-
PacBio-Full-length 16S/18S/ITS amplikonsko sekvenciranje
Amplicon (16S/18S/ITS) platforma je razvijena uz dugogodišnje iskustvo u analizi projekta mikrobne raznolikosti, koja sadrži standardiziranu osnovnu analizu i personaliziranu analizu: osnovna analiza pokriva glavni sadržaj analize trenutnih mikrobnih istraživanja, sadržaj analize je bogat i sveobuhvatan, a rezultati analize su predstavljeni u obliku projektnih izvještaja;Sadržaj personalizirane analize je raznolik.Uzorci se mogu birati i parametri se mogu fleksibilno postaviti u skladu sa osnovnim izvještajem analize i svrhom istraživanja, kako bi se realizirali personalizirani zahtjevi.Windows operativni sistem, jednostavan i brz.
-
PacBio-Transkriptom pune dužine (nereferentni)
Uzimajući podatke o sekvenciranju izoforme Pacific Biosciences (PacBio) kao ulaz, ova aplikacija može identificirati sekvence transkripta pune dužine (bez sklapanja).Preslikavanjem sekvenci pune dužine u odnosu na referentni genom, transkripti se mogu optimizovati poznatim genima, transkriptima, kodirajućim regionima, itd. U ovom slučaju, može se postići preciznija identifikacija mRNA struktura, kao što je alternativno spajanje, itd.Zajednička analiza sa podacima sekvenciranja transkriptoma NGS omogućava sveobuhvatnije označavanje i tačniju kvantifikaciju u ekspresiji na nivou transkripta, što u velikoj meri doprinosi diferencijalnoj ekspresiji niže i funkcionalnoj analizi.
-
Setovi alata
BMKCloud je vodeća bioinformatička platforma koja pruža jedno-stop rješenje za genomske programe, kojemu široko vjeruju istraživači u različitim oblastima uključujući medicinu, poljoprivredu, okoliš, itd. BMKCloud je posvećen pružanju integriranih, pouzdanih i efikasnih usluga uključujući platforme i alate za bioinformatičku analizu , računarski resursi, javna baza podataka, bioinformtički onlajn kursevi, itd. BMKCloud ima različite često korišćene bioinformatičke alate uključujući genske anotacije, evolucione genetičke alate, ncRNA, kontrolu kvaliteta podataka, sklapanje, poravnanje, ekstrakciju podataka, mutacije, statistiku, generator figura, sekvencu analiza itd.
-
mala RNK
Male RNK su tip kratke nekodirajuće RNK prosječne dužine 18-30 nt, uključujući miRNA, siRNA i piRNA.Za ove male RNK se masovno izvještava da su uključene u različite biološke procese kao što su degradacija mRNA, inhibicija translacije, formiranje heterohromatina, itd. Analiza sekvencioniranja male RNK je široko primijenjena u studijama o razvoju životinja/biljki, bolesti, virusa, itd. platforma za analizu sekvenciranja sastoji se od standardne analize i naprednog rudarenja podataka.Na osnovu RNA-seq podataka, standardna analiza može postići identifikaciju i predviđanje miRNA, predviđanje ciljnog gena miRNA, anotaciju i analizu ekspresije.Napredna analiza omogućava prilagođeno pretraživanje i ekstrakciju miRNA, generiranje Venn dijagrama, izgradnju miRNA i ciljne mreže gena.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS je platforma za analizu ponovnog sekvenciranja čitavog genoma, koja je razvijena na osnovu bogatog iskustva u Biomarker Technologies.Ova platforma laka za korišćenje omogućava brzo podnošenje integrisanog toka rada analize jednostavnim postavljanjem nekoliko osnovnih parametara, koji se uklapaju u podatke sekvenciranja DNK generisane sa platforme Illumina i platforme za sekvenciranje BGI.Ova platforma je raspoređena na računarskom serveru visokih performansi, što omogućava visokoefikasnu analizu podataka u vrlo ograničenom vremenu.Personalizirano rudarenje podataka dostupno je na osnovu standardne analize, uključujući upit mutiranog gena, dizajn PCR prajmera itd.
-
mRNA (referenca)
Transkriptom je veza između genomske genetske informacije i proteoma biološke funkcije.Regulacija nivoa transkripcije je najvažniji i najšire proučavan način regulacije organizama.Sekvenciranje transkriptoma može sekvencirati transkriptom u bilo kom trenutku ili pod bilo kojim uslovima, sa rezolucijom tačnom na jedan nukleotid. Može dinamički odražavati nivo transkripcije gena, istovremeno identifikovati i kvantificirati retke i normalne transkripte i pružiti strukturne informacije o uzorak specifičnih transkripata.
Trenutno se tehnologija sekvenciranja transkriptoma naširoko koristi u agronomiji, medicini i drugim istraživačkim poljima, uključujući regulaciju razvoja životinja i biljaka, adaptaciju životne sredine, imunološku interakciju, lokalizaciju gena, genetsku evoluciju vrsta i otkrivanje tumora i genetskih bolesti.
-
metagenomika (NGS)
Ova platforma za analizu je dizajnirana za analizu metagenomskih podataka sačmarica na osnovu višegodišnjeg iskustva.Sastoji se od integriranog tijeka rada koji sadrži različite uobičajeno potrebne metagenomske analize uključujući obradu podataka, studije na nivou vrste, studije na nivou funkcije gena, biniranje metagenoma, itd. Osim toga, prilagođeni alati za rudarenje podataka dostupni su u standardnom toku rada analize, uključujući upite gena i vrsta , podešavanje parametara, personalizirano generiranje figure, itd.
-
LncRNA
Duge nekodirajuće RNK (lncRNA) su vrsta transkripata dužine duže od 200 nt, koji nisu u stanju da kodiraju proteine.Akumulativni dokazi sugeriraju da je većina lncRNA vrlo vjerovatno funkcionalna.Tehnologije sekvenciranja visoke propusnosti i alati za bioinformatičku analizu osnažuju nas da efikasnije otkrijemo sekvence lncRNA i informacije o pozicioniranju i vode nas do otkrivanja lncRNA sa ključnim regulatornim funkcijama.BMKCloud je ponosan što pruža našim klijentima platformu za analizu sekvenciranja lncRNA za postizanje brze, pouzdane i fleksibilne analize lncRNA.
-
GWAS
Studija asocijacija na nivou genoma (GWAS) ima za cilj identifikaciju genetskih varijanti (genotipa) koje su povezane sa specifičnim osobinama (fenotipom).GWA studije istražuju genetske markere koji prelaze cijeli genom velikog broja individua i predviđaju povezanost genotip-fenotip statističkom analizom na nivou populacije.Ponovno sekvenciranje cijelog genoma može potencijalno otkriti sve genetske varijante.U kombinaciji s fenotipskim podacima, GWAS se može obraditi da bi se identificirali SNP-ovi, QTL-ovi i geni kandidati povezani s fenotipom, što snažno podupire moderni uzgoj životinja/biljki.SLAF je samorazvijena pojednostavljena strategija sekvenciranja genoma, koja otkriva distribuirane markere u cijelom genomu, SNP.Ovi SNP-ovi, kao molekularni genetski markeri, mogu se obraditi za studije povezanosti sa ciljanim osobinama.To je isplativa strategija u identifikaciji složenih osobina povezanih genetskih varijacija.
-
Nanopore Transkriptomika pune dužine
Kompleksne i varijabilne alternativne izoforme u organizmima su važni genetski mehanizmi za regulaciju ekspresije gena i proteinske raznolikosti.Precizna identifikacija struktura transkripta je osnova za dubinsko proučavanje obrazaca regulacije ekspresije gena.Platforma za sekvenciranje nanopora uspješno je dovela transkriptomsku studiju na nivo izoforme.Ova platforma za analizu je dizajnirana da analizira RNA-Seq podatke generisane na Nanopore platformi na osnovu referentnog genoma, čime se postižu kvalitativne i kvantitativne analize kako na nivou gena tako i na nivou transkripata.
-
circ-RNA
Kružna RNK (circRNA) je vrsta nekodirajuće RNK, za koju je nedavno otkriveno da igra vitalnu ulogu u regulatornim mrežama uključenim u razvoj, otpornost na okoliš, itd. Razlikuje se od linearnih RNA molekula, npr. mRNA, lncRNA, 3′ i 5′ krajevi circRNA su spojeni zajedno da formiraju kružnu strukturu, koja ih spašava od varenja egzonukleaze i stabilnija je od većine linearne RNK.Utvrđeno je da circRNA ima različite funkcije u regulaciji ekspresije gena.CircRNA može djelovati kao ceRNA, koja kompetitivno veže miRNA, poznata kao miRNA spužva.Platforma za analizu sekvenciranja CircRNA omogućava analizu strukture i ekspresije circRNA, predviđanje cilja i zajedničku analizu s drugim vrstama RNA molekula
-
BSA
Bulked Segregant Analysis platforma se sastoji od standardne analize u jednom koraku i napredne analize sa prilagođenim podešavanjem parametara.BSA je tehnika koja se koristi za brzu identifikaciju genetskih markera povezanih s fenotipom.Glavni tok rada BSA sadrži: 1. odabir dvije grupe jedinki sa izrazito suprotnim fenotipovima;2. udruživanje DNK, RNK ili SLAF-seq (razvijeno od strane Biomarker-a) svih pojedinaca kako bi se formirala dva dijela DNK;3. identifikacija diferencijalnih sekvenci u odnosu na referentni genom ili između, 4. predviđanje kandidata povezanih regiona pomoću ED i SNP-indeks algoritma;5. Funkcionalna analiza i obogaćivanje gena u regionima kandidatima, itd. Naprednije istraživanje podataka uključujući skrining genetskih markera i dizajn prajmera je takođe dostupno.
