Genotipizacija visoke propusnosti, posebno na velikoj populaciji, je fundamentalni korak u studijama genetskih asocijacija, koji pruža genetsku osnovu za funkcionalno otkrivanje gena, evolucijsku analizu, itd. ) se uvodi kako bi se minimizirali troškovi sekvenciranja po uzorku, uz održavanje razumne efikasnosti u otkrivanju genetskih markera.Ovo se obično postiže izdvajanjem restriktivnog fragmenta unutar datog raspona veličine, koji se naziva biblioteka redukovane reprezentacije (RRL).Sekvenciranje fragmenta pojačanog specifičnog lokusa (SLAF-Seq) je samorazvijena strategija za de novo otkrivanje SNP i genotipizaciju SNP velikih populacija.
Tehnički tok posla
SLAF u odnosu na postojeće RRL metode
Prednosti SLAF-a
Veća efikasnost otkrivanja genetskih markera– U kombinaciji sa visoko propusnom tehnologijom sekvenciranja, SLAF-Seq bi mogao postići stotine hiljada oznaka otkrivenih unutar cijelog genoma kako bi ispunio zahtjeve različitih istraživačkih projekata, bilo sa ili bez referentnog genoma.
Prilagođeni i fleksibilni eksperimentalni dizajn– Za različite istraživačke ciljeve ili vrste, dostupne su različite strategije enzimske digestije uključujući jednoenzimsku, dual-enzimsku i višeenzimsku digestiju.Strategija varenja će biti prethodno procijenjena u silikonu kako bi se osigurao optimalan dizajn enzima.
Visoka efikasnost u enzimskoj probavi– Unaprijed dizajnirana enzimska probava osigurava ravnomjernije raspoređene SLAF-ove na hromozomu.Efikasno prikupljanje fragmenata može postići preko 95%.
Izbjegavajte ponavljanje niza– Procenat ponavljajuće sekvence u SLAF-Seq podacima je smanjen na manje od 5%, posebno kod vrsta sa visokim nivoom repetitivnih elemenata, kao što su pšenica, kukuruz, itd.
Samorazvijen bioinformatički tok rada– BMK je razvio integrisani bioinformatički radni tok primenljiv na SLAF-Seq tehnologiju kako bi se osigurala pouzdanost i tačnost krajnjeg rezultata.
Primjena SLAF-a
Mapa genetičkih veza
Konstrukcija genetičke mape visoke gustine i identifikacija lokusa koji kontrolišu osobine tipa cvijeta u krizantemi (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Časopis: Horticulture Research Objavljeno: 2020.7
GWAS
Identifikacija gena kandidata povezanog sa sadržajem izofavona u sjemenu soje korištenjem asocijacije i mapiranja veza u cijelom genomu
Časopis: Plant Journal Objavljeno: 08.2020
Evoluciona genetika
Populaciona genomska analiza i de novo sastavljanje otkrivaju porijeklo korovne riže kao evolucijske igre
Časopis: Molecular Plant Objavljeno: 2019.5
Grupna segregantna analiza (BSA)
GmST1, koji kodira sulfotransferazu, daje otpornost na sojeve virusa mozaika soje G2 i G3
Časopis: Plant, Cell&Environment Objavljeno: 04.2021
Referenca
Sun X, Liu D, Zhang X, et al.SLAF-Seq: efikasna metoda de novo otkrivanja i genotipizacije velikih razmjera korištenjem sekvenciranja visoke propusnosti[J].Plos one, 2013, 8(3):e58700
Song X, Xu Y, Gao K, et al.Konstrukcija genetičke mape visoke gustoće i identifikacija lokusa koji kontrolišu osobine tipa cvijeta u krizantemi (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Hortic Res.2020;7:108.
Wu D, Li D, Zhao X, et al.Identifikacija gena kandidata povezanog sa sadržajem izoflavona u sjemenu soje korištenjem asocijacije i mapiranja veza u cijelom genomu.Plant J. 2020;104(4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L, et al.Populaciona genomska analiza i De Novo skupština otkrivaju porijeklo korovske riže kao evolucijske igre.Mol Plant.2019;12(5):632-647.Mol Plant.2018;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z, et al.GmST1, koji kodira sulfotransferazu, daje otpornost na sojeve virusa mozaika soje G2 i G3.Okruženje biljnih ćelija.2021;10.1111/kom.14066
Vrijeme objave: Jan-04-2022