T2T GENOM SKLOP, GENOM BEZ GAPOVA
1stDva genoma riže1
Naslov: Sastavljanje i validacija dva referentna genoma bez praznina za rižu Xian/indica otkriva uvid u arhitekturu centromere biljaka
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Vrijeme objave: 1. januara 2021.
Institut: Huazhong Agricultural University, Kina
Materijali
O. sativa xian/indicasorte riže 'Zhenshan 97 (ZS97)' i 'Minghui 63 (MH63)
Strategija sekvenciranja
NGS čita + HiFi čita + CLR čita + BioNano + Hi-C
Podaci:
ZS97: 8,34 Gb (~23x) HiFi čita + 48,39 Gb (~131x) CLR čita + 25 Gb(~69x) NGS + 2 BioNano Irys ćelije
MH63: 37,88 Gb (~103x) HiFi čita + 48,97 Gb (~132x) CLR čita + 28 Gb(~76x) NGS + 2 BioNano Irys ćelije
Slika 1 Dva genoma pirinča bez praznina (MH63 i ZS97)
2ndBanana Genome2
Naslov: Kromosomi banane bez razmaka od telomera do telomera pomoću sekvenciranja nanopora
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Vrijeme objave: 17. april 2021.
Institut: Université Paris-Saclay, Francuska
Materijali
Dvostruki haploidMusa acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)
Strategija sekvenciranja i podaci:
HiSeq2500 PE250 mod + MinION/ PromethION (93Gb,~200X )+ Optička mapa (DLE-1+BspQ1)
Tabela 1 Poređenje skupova genoma Musa acuminata (DH-Pahang).
Slika 2 Poređenje arhitekture Musa genoma
3rdGenom Phaeodactylum tricornutum3
Naslov: Sastavljanje genoma telomera-telomeraP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Vrijeme objave: 4. maja 2021
Institut: Western University, Kanada
Materijali
Phaeodactylum tricornutum(Zbirka kultura algi i protozoa CCAP 1055/1)
Strategija sekvenciranja i podaci:
1 Oxford Nanopore minION protočna ćelija + 2×75 upareni kraj sa srednjim izlazom NextSeq 550 run
Slika 3 Tok rada za sklapanje genoma telomera-telomera
4thLjudski CHM13 genom4
Naslov: Kompletna sekvenca ljudskog genoma
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Vrijeme objave: 27. maja 2021
Institut: Nacionalni institut za zdravlje (NIH), SAD
Materijali: ćelijska linija CHM13
Strategija sekvenciranja i podaci:
30× PacBio kružno konsenzus sekvenciranje (HiFi), 120× Oxford Nanopore ultra-dugo sekvenciranje čitanja, 100× Illumina PCR-Free sekvenciranje (ILMN), 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), BioNano optička mapa i Strand-seq
Tabela 2 Poređenje sklopova ljudskog genoma GRCh38 i T2T-CHM13
Referenca
1.Sergey Nurk i dr.Kompletna sekvenca ljudskog genoma.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2. Caroline Belser et al.Hromozomi banane bez praznina od telomera do telomera korišćenjem sekvenciranja nanopora.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.Sklop genoma telomera u telomere Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4. Jia-Ming Song et al.Sastavljanje i validacija dva referentna genoma bez praznina za rižu Xian/indica otkriva uvid u arhitekturu centromere biljaka.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Vrijeme objave: Jan-06-2022