EVOLUCIJA GENOME
Komparativna analiza genoma naglašava ekspanziju genoma posredovanu transpozonom i evolucijsku arhitekturu 3D genomskog savijanja u pamuku
Sekvenciranje nanopora |Hi-C |PacBio sekvenciranje |Illumina |RNA-sekvenciranje |3D arhitektura genoma |Transposon |Komparativna genomika
U ovoj studiji, Biomarker Technologies je pružio tehničku podršku za Nanopore sekvenciranje, Hi-C i relevantnu bioinformatičku analizu.
Abstract
Amplifikacija transpozibilnih elemenata (TE) prepoznata je kao pokretačka sila koja posreduje u ekspanziji veličine genoma i evoluciji, ali posljedice za oblikovanje 3D genomske arhitekture ostaju uglavnom nepoznate u biljkama.Ovdje izvještavamo o skupovima genoma referentnog razreda za tri vrste pamuka trostruke veličine genoma, tj.Gossypium rotundifolium(K2),G. arboreum(A2), iG. raimondii(D5), koristeći Oxford Nanopore Technologies.Komparativne analize genoma dokumentuju detalje TE amplifikacije specifične za lozu koja doprinosi velikim razlikama u veličini genoma (K2, 2,44 Gb; A2, 1,62 Gb; D5, 750,19 Mb) i ukazuje na relativno očuvan sadržaj gena i sintenske odnose među genomima.Otkrili smo da otprilike 17% sintenskih gena pokazuje promjenu statusa hromatina između aktivnog (“A”) i neaktivnog (“B”) odjeljka, a TE amplifikacija je povezana s povećanjem udjela A odjeljka u genskim regijama (~ 7.000 gena ) u K2 i A2 u odnosu na D5.Samo 42% granica topološki asocirajućih domena (TAD) je sačuvano među tri genoma.Naši podaci impliciraju nedavno pojačanje TE nakon formiranja TAD granica specifičnih za lozu.Ova studija baca svjetlo na ulogu ekspanzije genoma posredovane transpozonom u evoluciji strukture kromatina višeg reda u biljkama.
Ključna statistika sklapanja genoma
Slika.Sklop genoma i opis karakteristika G. rotundifolium (K2)
Vijesti i istaknuti detalji ima za cilj dijeljenje najnovijih uspješnih slučajeva sa Biomarker Technologies, bilježi nova naučna dostignuća, kao i istaknute tehnike primijenjene tokom studije.
Vrijeme objave: Jan-05-2022