-
Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)
ChIP-Seq pruža profiliranje DNK ciljeva u cijelom genomu za modifikaciju histona, faktore transkripcije i druge proteine povezane s DNK.Kombinira selektivnost imunoprecipitacije hromatina (ChIP) za obnavljanje specifičnih kompleksa protein-DNK, sa snagom sekvenciranja sljedeće generacije (NGS) za sekvencioniranje visoke propusnosti obnovljene DNK.Dodatno, budući da se kompleksi protein-DNK dobijaju iz živih ćelija, mesta vezivanja se mogu porediti u različitim tipovima ćelija i tkivima, ili pod različitim uslovima.Primjene se kreću od regulacije transkripcije do razvojnih puteva do mehanizama bolesti i dalje.
Platforma: Illumina NovaSeq platforma
-
Bisulfitno sekvenciranje cijelog genoma
Metilacija DNK na petoj poziciji u citozinu (5-mC) ima fundamentalni uticaj na ekspresiju gena i ćelijsku aktivnost.Abnormalni obrasci metilacije povezani su s nekoliko stanja i bolesti, poput raka.WGBS je postao zlatni standard za proučavanje metilacije u cijelom genomu u rezoluciji jedne baze.
Platforma: Illumina NovaSeq platforma
-
Test za hromatin pristupačan transpozazi sa sekvenciranjem visokog protoka (ATAC-seq)
ATAC-seq je visokopropusna metoda sekvenciranja za analizu dostupnosti hromatina u cijelom genomu, što je važno za globalnu epigenetsku kontrolu ekspresije gena.Adapteri za sekvenciranje se ubacuju u otvorene regije hromatina hiperaktivnom Tn5 transpozazom.Nakon PCR amplifikacije, konstruiše se biblioteka sekvenciranja.Sve otvorene regije hromatina mogu se dobiti pod određenim prostorno-vremenskim uslovima, ne samo ograničenim na mjesta vezivanja transkripcionog faktora, ili određene histon modificirane regije.
-
Redukovana zastupljenost bisulfitnog sekvenciranja (RRBS)
Istraživanje metilacije DNK oduvijek je bilo vruća tema u istraživanju bolesti i usko je povezano s ekspresijom gena i fenotipskim osobinama.RRBS je precizna, efikasna i ekonomična metoda za istraživanje metilacije DNK.Obogaćivanje regiona promotera i CpG ostrva enzimskim cepanjem (Msp I), u kombinaciji sa sekvenciranjem bisulfita, obezbeđuje detekciju metilacije DNK visoke rezolucije.
Platforma: Illumina NovaSeq platforma
