Udubite se u potencijal proučavanja divljih vrsta istraživačkih vrsta, što je primjer ključnog slučaja klijenata BMKGENE.Nedavno objavljen u ovogodišnjem izdanju Plant Biotechnology Journal, članak pod naslovom „Genom divlje hevee brasiliensis na nivou hromozoma: Osnaživanje uzgoja uz pomoć genoma i otkrivanje vitalnih lokusa za povećan prinos gume“ stoji kao vrijedna referenca.
Drvo brazilskog kaučuka (Hevea brasiliensis) stoji visoko kao ključni izvor prirodne gume.Tokom prošlog stoljeća, tradicionalne metode uzgoja izazvale su značajan šesterostruki porast u proizvodnji gume.Ipak, temeljna genetska osnova odgovorna za potencijalno povećanje prinosa kaučuka ostaje zagonetna.
Ova studija je započela konstruiranje genoma na nivou hromozoma za drvo divlje gume, koristeći sinergiju Nanopore sekvenciranja dugog čitanja, Illumina NGS sekvenciranja i Hi-C tehnologije.
Paralelno, skup od 147 resursa germplazme, koji obuhvataju varijacije visokog prinosa, divlje sojeve i srodne vrste, sastavljen je za sveobuhvatno ponovno sekvenciranje cijelog genoma (WGS) koristeći Illumina platformu.Podaci sekvencioniranja koji su uslijedili prošli su rigoroznu analizu populacijske genetike, omogućavajući disekciju strukture populacije, raznolikosti i neravnoteže veza.Ova analiza je rasvijetlila varijacije pripitomljavanja među populacijama.
Dalja istraživanja su obuhvatila analizu koja je obuhvatila Fst, π, Tajimin D i LD, sa ciljem da otkrije signale selekcije koji proizlaze iz poboljšanog prinosa lateksa, posebno fokusirajući se na Wickhamove klonove.
Kulminirajući u Genom-wide Association Analysis (GWAS), markeri povezani sa osobinama prinosa i naknadno genima povezanim s prinosom su precizirani.Inicijalna validacija otkrila je karakteristične transkripcijske aktivnosti kod različitih mutanata za dva ERF gena, dajući preliminarni uvid u njihov funkcionalni značaj.Daljnje potvrđivanje je predviđeno u okviru narednih istraživanja.
BMKGENE je ponosan što doprinosi opsežnom ponovnom sekvenciranju cijelog genoma ove velike populacije, zajedno sa značajnom ulogom u bioinformatičkoj analizi.Naše ogromno iskustvo obuhvata NGS/TGS sekvenciranje i multiomičku bioinformatičku analizu u nizu od 1000+ vrsta.Radujemo se mogućnostima partnerstva s vama na vašim nadolazećim projektima.
Kliknite ovdje zasaznajte više o ovoj studiji
Vrijeme objave: 29.08.2023