Analiza asocijacija na nivou genoma
1. Prednosti usluge
● Brojni projektni slučajevi: od svog osnivanja 2009. godine, BMKGENE je završio stotine projekata vrsta u istraživanju GWAS populacije, pomogao istraživačima da objave više od 100 članaka, a kumulativni faktor uticaja je dostigao 500.
● Profesionalni analitičari.
● Kratak ciklus analize.
● Precizno prikupljanje podataka.
2. Specifikacije usluge
| Tip | Populaciona skala | Strategija sekvenciranja i dubina |
| SLAF-GWAS | Broj uzorka ≥200 | Veličina genoma < 400M, sa ref-genomom, preporučuje se WGS |
| Veličina genoma ≤ 1G, 100K oznake i 10X | ||
| 1G ≤ Veličina genoma ≤ 2G, 200K oznake i 10X | ||
| Veličina genoma > 2G, 300K oznake i 10X | ||
| WGS-GWAS | Broj uzorka ≥200 | 10X za svaki uzorak |
3. Odabir materijala
Različite sorte, podvrste, landrase/genske banke/mješovite porodice/divlji resursi
Različite sorte, podvrste, domaće rase
Porodica sa polubratom/porodica sa punim bratom/divlji resursi
4. Analiza bioinformacija
● Analiza asocijacija na nivou genoma
● Analiza i skrining značajnog SNP-a
● Funkcionalna oznaka gena kandidata
5. Tok rada servisa
Dizajn eksperimenta
Isporuka uzorka
Ekstrakcija RNK
Izgradnja biblioteke
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
a.Fenotip QC
Histogram raspodjele frekvencije
Statistika fenotipa
b.Analiza asocijacija (Model: GEMMA, FaST-LMM, EMMAX)
QQ Plot
Manhattan Plot
| Godina | Journal | IF | Naslov |
| 2022 | NC | 17.69 | Genomska osnova giga-hromozoma i giga-genoma drveća božura Paeonia ostii |
| 2015 | NP | 7.43 | Otisci pripitomljavanja usidre genomske regije od agronomskog značaja u soji |
| 2018 | MP | 9.32 | Ponovno sekvenciranje cijelog genoma svjetske kolekcije aksesija uljane repice otkriva genetsku osnovu njihove divergencije ekotipova |
| 2022 | HR | 7.29 | Analiza povezanosti na nivou genoma pruža molekularni uvid u prirodnu varijaciju veličine sjemenki lubenice |
