EVOLUCIJA GENOME
Genom De novo
Montaža|Određivanje pola Celokupni radovi na sekvenciranju i delimične bioinformatičke usluge su obezbeđene od strane Biomarker Techonologies.
Abstract
“Ikonični fenotip morskih zmajeva uključuje listove nalik na dodatke, bezuba cjevasta usta i mušku trudnoću koja uključuje inkubaciju oplođenih jajašca na otvorenom "plodu".De novo smo sekvencionirali muške i ženske genome običnog morskog zmaja (Phyllopteryx taeniolatus) i njegove blisko srodne vrste, aligatorske ribe (Syngnathoides biaculeatus).Transkripcijski profili iz evolucijske novine, listova nalik na dodatke, pokazuju da je skup gena koji su tipično uključeni u razvoj peraja kooptiran, kao i obogaćivanje transkripta za potencijalnu popravku tkiva i gene za imunološku odbranu.Utvrđeno je da mutanti zebrice za scpp5, koji je izgubljen u svim singnatidima, nemaju ili imaju deformisane faringealne zube, što podržava hipotezu da je gubitak scpp5 doprinio gubitku zuba kod singnatida.Identificiran je navodni lokus koji određuje spol koji kodira amhr2y gen specifičan za muškarce koji dijele obični morski zmaj i aligatorska riba. ”
Materijali i metode:
Materijali
Fnaš zajednički morski zmaj (P. taeniolatus) i dvije aligatorske lule (S. biaculeatus) primjerci.Dvije jedinke morskog zmaja (jedan mužjak i jedna ženka) i dvije aligatorske ribe (jedan mužjak i jedna ženka) korištene su za sekvenciranje cijelog genoma, a dvije druge muške jedinke morskog zmaja korištene su za ponovno sekvenciranje genoma.
Strategija sekvenciranja genoma
2Biblioteka 70/350 bp (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) ili Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000).sekvenciranje, i dvije druge muške individue morskog zmaja korištene su za ponovno sekvenciranje genoma.
Transcriptome Sequencing
Fili obični morski zmaj, mozak, oko, škrge, jetra, srce, bubreg, mezenterij, crijeva, mišići, peraja, koža, listovi nalik dodacima, testis i jajnik su sakupljeni.
Strategija sastavljanja genoma de novo
Canu (ispravka) + WTDBG2 (sastavljanje) + pilon (poljski) + Lachesis (Hi-C).
Glavni rezultati
Slika 1. Ključne karakteristike običnog morskog zmaja (P. taeniolatus) i aligatorske ribe (S. biaculeatus) i njihove filogenetske pozicije.
Slika 2. Morfologija i genetski sastav lisnatih dodataka kod običnog morskog zmaja (P. taeniolatus).
Slika 3. Pretpostavljeni gen za određivanje pola kod običnog morskog zmaja (P. taeniolatus) i aligatorske ribe (S. biaculeatus).
Slika 4. Fenotipovi faringealnih zuba kod homozigotnih mutanata zebrice scpp5.
Vrijeme objave: Jan-08-2022