Studija asocijacija na nivou genoma (GWAS) ima za cilj identifikaciju genetskih varijanti (genotipa) koje su povezane sa specifičnim osobinama (fenotipom).GWA studije istražuju genetske markere koji prelaze cijeli genom velikog broja individua i predviđaju povezanost genotip-fenotip statističkom analizom na nivou populacije.Ponovno sekvenciranje cijelog genoma može potencijalno otkriti sve genetske varijante.U kombinaciji s fenotipskim podacima, GWAS se može obraditi da bi se identificirali SNP-ovi, QTL-ovi i geni kandidati povezani s fenotipom, što snažno podupire moderni uzgoj životinja/biljki.SLAF je samorazvijena pojednostavljena strategija sekvenciranja genoma, koja otkriva distribuirane markere u cijelom genomu, SNP.Ovi SNP-ovi, kao molekularni genetski markeri, mogu se obraditi za studije povezanosti sa ciljanim osobinama.To je isplativa strategija u identifikaciji složenih osobina povezanih genetskih varijacija.
