-
Sekvenciranje RNK sa jednim jezgrom
Napredak u hvatanju jedne ćelije i tehnici izgradnje individualne biblioteke u kombinaciji sa sekvenciranjem visoke propusnosti omogućava studije genske ekspresije na bazi ćelije po ćeliju.Omogućava dublju i potpuniju sistemsku analizu složenih ćelijskih populacija, u kojoj se u velikoj mjeri izbjegava maskiranje njihove heterogenosti uzimanjem prosjeka svih ćelija.
Međutim, neke ćelije nisu prikladne za pretvaranje u jednoćelijsku suspenziju, pa su potrebne druge metode pripreme uzoraka – ekstrakcija jezgra iz tkiva, odnosno, jezgro se direktno ekstrahuje iz tkiva ili ćelije i priprema u jednonukleusnu suspenziju za jednostruke ćelije. sekvenciranje ćelija.
BMK pruža 10× Genomics ChromiumTM uslugu sekvenciranja jednoćelijske RNK.Ova usluga je široko korištena u studijama vezanim za bolesti, kao što su diferencijacija imunoloških stanica, heterogenost tumora, razvoj tkiva itd.
Čip prostornog transkriptoma: 10× Genomika
Platforma: Illumina NovaSeq platforma
-
Sekvenciranje cijelog genoma biljke/životinje
Ponovno sekvenciranje cijelog genoma, također poznato kao WGS, omogućava otkrivanje uobičajenih i rijetkih mutacija na cijelom genomu uključujući polimorfizam jednog nukleotida (SNP), brisanje umetanja (InDel), varijaciju strukture (SV) i varijaciju broja kopija (CNV). ).SV čine veći dio baze varijacija od SNP-a i imaju veći utjecaj na genom, što ima značajan utjecaj na žive organizme.Ponovno sekvenciranje dugog čitanja omogućava precizniju identifikaciju velikih fragmenata i komplikovanih varijacija jer duga čitanja znatno olakšavaju kromosomsko ukrštanje preko komplikovanih regija kao što su tandem ponavljanja, regije bogate GC/AT i hiper-varijabilne regije.
Platforma: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 prostorni transkript
Prostorna transkriptomika stoji na čelu naučne inovacije, osnažujući istraživače da uđu u zamršene obrasce ekspresije gena unutar tkiva, istovremeno čuvajući njihov prostorni kontekst.Usred različitih platformi, BMKGene je razvio BMKManu S1000 Spatial Transcriptome Chip, koji se može pohvalitipoboljšana rezolucijaod 5µM, dostižući subćelijski opseg i omogućavajupostavke rezolucije na više nivoa.Čip S1000, koji ima približno 2 miliona tačaka, koristi mikro-jažice obložene kuglicama napunjenim prostorno barkodiranim sondama za hvatanje.Biblioteka cDNK, obogaćena prostornim bar kodovima, pripremljena je od S1000 čipa i potom sekvencirana na Illumina NovaSeq platformi.Kombinacija prostorno barkodiranih uzoraka i UMI-ja osigurava tačnost i specifičnost generiranih podataka.Jedinstveni atribut BMKManu S1000 čipa leži u njegovoj svestranosti, nudeći postavke rezolucije na više nivoa koje se mogu fino podesiti prema različitim tkivima i nivoima detalja.Ova prilagodljivost pozicionira čip kao izvanredan izbor za različite studije prostorne transkriptomije, osiguravajući precizno prostorno grupiranje uz minimalan šum.
Koristeći BMKManu S1000 čip i druge tehnologije prostorne transkriptomike, istraživači mogu steći bolje razumijevanje prostorne organizacije ćelija i složenih molekularnih interakcija koje se javljaju unutar tkiva, pružajući neprocjenjiv uvid u mehanizme koji leže u osnovi bioloških procesa u širokom spektru polja, uključujući onkologiju, neuronauku, razvojnu biologiju, imunologiju i botaničke studije.
Platforma: BMKManu S1000 čip i Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium prostorni transkriptom
Prostorna transkriptomika je najsavremenija tehnologija koja omogućava istraživačima da istražuju obrasce ekspresije gena unutar tkiva uz očuvanje njihovog prostornog konteksta.Jedna moćna platforma u ovoj domeni je 10x Genomics Visium u kombinaciji sa Illumina sekvenciranjem.Princip 10X Visiuma leži na specijalizovanom čipu sa određenim područjem za hvatanje gde se postavljaju delovi tkiva.Ovo područje hvatanja sadrži mrlje sa crtičnim kodom, od kojih svaka odgovara jedinstvenoj prostornoj lokaciji unutar tkiva.Uhvaćeni RNA molekuli iz tkiva se zatim označavaju jedinstvenim molekularnim identifikatorima (UMI) tokom procesa reverzne transkripcije.Ove barkodirane tačke i UMI omogućavaju precizno prostorno mapiranje i kvantifikaciju ekspresije gena u rezoluciji jedne ćelije.Kombinacija prostorno barkodiranih uzoraka i UMI-ja osigurava tačnost i specifičnost generiranih podataka.Koristeći ovu tehnologiju prostorne transkriptomike, istraživači mogu steći dublje razumijevanje prostorne organizacije ćelija i složenih molekularnih interakcija koje se javljaju unutar tkiva, nudeći neprocjenjiv uvid u mehanizme koji leže u osnovi bioloških procesa u više polja, uključujući onkologiju, neuronauku, razvojnu biologiju, imunologiju. i botaničke studije.
Platforma: 10X Genomics Visium i Illumina NovaSeq
-
Sekveniranje mRNA pune dužine-Nanopore
Dok sekvenciranje mRNA zasnovano na NGS-u služi kao svestran alat za kvantifikaciju ekspresije gena, njegovo oslanjanje na kratko čitanje ograničava njegovu efikasnost u složenim transkriptomskim analizama.Sekvenciranje nanopora, s druge strane, koristi tehnologiju dugog čitanja, omogućavajući sekvenciranje mRNA transkripata pune dužine.Ovaj pristup olakšava sveobuhvatno istraživanje alternativnog spajanja, fuzije gena, poliadenilacije i kvantifikacije izoforma mRNA.
Sekvenciranje nanopora se oslanja na električne signale u realnom vremenu od jedne molekule nanopora.Vođena motornim proteinima, dvolančana DNK se vezuje za proteine nanopora ugrađene u biofilm, odmotavajući se dok prolazi kroz kanal nanopora pod razlikom napona.Karakteristični električni signali generisani različitim bazama na DNK lancu detektuju se i klasifikuju u realnom vremenu, olakšavajući precizno i kontinuirano sekvenciranje nukleotida.Ovaj inovativni pristup prevazilazi ograničenja kratkog čitanja i pruža dinamičku platformu za složenu genomsku analizu, uključujući kompleksne transkriptomske studije.
Platforma: Nanopore Promethion P48
-
Sekvenciranje mRNA pune dužine -PacBio
Dok je sekvenciranje mRNA zasnovano na NGS-u svestran alat za kvantifikaciju ekspresije gena, njegovo oslanjanje na kratko čitanje ograničava njegovu upotrebu u složenim transkriptomskim analizama.PacBio sekvenciranje (Iso-Seq), s druge strane, koristi tehnologiju dugog čitanja, omogućavajući sekvenciranje mRNA transkripata pune dužine.Ovaj pristup olakšava sveobuhvatno istraživanje alternativnog spajanja, fuzije gena i poliadenilacije iako nije primarni izbor za kvantifikaciju ekspresije gena, zbog velike količine potrebnih podataka.
PacBio tehnologija sekvenciranja se oslanja na jednomolekulsko sekvenciranje u realnom vremenu (SMRT), pružajući izrazitu prednost u hvatanju mRNA transkripata pune dužine.Ovaj inovativni pristup uključuje upotrebu nultog moda talasovoda (ZMW), mikrofabrikovanih bunara koji omogućavaju posmatranje aktivnosti DNK polimeraze u realnom vremenu tokom sekvenciranja.Unutar ovih ZMW-ova, PacBio-ova DNK polimeraza sintetiše komplementarni lanac DNK, generirajući dugačka čitanja koja obuhvataju cijeli transkript mRNA.PacBio rad u režimu kružnog konsenzusa sekvenciranja (CCS) poboljšava preciznost ponavljanjem sekvenciranja istog molekula.Generirana HiFi očitanja imaju tačnost uporedivu sa NGS, dodatno doprinoseći sveobuhvatnoj i pouzdanoj analizi složenih transkriptomskih karakteristika.Platforma: PacBio Sequel II
-
Eukariotska mRNA Sequencing-Illumina
Sekvenciranje mRNA omogućava sveobuhvatno profilisanje svih transkripata mRNA unutar ćelija pod specifičnim uslovima.Ova vrhunska tehnologija služi kao moćan alat, otkrivajući zamršene profile ekspresije gena, strukture gena i molekularne mehanizme povezane s različitim biološkim procesima.Široko prihvaćeno u fundamentalnim istraživanjima, kliničkoj dijagnostici i razvoju lijekova, sekvenciranje mRNA nudi uvid u zamršenost ćelijske dinamike i genetske regulacije.
Platforma: Illumina NovaSeq X
-
Nereferentno bazirano mRNA sekvenciranje-Illumina
Sekvenciranje mRNA omogućava sveobuhvatno profilisanje svih transkripata mRNA unutar ćelija pod specifičnim uslovima.Ova vrhunska tehnologija služi kao moćan alat, otkrivajući zamršene profile ekspresije gena, strukture gena i molekularne mehanizme povezane s različitim biološkim procesima.Široko prihvaćeno u fundamentalnim istraživanjima, kliničkoj dijagnostici i razvoju lijekova, sekvenciranje mRNA nudi uvid u zamršenost ćelijske dinamike i genetske regulacije.
Platforma: Illumina NovaSeq X
-
Dugo nekodirajuće sekvenciranje-Illumina
Duge nekodirajuće RNK (lncRNA) su RNK duže od 200 nukleotida koje posjeduju minimalni potencijal kodiranja i ključni su elementi unutar nekodirajuće RNK.Pronađene u jezgru i citoplazmi, ove RNK igraju ključnu ulogu u epigenetskoj, transkripcijskoj i post-transkripcijskoj regulaciji, naglašavajući njihov značaj u oblikovanju ćelijskih i molekularnih procesa.Sekvenciranje LncRNA je moćan alat u ćelijskoj diferencijaciji, ontogenezi i ljudskim bolestima.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Mala RNK sekvenciranje-Illumina
Male RNK (sRNA) molekule, obično ispod 200 nukleotida u dužinu, uključuju mikroRNA (miRNA), male interferirajuće RNK (siRNA) i RNK koje interaguju na piwi (piRNA).Među njima, miRNA, duge oko 20-24 nukleotida, posebno su vrijedne pažnje zbog svoje ključne regulatorne uloge u različitim ćelijskim procesima.Sa tkivno-specifičnim i specifičnim obrascima ekspresije, miRNA pokazuju visoku očuvanost među različitim vrstama.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
circRNA sekvenciranje-Illumina
Kružno RNK sekvenciranje (circRNA-seq) je profiliranje i analiza kružnih RNK, klase molekula RNK koje formiraju zatvorene petlje zbog nekanonskih događaja spajanja, pružajući ovoj RNK povećanu stabilnost.Dok se pokazalo da neke circRNA djeluju kao spužve mikroRNA, sekvestriraju mikroRNA i sprječavaju ih da regulišu svoje ciljne mRNA, druge circRNA mogu komunicirati s proteinima, modulirati ekspresiju gena ili imati ulogu u ćelijskim procesima.Analiza ekspresije circRNA daje uvid u regulatorne uloge ovih molekula i njihov značaj u različitim ćelijskim procesima, razvojnim fazama i stanjima bolesti, doprinoseći dubljem razumijevanju složenosti regulacije RNK u kontekstu ekspresije gena.
-
Sekvenciranje cijelog transkriptoma – Illumina
Sekvenciranje cijelog transkriptoma nudi sveobuhvatan pristup profiliranju različitih RNA molekula, uključujući i kodirajuće (mRNA) i nekodirajuće RNA (lncRNA, circRNA i miRNA).Ova tehnika hvata potpuni transkriptom specifičnih ćelija u datom trenutku, omogućavajući holističko razumijevanje ćelijskih procesa.Poznato i kao "totalno sekvenciranje RNK", ima za cilj da otkrije složene regulatorne mreže na nivou transkriptoma, omogućavajući dubinsku analizu kao što je konkurentska endogena RNK (ceRNA) i zajednička analiza RNK.Ovo označava početni korak ka funkcionalnoj karakterizaciji, posebno u otkrivanju regulatornih mreža koje uključuju ceRNA interakcije zasnovane na circRNA-miRNA-mRNA.
