Proizvodi

Metagenomic Sequencing-Nanopore

Metagenomika je molekularni alat koji se koristi za analizu mješovitih genomskih materijala ekstrahiranih iz uzoraka okoliša, koji pruža detaljne informacije o raznolikosti i brojnosti vrsta, strukturi populacije, filogenetskom odnosu, funkcionalnim genima i korelacijskoj mreži sa faktorima okoline, itd. Platforma za sekvenciranje nanopora je nedavno uvedena na metagenomske studije.Njegove izvanredne performanse u dužini čitanja uvelike su poboljšale nizvodnu metagenomsku analizu, posebno sklapanje metagenoma.Koristeći prednosti dužine čitanja, metagenomska studija zasnovana na Nanoporeu je u stanju da postigne kontinuiraniji sklop u poređenju sa metagenomikom sačmarica.Objavljeno je da je metagenomika zasnovana na Nanopore uspješno generirala kompletne i zatvorene bakterijske genome iz mikrobioma (Moss, EL, et. al,Nature Biotech, 2020)

Platforma:Nanopore PromethION P48

Kontaktiraj nas

Detalji usluge

Demo Results

BMK Case

Prednosti usluge

● Visokokvalitetno sklapanje – Povećava tačnost identifikacije vrsta i funkcionalnog predviđanja gena

● Zatvorena izolacija bakterijskog genoma

● Moćnija i pouzdanija primjena u različitim područjima, npr. detekcija patogenih mikroorganizama ili gena povezanih s rezistencijom na antibiotike

● Komparativna analiza metagenoma

Specifikacije usluge

Platforma	Sekvenciranje	Preporučeni podaci	Turnaround Time
Nanopore	ONT	6 G/10 G	65 radnih dana

Bioinformatičke analize

● Kontrola kvaliteta sirovih podataka

● Sastavljanje metagenoma

● Neredundantni skup gena i anotacija

● Analiza diverziteta vrsta

● Analiza raznolikosti genetičke funkcije

● Međugrupna analiza

● Analiza povezanosti sa eksperimentalnim faktorima

Zahtjevi za uzorke i dostava

Uzorci zahtjeva:

ZaDNK ekstrakti:

Tip uzorka	Iznos	Koncentracija	Čistoća
DNK ekstrakti	1-1,5 μg	> 20 ng/μl	OD260/280= 1,6-2,5

Za uzorke životne sredine:

Tip uzorka	Preporučeni postupak uzorkovanja
Zemlja	Količina uzorkovanja: cca.5 g;Preostalu osušenu tvar potrebno je ukloniti s površine;Samljeti velike komade i proći kroz filter od 2 mm;Alikvotni uzorci u sterilnoj EP-epruveti ili cirotubi za rezervaciju.
Feces	Količina uzorkovanja: cca.5 g;Sakupite i alikvotne uzorke u sterilnu EP-epruvetu ili krioepruvetu za rezervaciju.
Crijevni sadržaj	Uzorke je potrebno obraditi u aseptičnim uslovima.Oprati prikupljeno tkivo sa PBS;Centrifugirajte PBS i sakupite talog u EP-epruvete.
Mulj	Količina uzorkovanja: cca.5 g;Sakupite i alikvotni uzorak mulja u sterilnu EP-epruvetu ili krioepruvetu za rezervaciju
Vodeno tijelo	Za uzorak sa ograničenom količinom mikroba, kao što je voda iz slavine, voda iz bunara, itd., Sakupite najmanje 1 L vode i prođite kroz filter od 0,22 μm kako biste obogatili mikrobi na membrani.Čuvajte membranu u sterilnoj epruveti.
Skin	Pažljivo ostružite površinu kože sterilnim pamučnim štapićem ili hirurškom oštricom i stavite je u sterilnu epruvetu.

Preporučena dostava uzorka

Zamrznite uzorke u tečnom azotu na 3-4 sata i čuvajte u tečnom azotu ili -80 stepeni na dugotrajnu rezervaciju.Potrebna je otprema uzorka sa suhim ledom.

Tok rada usluge

Isporuka uzorka

Izgradnja biblioteke

Sekvenciranje

Analiza podataka

Usluge nakon prodaje

Prethodno: Bisulfitno sekvenciranje cijelog genoma

Sljedeći: Metagenomsko sekvenciranje -NGS

1.Heatmap: Grupiranje bogatstva vrsta2. Funkcionalni geni označeni KEGG metaboličkim putevima3. Mreža korelacije vrsta4.Circos gena rezistencije na antibiotike CARD

BMK Case

Nanopore metagenomika omogućava brzu kliničku dijagnozu bakterijske infekcije donjih respiratornih organa

Objavljeno:Biotehnologija prirode, 2019

Technical Highlights
Sekvenciranje: Nanopore MinION
Klinička metagenomska bioinformatika: iscrpljivanje DNK domaćina, WIMP i ARMA analiza
Brzo otkrivanje: 6 sati
Visoka osjetljivost: 96,6%

Ključni rezultati

U 2006. godini, infekcija donjih respiratornih organa (LR) izazvala je 3 miliona ljudskih smrtnih slučajeva širom svijeta.Tipična metoda za detekciju LR1 patogena je kultivacija, koja ima slabu osjetljivost, dugo vrijeme preokreta i nedostatak smjernica u ranoj antibiotskoj terapiji.Brza i precizna mikrobna dijagnoza dugo je bila hitna potreba.Dr. Justin sa Univerziteta East Anglia i njegovi partneri uspješno su razvili metagenomsku metodu zasnovanu na Nanopore za otkrivanje patogena.Prema njihovom toku rada, 99,99% DNK domaćina može biti iscrpljeno.Detekcija patogena i gena otpornih na antibiotike može se završiti za 6 sati.

Referenca
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J.(2019).Nanopore metagenomika omogućava brzu kliničku dijagnozu bakterijske infekcije donjih respiratornih organa.Prirodna biotehnologija, 37(7), 1.