visoke rezolucije.
Platforma: Illumina NovaSeq platforma
-
Sekvenciranje prokariotske mRNA
Sekvenciranje mRNA omogućava sveobuhvatno profilisanje svih transkripata mRNA unutar ćelija pod specifičnim uslovima.Ova vrhunska tehnologija služi kao moćan alat, otkrivajući zamršene profile ekspresije gena, strukture gena i molekularne mehanizme povezane s različitim biološkim procesima.Široko prihvaćeno u fundamentalnim istraživanjima, kliničkoj dijagnostici i razvoju lijekova, sekvenciranje mRNA nudi uvid u zamršenost ćelijske dinamike i genetske regulacije.Naša obrada uzoraka prokariotske mRNA je skrojena za prokariotske transkriptome, uključujući iscrpljivanje rRNA i usmjerenu pripremu biblioteke.
Platforma: Illumina NovaSeq X
